GROMACS - 版の履歴

Kusanaginoturugi: カテゴリを変更

2022-08-04T01:39:58Z

カテゴリを変更

← 古い版		2022年8月4日 (木) 10:39時点における版
1行目:		1行目:
	[[Category:~~計算と~~科学]]		[[Category:科学]]
	[[Category:シミュレーション]]		[[Category:シミュレーション]]
	[[en:GROMACS]]		[[en:GROMACS]]

Kusakata.bot2: Pkg/AUR テンプレートの更新

2020-12-31T05:44:10Z

Pkg/AUR テンプレートの更新

← 古い版		2020年12月31日 (木) 14:44時点における版
313行目:		313行目:
	*{{App\|libgmxcpp\|Gromacs ファイル (.xtc や .ndx) を読み込むのに使用される C++ ツールキット。シミュレーション結果を解析するのに使います。\|https://github.com/wesbarnett/libgmxcpp\|{{AUR\|libgmxcpp}}{{Broken package link\|パッケージが存在しません}}}}		*{{App\|libgmxcpp\|Gromacs ファイル (.xtc や .ndx) を読み込むのに使用される C++ ツールキット。シミュレーション結果を解析するのに使います。\|https://github.com/wesbarnett/libgmxcpp\|{{AUR\|libgmxcpp}}{{Broken package link\|パッケージが存在しません}}}}
	*{{App\|libgmxfort\|シミュレーションの結果を解析するときに使うための Gromacs ファイル (.xtc と .ndx) を読み込む近代的な Fortran ツールキット。\|https://github.com/wesbarnett/libgmxcpp\|{{AUR\|libgmxfort}}{{Broken package link\|パッケージが存在しません}}}}		*{{App\|libgmxfort\|シミュレーションの結果を解析するときに使うための Gromacs ファイル (.xtc と .ndx) を読み込む近代的な Fortran ツールキット。\|https://github.com/wesbarnett/libgmxcpp\|{{AUR\|libgmxfort}}{{Broken package link\|パッケージが存在しません}}}}
	*{{App\|mdanalysis\|分子の力学軌道を多数の形式で解析することができるオブジェクト指向の python ツールキット。\|http://www.mdanalysis.org\|{{AUR\|python2-mdanalysis}}}}		*{{App\|mdanalysis\|分子の力学軌道を多数の形式で解析することができるオブジェクト指向の python ツールキット。\|http://www.mdanalysis.org\|{{AUR\|python2-mdanalysis}}{{Broken package link\|パッケージが存在しません}}}}
	*{{App\|MDTraj\|分子の動的軌道を解析するための新しいオープンなライブラリ。\|http://mdtraj.org/latest/\|{{AUR\|python-mdtraj}}}}		*{{App\|MDTraj\|分子の動的軌道を解析するための新しいオープンなライブラリ。\|http://mdtraj.org/latest/\|{{AUR\|python-mdtraj}}}}
	*{{App\|xdrfile\|GROMACS の trr や xtc ファイルを読み込んで別の形式に変換することができるツール。\|http://gromacs.org\|{{AUR\|xdrfile}}}}		*{{App\|xdrfile\|GROMACS の trr や xtc ファイルを読み込んで別の形式に変換することができるツール。\|http://gromacs.org\|{{AUR\|xdrfile}}}}

Kusakata.bot: Pkg/AUR テンプレートの更新

2019-06-03T15:31:19Z

Pkg/AUR テンプレートの更新

← 古い版		2019年6月4日 (火) 00:31時点における版
315行目:		315行目:
	*{{App\|mdanalysis\|分子の力学軌道を多数の形式で解析することができるオブジェクト指向の python ツールキット。\|http://www.mdanalysis.org\|{{AUR\|python2-mdanalysis}}}}		*{{App\|mdanalysis\|分子の力学軌道を多数の形式で解析することができるオブジェクト指向の python ツールキット。\|http://www.mdanalysis.org\|{{AUR\|python2-mdanalysis}}}}
	*{{App\|MDTraj\|分子の動的軌道を解析するための新しいオープンなライブラリ。\|http://mdtraj.org/latest/\|{{AUR\|python-mdtraj}}}}		*{{App\|MDTraj\|分子の動的軌道を解析するための新しいオープンなライブラリ。\|http://mdtraj.org/latest/\|{{AUR\|python-mdtraj}}}}
	*{{App\|xdrfile\|GROMACS の trr や xtc ファイルを読み込んで別の形式に変換することができるツール。\|http://gromacs.org\|{{AUR\|xdrfile~~}}{{Broken package link\|パッケージが存在しません~~}}}}		*{{App\|xdrfile\|GROMACS の trr や xtc ファイルを読み込んで別の形式に変換することができるツール。\|http://gromacs.org\|{{AUR\|xdrfile}}}}

	==== 自由エネルギー計算 ====		==== 自由エネルギー計算 ====

Kusakata: カテゴリ変更

2019-02-28T16:31:11Z

カテゴリ変更

← 古い版		2019年3月1日 (金) 01:31時点における版
1行目:		1行目:
	[[Category:計算と科学]]		[[Category:計算と科学]]
	[[Category:~~アプリケ~~ーション]]		[[Category:シミュレーション]]
	[[en:GROMACS]]		[[en:GROMACS]]
	{{Related articles start}}		{{Related articles start}}

