Bioperl - 版の履歴

Kusanaginoturugi: カテゴリを変更

2022-08-04T01:38:58Z

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Kusakata: 同期

2017-12-29T12:48:28Z

同期

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	==インストール==		==インストール==
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	== 参照 ==		== 参照 ==
	* [http://~~www.~~bioperl.org/~~wiki/Installing Installing Bioperl for Unix]~~		* http://bioperl.org/INSTALL.html

Kusakata.bot: 文字列「Tips and tricks」を「ヒントとテクニック」に置換

2017-10-12T14:16:12Z

文字列「Tips and tricks」を「ヒントとテクニック」に置換

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			==ヒントとテクニック==
	==Tips and tricks==

	{{AUR\|bioperl-run-git}} パッケージにはバイオインフォマティクスのアプリケーションやツールを使うためのラッパーモジュールが含まれています:		{{AUR\|bioperl-run-git}} パッケージにはバイオインフォマティクスのアプリケーションやツールを使うためのラッパーモジュールが含まれています:

Kusakata: 翻訳

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==インストール==
[[AUR]] から {{AUR|bioperl-live-git}} をインストールしてください。

==設定==

AUR からインストールした場合、bioperl のパスを Perl の @INC 配列に追加する必要があります。{{ic|.bashrc}} ファイルで {{ic|PERL5LIB}} 変数を以下のように追加してください:
export PERL5LIB=$PERL5LIB:/usr/share/perl5/site_perl/5.10.0

{{Note|バージョンについては {{ic|/usr/share/perl5/site_perl/}} フォルダを確認してください。5.10.0 フォルダには BIO という名前のフォルダが含まれているはずです。見つからない場合は {{ic|vendor_perl}} などに BIO フォルダがインストールされていないか確認してください。}}

依存関係の問題を解決するために CPAN からモジュールをインストールすることを推奨します:
* CPAN をアップグレード:
# perl -MCPAN -e shell
install Bundle::CPAN
q
* Module::Build をインストール・アップグレード:
# cpan
install Module::Build
o conf prefer_installer MB
o conf commit
q

==Tips and tricks==

{{AUR|bioperl-run-git}} パッケージにはバイオインフォマティクスのアプリケーションやツールを使うためのラッパーモジュールが含まれています:
# cpan
d /bioperl/
以下のように出力されます:
Distribution BIRNEY/bioperl-1.2.2.tar.gz
Distribution BIRNEY/bioperl-1.2.3.tar.gz
Distribution BIRNEY/bioperl-1.2.tar.gz
Distribution BIRNEY/bioperl-1.4.tar.gz
Distribution BIRNEY/bioperl-db-0.1.tar.gz
Distribution BIRNEY/bioperl-ext-1.4.tar.gz
Distribution BIRNEY/bioperl-gui-0.7.tar.gz
Distribution BIRNEY/bioperl-run-1.4.tar.gz
Distribution BOZO/Fry-Lib-BioPerl-0.15.tar.gz
Distribution CJFIELDS/BioPerl-1.6.0.tar.gz
Distribution CJFIELDS/BioPerl-1.6.1.tar.gz
Distribution CJFIELDS/BioPerl-db-1.6.0.tar.gz
Distribution CJFIELDS/BioPerl-network-1.6.0.tar.gz
Distribution CJFIELDS/BioPerl-run-1.6.1.tar.gz
Distribution CRAFFI/Bundle-BioPerl-2.1.8.tar.gz
15 items found
以下を実行してください:
install CJFIELDS/BioPerl-run-1.6.1.tar.gz
q

==トラブルシューティング==

{{ic|Can't locate (Name of the Module) in @INC}} など、Perl スクリプトのコンパイルで問題が起こる場合、欠けているモジュールをインストールしてください:

# cpan
install Module::Name
q

== 参照 ==
* [http://www.bioperl.org/wiki/Installing Installing Bioperl for Unix]