Kusakata.bot: Pkg/AUR テンプレートの更新

2018-08-29T15:46:52Z

Pkg/AUR テンプレートの更新

← 古い版		2018年8月30日 (木) 00:46時点における版
14行目:		14行目:

	== インストール ==		== インストール ==
	{{AUR\|gromacs}} または {{AUR\|gromacs-mpi}} パッケージを[[インストール]]してください。[[PKGBUILD]] はシステムにあわせて (MPI や GPU のサポートなど) [[ヘルプ:読み方#追加, 作成, 編集そして source\|編集]]するようにしてください。PKGBUILD で追加・編集ができる [[Wikipedia:cmake\|cmake]] オプションとしては以下のようなものがあります (参照: [http://manual.gromacs.org/documentation/ GROMACS インストールガイド]):		{{AUR\|gromacs}} または {{AUR\|gromacs-mpi}}{{Broken package link\|パッケージが存在しません}} パッケージを[[インストール]]してください。[[PKGBUILD]] はシステムにあわせて (MPI や GPU のサポートなど) [[ヘルプ:読み方#追加, 作成, 編集そして source\|編集]]するようにしてください。PKGBUILD で追加・編集ができる [[Wikipedia:cmake\|cmake]] オプションとしては以下のようなものがあります (参照: [http://manual.gromacs.org/documentation/ GROMACS インストールガイド]):

	*{{ic\|1=-DGMX_DOUBLE=ON}} - [[Wikipedia:ja:倍精度浮動小数点数\|倍精度]]が必要な場合に追加してください。GROMACS インストールガイドによれば、倍精度は「低速であり、通常は意味がありません」。このフラグを設定した場合、全ての GROMACS プログラムのデフォルトサフィックスは {{ic\|_d}} に設定されます。		*{{ic\|1=-DGMX_DOUBLE=ON}} - [[Wikipedia:ja:倍精度浮動小数点数\|倍精度]]が必要な場合に追加してください。GROMACS インストールガイドによれば、倍精度は「低速であり、通常は意味がありません」。このフラグを設定した場合、全ての GROMACS プログラムのデフォルトサフィックスは {{ic\|_d}} に設定されます。
31行目:		31行目:
	*{{pkg\|lapack}} - 正規モードの GROMACS ユーティリティや行列操作ではハードウェアに最適化済みの BLAS や LAPACK ライブラリが有用ですが、通常のシミュレーションでは特に意味はありません。		*{{pkg\|lapack}} - 正規モードの GROMACS ユーティリティや行列操作ではハードウェアに最適化済みの BLAS や LAPACK ライブラリが有用ですが、通常のシミュレーションでは特に意味はありません。

	{{AUR\|gromacs-git}} パッケージには最新の開発版ソースが含まれています。本番環境では使うべきではありません。		{{AUR\|gromacs-git}}{{Broken package link\|パッケージが存在しません}} パッケージには最新の開発版ソースが含まれています。本番環境では使うべきではありません。

	== 設定 ==		== 設定 ==
311行目:		311行目:

	==== 解析ライブラリ ====		==== 解析ライブラリ ====
	*{{App\|libgmxcpp\|Gromacs ファイル (.xtc や .ndx) を読み込むのに使用される C++ ツールキット。シミュレーション結果を解析するのに使います。\|https://github.com/wesbarnett/libgmxcpp\|{{AUR\|libgmxcpp}}}}		*{{App\|libgmxcpp\|Gromacs ファイル (.xtc や .ndx) を読み込むのに使用される C++ ツールキット。シミュレーション結果を解析するのに使います。\|https://github.com/wesbarnett/libgmxcpp\|{{AUR\|libgmxcpp}}{{Broken package link\|パッケージが存在しません}}}}
	*{{App\|libgmxfort\|シミュレーションの結果を解析するときに使うための Gromacs ファイル (.xtc と .ndx) を読み込む近代的な Fortran ツールキット。\|https://github.com/wesbarnett/libgmxcpp\|{{AUR\|libgmxfort}}}}		*{{App\|libgmxfort\|シミュレーションの結果を解析するときに使うための Gromacs ファイル (.xtc と .ndx) を読み込む近代的な Fortran ツールキット。\|https://github.com/wesbarnett/libgmxcpp\|{{AUR\|libgmxfort}}{{Broken package link\|パッケージが存在しません}}}}
	*{{App\|mdanalysis\|分子の力学軌道を多数の形式で解析することができるオブジェクト指向の python ツールキット。\|http://www.mdanalysis.org\|{{AUR\|python2-mdanalysis}}}}		*{{App\|mdanalysis\|分子の力学軌道を多数の形式で解析することができるオブジェクト指向の python ツールキット。\|http://www.mdanalysis.org\|{{AUR\|python2-mdanalysis}}}}
	*{{App\|MDTraj\|分子の動的軌道を解析するための新しいオープンなライブラリ。\|http://mdtraj.org/latest/\|{{AUR\|python-mdtraj}}}}		*{{App\|MDTraj\|分子の動的軌道を解析するための新しいオープンなライブラリ。\|http://mdtraj.org/latest/\|{{AUR\|python-mdtraj}}}}
	*{{App\|xdrfile\|GROMACS の trr や xtc ファイルを読み込んで別の形式に変換することができるツール。\|http://gromacs.org\|{{AUR\|xdrfile}}}}		*{{App\|xdrfile\|GROMACS の trr や xtc ファイルを読み込んで別の形式に変換することができるツール。\|http://gromacs.org\|{{AUR\|xdrfile}}{{Broken package link\|パッケージが存在しません}}}}

	==== 自由エネルギー計算 ====		==== 自由エネルギー計算 ====
	*{{App\|alchemical_analysis\|錬金術の自由エネルギー計算を解析する推奨法を実装するオープンなツール。\|https://github.com/MobleyLab/alchemical-analysis\|{{AUR\|python2-alchemical-analysis}}}}		*{{App\|alchemical_analysis\|錬金術の自由エネルギー計算を解析する推奨法を実装するオープンなツール。\|https://github.com/MobleyLab/alchemical-analysis\|{{AUR\|python2-alchemical-analysis}}{{Broken package link\|パッケージが存在しません}}}}

	==== 構造の作成 ====		==== 構造の作成 ====

Kusakata: 同期

2018-07-21T15:27:47Z

同期

← 古い版		2018年7月22日 (日) 00:27時点における版
5行目:		5行目:
	{{Related\|アプリケーション一覧/サイエンス}}		{{Related\|アプリケーション一覧/サイエンス}}
	{{Related articles end}}		{{Related articles end}}

⚫	{{Note\|GROMACS を[[Wikipedia:ja:ブラックボックス\|ブラックボックス]]として扱わないでください。ユーザーは GROMACS で使われている手法や力場について科学論文を読んで学ぶことが強く推奨されています。}}

	[http://www.gromacs.org/ 公式ウェブサイト] によれば、GROMACS とは:		[http://www.gromacs.org/ 公式ウェブサイト] によれば、GROMACS とは:

13行目:		10行目:

	::''蛋白質や脂質、核酸などの複雑な結合相互作用を持つ生化学的な分子を主たる対象として開発されていますが、GROMACS は (大抵のシミュレーションを占める) 非結合性相互作用の計算でも非常に高速な能力を発揮するので、重合体など生物学以外の研究分野でも多くの研究者によって使われています。''		::''蛋白質や脂質、核酸などの複雑な結合相互作用を持つ生化学的な分子を主たる対象として開発されていますが、GROMACS は (大抵のシミュレーションを占める) 非結合性相互作用の計算でも非常に高速な能力を発揮するので、重合体など生物学以外の研究分野でも多くの研究者によって使われています。''

		⚫	{{Note\|GROMACS を[[Wikipedia:ja:ブラックボックス\|ブラックボックス]]として扱わないでください。ユーザーは GROMACS で使われている手法や力場について科学論文を読んで学ぶことが強く推奨されています。}}

	== インストール ==		== インストール ==
	{{AUR\|gromacs}} または {{AUR\|gromacs-mpi}} パッケージを[[インストール]]してください。[[PKGBUILD]] はシステムにあわせて[[ヘルプ:読み方#追加, 作成, 編集そして source\|編集]]するようにしてください。PKGBUILD で追加・編集ができる [[Wikipedia:cmake\|cmake]] オプションとしては以下のようなものがあります:		{{AUR\|gromacs}} または {{AUR\|gromacs-mpi}} パッケージを[[インストール]]してください。[[PKGBUILD]] はシステムにあわせて (MPI や GPU のサポートなど) [[ヘルプ:読み方#追加, 作成, 編集そして source\|編集]]するようにしてください。PKGBUILD で追加・編集ができる [[Wikipedia:cmake\|cmake]] オプションとしては以下のようなものがあります (参照: [http://manual.gromacs.org/documentation/ GROMACS インストールガイド]):

	*{{ic\|1=-DGMX_DOUBLE=ON}} - [[Wikipedia:ja:倍精度浮動小数点数\|倍精度]]が必要な場合に追加してください。~~[http://www.gromacs.org/Documentation/Installation_Instructions_5.0~~ GROMACS インストールガイド] によれば、倍精度は「低速であり、通常は意味がありません」。このフラグを設定した場合、全ての GROMACS プログラムのデフォルトサフィックスは {{ic\|_d}} に設定されます。		*{{ic\|1=-DGMX_DOUBLE=ON}} - [[Wikipedia:ja:倍精度浮動小数点数\|倍精度]]が必要な場合に追加してください。GROMACS インストールガイドによれば、倍精度は「低速であり、通常は意味がありません」。このフラグを設定した場合、全ての GROMACS プログラムのデフォルトサフィックスは {{ic\|_d}} に設定されます。
	*{{ic\|1=-DGMX_GPU=ON}} - [[Wikipedia:Graphics_processing_unit\|GPU]] のサポートを有効にしてビルドする場合に追加。		*{{ic\|1=-DGMX_GPU=ON}} - [[Wikipedia:Graphics_processing_unit\|GPU]] のサポートを有効にしてビルドする場合に追加。
	*{{ic\|1=-DGMX_MPI=ON}} - 複数の計算ノードにまたがって実行できるようにしたい場合に追加。{{pkg\|openmpi}} や {{AUR\|mpich}} などの [[Wikipedia:Message_Passing_Interface\|MPI]] ライブラリも必要になります。MPI のサポートが必要ない場合 (つまり、シングルコンピュータで実行する場合)、このフラグは必要ありません。このフラグを設定した場合、全ての GROMACS プログラムのデフォルトサフィックスは {{ic\|_mpi}} に設定されます。		*{{ic\|1=-DGMX_MPI=ON}} - 複数の計算ノードにまたがって実行できるようにしたい場合に追加。{{pkg\|openmpi}} や {{AUR\|mpich}} などの [[Wikipedia:Message_Passing_Interface\|MPI]] ライブラリも必要になります。MPI のサポートが必要ない場合 (つまり、シングルコンピュータで実行する場合)、このフラグは必要ありません。このフラグを設定した場合、全ての GROMACS プログラムのデフォルトサフィックスは {{ic\|_mpi}} に設定されます。
	*{{ic\|1=-DGMX_SIMD=''xxx''}} - GROMACS は使用しているプロセッサに最適な [[Wikipedia:simd\|SIMD]] 命令を検知してくれるので、このフラグを設定する必要はありません。しかしながら、何らかのコンパイルエラーが起こる場合は、このフラグで SIMD レベルを指定することができます。{{ic\|''xxx''}} で利用できるオプションのリスト~~は[http://www.gromacs.org/Documentation/Installation_Instructions_5.0#simd-support こちら]~~。		*{{ic\|1=-DGMX_SIMD=''xxx''}} - GROMACS は使用しているプロセッサに最適な [[Wikipedia:simd\|SIMD]] 命令を検知してくれるので、このフラグを設定する必要はありません。しかしながら、何らかのコンパイルエラーが起こる場合は、このフラグで SIMD レベルを指定することができます。{{ic\|''xxx''}} で利用できるオプションのリストがインストールガイドに記載されています。
	{{Note\|Haswell プロセッサでコンパイルする場合、AVX2_256 命令を有効にしてコンパイルできるように {{ic\|1=-march=native}} を使用するよう [[makepkg]] を設定する必要があります。}}		{{Note\|Haswell プロセッサでコンパイルする場合、AVX2_256 命令を有効にしてコンパイルできるように {{ic\|1=-march=native}} を使用するよう [[makepkg]] を設定する必要があります。}}
	*{{ic\|1=-DGMX_X11=ON}} - ビルトインされている軌道ビューア {{ic\|gmx view}} を使う場合は設定してください。このフラグを使うには {{~~AUR~~\|~~lesstif~~}} と {{pkg\|libx11}} パッケージが必要です。		*{{ic\|1=-DGMX_X11=ON}} - ビルトインされている軌道ビューア {{ic\|gmx view}} を使う場合は設定してください。このフラグを使うには {{Pkg\|openmotif}} と {{pkg\|libx11}} パッケージが必要です。
	*{{ic\|1=-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON}} - GROMACS のビルドをテストしたい場合は設定してください。テストを実行するには {{ic\|make check}} を実行するように[[パッケージの作成#関数 check()\|ビルドを設定]]します。{{pkg\|libxml2}} パッケージが必要です。		*{{ic\|1=-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON}} - GROMACS のビルドをテストしたい場合は設定してください。テストを実行するには {{ic\|make check}} を実行するように[[パッケージの作成#関数 check()\|ビルドを設定]]します。{{pkg\|libxml2}} パッケージが必要です。
	*{{ic\|1=-DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF}} - MPI や倍精度を有効にしてビルドするときに GROMACS プログラムのデフォルトサフィックスをオフにしたい場合に設定。		*{{ic\|1=-DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF}} - MPI や倍精度を有効にしてビルドするときに GROMACS プログラムのデフォルトサフィックスをオフにしたい場合に設定。
28行目:		27行目:

	他にも性能を向上させるパッケージが存在します:		他にも性能を向上させるパッケージが存在します:
	*{{pkg\|boost-libs}} - "外部の [[wikipedia:Boost (C++ libraries)\|Boost ライブラリ]]を使うことでスマートポインタや例外処理などの優れた実装を利用することができます。~~" [http://www.gromacs.org/Documentation/Installation_Instructions_5.0#optional-build-components]~~		*{{pkg\|boost-libs}} - 外部の [[wikipedia:Boost (C++ libraries)\|Boost ライブラリ]]を使うことでスマートポインタや例外処理などの優れた実装を利用することができます。
			*{{pkg\|hwloc}} - hwloc とリンクすることでハードウェアの機能を実行時に認識します。
	*{{pkg\|lapack}} - "正規モードの GROMACS ユーティリティや行列操作ではハードウェアに最適化済みの BLAS や LAPACK ライブラリが有用ですが、通常のシミュレーションでは特に意味はありません。~~" [http://www.gromacs.org/Documentation/Installation_Instructions_5.0#optional-build-components]~~		*{{pkg\|lapack}} - 正規モードの GROMACS ユーティリティや行列操作ではハードウェアに最適化済みの BLAS や LAPACK ライブラリが有用ですが、通常のシミュレーションでは特に意味はありません。

	{{Tip\|GROMACS 専用に改良された [[Wikipedia:fftw\|FFTW]] ライブラリが {{AUR\|fftw-bettersimd}}{{Broken package link\|パッケージが存在しません}} パッケージでインストールできます。依存パッケージとなっている {{pkg\|fftw}} の代わりとして使うことが可能です。}}

	{{AUR\|gromacs-git}} パッケージには最新の開発版ソースが含まれています。本番環境では使うべきではありません。		{{AUR\|gromacs-git}} パッケージには最新の開発版ソースが含まれています。本番環境では使うべきではありません。
41行目:		39行目:
	== 使用方法 ==		== 使用方法 ==

	以下は主要なコマンドの基本的なワークフローです。全てのコマンドは {{ic\|gmx}} から始ま~~ります。現行バージョンの 5.0 では任意ですが、5.1 からは必須にな~~ります。GROMACS の使用法に関する詳細情報は[[#参照\|チュートリアルを見たりマニュアルを読んでください]]。また、[http://manual.gromacs.org/online/flow.html こちら] に便利なフローチャートがあります。		以下は主要なコマンドの基本的なワークフローです。全てのコマンドは {{ic\|gmx}} から始まります。GROMACS の使用法に関する詳細情報は[[#参照\|チュートリアルを見たりマニュアルを読んでください]]。また、[http://manual.gromacs.org/online/flow.html こちら] に便利なフローチャートがあります。

	{{Tip\|各コマンドには [[man ページ]]が存在しており、{{ic\|gmx}} とコマンドの間の空白をハイフンで置き換えてください。例えば、''gmx pdb2gmx'' の man ページは {{ic\|gmx-pdb2gmx}} となります。}}		{{Tip\|各コマンドには [[man ページ]]が存在しており、{{ic\|gmx}} とコマンドの間の空白をハイフンで置き換えてください。例えば、''gmx pdb2gmx'' の man ページは {{ic\|gmx-pdb2gmx}} となります。}}
314行目:		312行目:
	==== 解析ライブラリ ====		==== 解析ライブラリ ====
	*{{App\|libgmxcpp\|Gromacs ファイル (.xtc や .ndx) を読み込むのに使用される C++ ツールキット。シミュレーション結果を解析するのに使います。\|https://github.com/wesbarnett/libgmxcpp\|{{AUR\|libgmxcpp}}}}		*{{App\|libgmxcpp\|Gromacs ファイル (.xtc や .ndx) を読み込むのに使用される C++ ツールキット。シミュレーション結果を解析するのに使います。\|https://github.com/wesbarnett/libgmxcpp\|{{AUR\|libgmxcpp}}}}
			*{{App\|libgmxfort\|シミュレーションの結果を解析するときに使うための Gromacs ファイル (.xtc と .ndx) を読み込む近代的な Fortran ツールキット。\|https://github.com/wesbarnett/libgmxcpp\|{{AUR\|libgmxfort}}}}
	*{{App\|mdanalysis\|分子の力学軌道を多数の形式で解析することができるオブジェクト指向の python ツールキット。\|http://www.mdanalysis.org\|{{AUR\|python2-mdanalysis}}}}		*{{App\|mdanalysis\|分子の力学軌道を多数の形式で解析することができるオブジェクト指向の python ツールキット。\|http://www.mdanalysis.org\|{{AUR\|python2-mdanalysis}}}}
	*{{App\|MDTraj\|分子の動的軌道を解析するための新しいオープンなライブラリ。\|http://mdtraj.org/latest/\|{{AUR\|python-mdtraj}}}}		*{{App\|MDTraj\|分子の動的軌道を解析するための新しいオープンなライブラリ。\|http://mdtraj.org/latest/\|{{AUR\|python-mdtraj}}}}
335行目:		334行目:
	=== チュートリアル ===		=== チュートリアル ===
	* [http://www.gromacs.org/Documentation/Tutorials GROMACS チュートリアル]		* [http://www.gromacs.org/Documentation/Tutorials GROMACS チュートリアル]
	* [http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/index.html Justin Lemkul's Tutorials] — ~~includes a variety of different simulation methods~~ (~~umbrella sampling, free energy calculations, etc~~).		* [http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/index.html Justin Lemkul's Tutorials] — 様々なシミュレーションの方法 (アンブレラサンプリング法・自由エネルギー計算など)。
	* [http://~~statthermo~~.~~blogspot.com~~/p/~~tutorials.html~~ James Barnett's Tutorials] — ~~a few basic tutorials on simulations with an organic solute. Includes how to use~~ ''gmx pdb2gmx'' ~~with a user-created molecule.~~		* [http://wbarnett.us/tutorials/ James Barnett's Tutorials] — 有機溶質を使ったシミュレーションのチュートリアル。ユーザーが作成した分子で ''gmx pdb2gmx'' を使用する方法。

Kusakata.bot: 文字列「Tips and tricks」を「ヒントとテクニック」に置換

2017-10-12T14:16:01Z

文字列「Tips and tricks」を「ヒントとテクニック」に置換

← 古い版		2017年10月12日 (木) 23:16時点における版
251行目:		251行目:
	詳しくは [http://www.gromacs.org/Developer_Zone/Git/Gerrit Gerrit に関する GROMACS のページ] を参照。		詳しくは [http://www.gromacs.org/Developer_Zone/Git/Gerrit Gerrit に関する GROMACS のページ] を参照。

			== ヒントとテクニック ==
	== Tips and tricks ==

	=== 立方体ではないボックスを作成して溶媒で満たす ===		=== 立方体ではないボックスを作成して溶媒で満たす ===

Kusakata.bot: Pkg/AUR テンプレートの更新

2017-10-07T13:44:16Z

Pkg/AUR テンプレートの更新

← 古い版		2017年10月7日 (土) 22:44時点における版
22行目:		22行目:
	*{{ic\|1=-DGMX_SIMD=''xxx''}} - GROMACS は使用しているプロセッサに最適な [[Wikipedia:simd\|SIMD]] 命令を検知してくれるので、このフラグを設定する必要はありません。しかしながら、何らかのコンパイルエラーが起こる場合は、このフラグで SIMD レベルを指定することができます。{{ic\|''xxx''}} で利用できるオプションのリストは[http://www.gromacs.org/Documentation/Installation_Instructions_5.0#simd-support こちら]。		*{{ic\|1=-DGMX_SIMD=''xxx''}} - GROMACS は使用しているプロセッサに最適な [[Wikipedia:simd\|SIMD]] 命令を検知してくれるので、このフラグを設定する必要はありません。しかしながら、何らかのコンパイルエラーが起こる場合は、このフラグで SIMD レベルを指定することができます。{{ic\|''xxx''}} で利用できるオプションのリストは[http://www.gromacs.org/Documentation/Installation_Instructions_5.0#simd-support こちら]。
	{{Note\|Haswell プロセッサでコンパイルする場合、AVX2_256 命令を有効にしてコンパイルできるように {{ic\|1=-march=native}} を使用するよう [[makepkg]] を設定する必要があります。}}		{{Note\|Haswell プロセッサでコンパイルする場合、AVX2_256 命令を有効にしてコンパイルできるように {{ic\|1=-march=native}} を使用するよう [[makepkg]] を設定する必要があります。}}
	*{{ic\|1=-DGMX_X11=ON}} - ビルトインされている軌道ビューア {{ic\|gmx view}} を使う場合は設定してください。このフラグを使うには {{~~pkg~~\|lesstif}} と {{pkg\|libx11}} パッケージが必要です。		*{{ic\|1=-DGMX_X11=ON}} - ビルトインされている軌道ビューア {{ic\|gmx view}} を使う場合は設定してください。このフラグを使うには {{AUR\|lesstif}} と {{pkg\|libx11}} パッケージが必要です。
	*{{ic\|1=-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON}} - GROMACS のビルドをテストしたい場合は設定してください。テストを実行するには {{ic\|make check}} を実行するように[[パッケージの作成#関数 check()\|ビルドを設定]]します。{{pkg\|libxml2}} パッケージが必要です。		*{{ic\|1=-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON}} - GROMACS のビルドをテストしたい場合は設定してください。テストを実行するには {{ic\|make check}} を実行するように[[パッケージの作成#関数 check()\|ビルドを設定]]します。{{pkg\|libxml2}} パッケージが必要です。
	*{{ic\|1=-DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF}} - MPI や倍精度を有効にしてビルドするときに GROMACS プログラムのデフォルトサフィックスをオフにしたい場合に設定。		*{{ic\|1=-DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF}} - MPI や倍精度を有効にしてビルドするときに GROMACS プログラムのデフォルトサフィックスをオフにしたい場合に設定。

Kusakata.bot: Pkg/AUR テンプレートの更新

2017-07-12T15:09:16Z

Pkg/AUR テンプレートの更新

← 古い版		2017年7月13日 (木) 00:09時点における版
31行目:		31行目:
	*{{pkg\|lapack}} - "正規モードの GROMACS ユーティリティや行列操作ではハードウェアに最適化済みの BLAS や LAPACK ライブラリが有用ですが、通常のシミュレーションでは特に意味はありません。" [http://www.gromacs.org/Documentation/Installation_Instructions_5.0#optional-build-components]		*{{pkg\|lapack}} - "正規モードの GROMACS ユーティリティや行列操作ではハードウェアに最適化済みの BLAS や LAPACK ライブラリが有用ですが、通常のシミュレーションでは特に意味はありません。" [http://www.gromacs.org/Documentation/Installation_Instructions_5.0#optional-build-components]

	{{Tip\|GROMACS 専用に改良された [[Wikipedia:fftw\|FFTW]] ライブラリが {{AUR\|fftw-bettersimd}}{{Broken package link\|~~package not found~~}} パッケージでインストールできます。依存パッケージとなっている {{pkg\|fftw}} の代わりとして使うことが可能です。}}		{{Tip\|GROMACS 専用に改良された [[Wikipedia:fftw\|FFTW]] ライブラリが {{AUR\|fftw-bettersimd}}{{Broken package link\|パッケージが存在しません}} パッケージでインストールできます。依存パッケージとなっている {{pkg\|fftw}} の代わりとして使うことが可能です。}}

	{{AUR\|gromacs-git}} パッケージには最新の開発版ソースが含まれています。本番環境では使うべきではありません。		{{AUR\|gromacs-git}} パッケージには最新の開発版ソースが含まれています。本番環境では使うべきではありません。

Kusakata.bot: update Pkg/AUR templates

2017-05-10T23:01:13Z

update Pkg/AUR templates

← 古い版		2017年5月11日 (木) 08:01時点における版
31行目:		31行目:
	*{{pkg\|lapack}} - "正規モードの GROMACS ユーティリティや行列操作ではハードウェアに最適化済みの BLAS や LAPACK ライブラリが有用ですが、通常のシミュレーションでは特に意味はありません。" [http://www.gromacs.org/Documentation/Installation_Instructions_5.0#optional-build-components]		*{{pkg\|lapack}} - "正規モードの GROMACS ユーティリティや行列操作ではハードウェアに最適化済みの BLAS や LAPACK ライブラリが有用ですが、通常のシミュレーションでは特に意味はありません。" [http://www.gromacs.org/Documentation/Installation_Instructions_5.0#optional-build-components]

	{{Tip\|GROMACS 専用に改良された [[Wikipedia:fftw\|FFTW]] ライブラリが {{AUR\|fftw-bettersimd}} パッケージでインストールできます。依存パッケージとなっている {{pkg\|fftw}} の代わりとして使うことが可能です。}}		{{Tip\|GROMACS 専用に改良された [[Wikipedia:fftw\|FFTW]] ライブラリが {{AUR\|fftw-bettersimd}}{{Broken package link\|package not found}} パッケージでインストールできます。依存パッケージとなっている {{pkg\|fftw}} の代わりとして使うことが可能です。}}

	{{AUR\|gromacs-git}} パッケージには最新の開発版ソースが含まれています。本番環境では使うべきではありません。		{{AUR\|gromacs-git}} パッケージには最新の開発版ソースが含まれています。本番環境では使うべきではありません。
322行目:		322行目:

	==== 構造の作成 ====		==== 構造の作成 ====
	*{{App\|[[Wikipedia:Avogadro_(software)\|Avogadro]]\|計算化学、分子モデリング、バイオインフォマティクス、材料科学および関連分野で使用するために設計されたクロスプラットフォームの先進的な分子エディタ。\|http://avogadro.cc\|{{~~Pkg~~\|avogadro}}}}		*{{App\|[[Wikipedia:Avogadro_(software)\|Avogadro]]\|計算化学、分子モデリング、バイオインフォマティクス、材料科学および関連分野で使用するために設計されたクロスプラットフォームの先進的な分子エディタ。\|http://avogadro.cc\|{{AUR\|avogadro}}}}

	==== トポロジーの生成 ====		==== トポロジーの生成 ====

← 古い版		2020年12月31日 (木) 14:44時点における版
313行目:		313行目:
	*{{App\|libgmxcpp\|Gromacs ファイル (.xtc や .ndx) を読み込むのに使用される C++ ツールキット。シミュレーション結果を解析するのに使います。\|https://github.com/wesbarnett/libgmxcpp\|{{AUR\|libgmxcpp}}{{Broken package link\|パッケージが存在しません}}}}		*{{App\|libgmxcpp\|Gromacs ファイル (.xtc や .ndx) を読み込むのに使用される C++ ツールキット。シミュレーション結果を解析するのに使います。\|https://github.com/wesbarnett/libgmxcpp\|{{AUR\|libgmxcpp}}{{Broken package link\|パッケージが存在しません}}}}
	*{{App\|libgmxfort\|シミュレーションの結果を解析するときに使うための Gromacs ファイル (.xtc と .ndx) を読み込む近代的な Fortran ツールキット。\|https://github.com/wesbarnett/libgmxcpp\|{{AUR\|libgmxfort}}{{Broken package link\|パッケージが存在しません}}}}		*{{App\|libgmxfort\|シミュレーションの結果を解析するときに使うための Gromacs ファイル (.xtc と .ndx) を読み込む近代的な Fortran ツールキット。\|https://github.com/wesbarnett/libgmxcpp\|{{AUR\|libgmxfort}}{{Broken package link\|パッケージが存在しません}}}}
	*{{App\|mdanalysis\|分子の力学軌道を多数の形式で解析することができるオブジェクト指向の python ツールキット。\|http://www.mdanalysis.org\|{{AUR\|python2-mdanalysis}}}}		*{{App\|mdanalysis\|分子の力学軌道を多数の形式で解析することができるオブジェクト指向の python ツールキット。\|http://www.mdanalysis.org\|{{AUR\|python2-mdanalysis}}{{Broken package link\|パッケージが存在しません}}}}
	*{{App\|MDTraj\|分子の動的軌道を解析するための新しいオープンなライブラリ。\|http://mdtraj.org/latest/\|{{AUR\|python-mdtraj}}}}		*{{App\|MDTraj\|分子の動的軌道を解析するための新しいオープンなライブラリ。\|http://mdtraj.org/latest/\|{{AUR\|python-mdtraj}}}}
	*{{App\|xdrfile\|GROMACS の trr や xtc ファイルを読み込んで別の形式に変換することができるツール。\|http://gromacs.org\|{{AUR\|xdrfile}}}}		*{{App\|xdrfile\|GROMACS の trr や xtc ファイルを読み込んで別の形式に変換することができるツール。\|http://gromacs.org\|{{AUR\|xdrfile}}}}

← 古い版		2018年8月30日 (木) 00:46時点における版
14行目:		14行目:

	== インストール ==		== インストール ==
	{{AUR\|gromacs}} または {{AUR\|gromacs-mpi}} パッケージを[[インストール]]してください。[[PKGBUILD]] はシステムにあわせて (MPI や GPU のサポートなど) [[ヘルプ:読み方#追加, 作成, 編集そして source\|編集]]するようにしてください。PKGBUILD で追加・編集ができる [[Wikipedia:cmake\|cmake]] オプションとしては以下のようなものがあります (参照: [http://manual.gromacs.org/documentation/ GROMACS インストールガイド]):		{{AUR\|gromacs}} または {{AUR\|gromacs-mpi}}{{Broken package link\|パッケージが存在しません}} パッケージを[[インストール]]してください。[[PKGBUILD]] はシステムにあわせて (MPI や GPU のサポートなど) [[ヘルプ:読み方#追加, 作成, 編集そして source\|編集]]するようにしてください。PKGBUILD で追加・編集ができる [[Wikipedia:cmake\|cmake]] オプションとしては以下のようなものがあります (参照: [http://manual.gromacs.org/documentation/ GROMACS インストールガイド]):

	*{{ic\|1=-DGMX_DOUBLE=ON}} - [[Wikipedia:ja:倍精度浮動小数点数\|倍精度]]が必要な場合に追加してください。GROMACS インストールガイドによれば、倍精度は「低速であり、通常は意味がありません」。このフラグを設定した場合、全ての GROMACS プログラムのデフォルトサフィックスは {{ic\|_d}} に設定されます。		*{{ic\|1=-DGMX_DOUBLE=ON}} - [[Wikipedia:ja:倍精度浮動小数点数\|倍精度]]が必要な場合に追加してください。GROMACS インストールガイドによれば、倍精度は「低速であり、通常は意味がありません」。このフラグを設定した場合、全ての GROMACS プログラムのデフォルトサフィックスは {{ic\|_d}} に設定されます。
31行目:		31行目:
	*{{pkg\|lapack}} - 正規モードの GROMACS ユーティリティや行列操作ではハードウェアに最適化済みの BLAS や LAPACK ライブラリが有用ですが、通常のシミュレーションでは特に意味はありません。		*{{pkg\|lapack}} - 正規モードの GROMACS ユーティリティや行列操作ではハードウェアに最適化済みの BLAS や LAPACK ライブラリが有用ですが、通常のシミュレーションでは特に意味はありません。

	{{AUR\|gromacs-git}} パッケージには最新の開発版ソースが含まれています。本番環境では使うべきではありません。		{{AUR\|gromacs-git}}{{Broken package link\|パッケージが存在しません}} パッケージには最新の開発版ソースが含まれています。本番環境では使うべきではありません。

	== 設定 ==		== 設定 ==
311行目:		311行目:

	==== 解析ライブラリ ====		==== 解析ライブラリ ====
	*{{App\|libgmxcpp\|Gromacs ファイル (.xtc や .ndx) を読み込むのに使用される C++ ツールキット。シミュレーション結果を解析するのに使います。\|https://github.com/wesbarnett/libgmxcpp\|{{AUR\|libgmxcpp}}}}		*{{App\|libgmxcpp\|Gromacs ファイル (.xtc や .ndx) を読み込むのに使用される C++ ツールキット。シミュレーション結果を解析するのに使います。\|https://github.com/wesbarnett/libgmxcpp\|{{AUR\|libgmxcpp}}{{Broken package link\|パッケージが存在しません}}}}
	*{{App\|libgmxfort\|シミュレーションの結果を解析するときに使うための Gromacs ファイル (.xtc と .ndx) を読み込む近代的な Fortran ツールキット。\|https://github.com/wesbarnett/libgmxcpp\|{{AUR\|libgmxfort}}}}		*{{App\|libgmxfort\|シミュレーションの結果を解析するときに使うための Gromacs ファイル (.xtc と .ndx) を読み込む近代的な Fortran ツールキット。\|https://github.com/wesbarnett/libgmxcpp\|{{AUR\|libgmxfort}}{{Broken package link\|パッケージが存在しません}}}}
	*{{App\|mdanalysis\|分子の力学軌道を多数の形式で解析することができるオブジェクト指向の python ツールキット。\|http://www.mdanalysis.org\|{{AUR\|python2-mdanalysis}}}}		*{{App\|mdanalysis\|分子の力学軌道を多数の形式で解析することができるオブジェクト指向の python ツールキット。\|http://www.mdanalysis.org\|{{AUR\|python2-mdanalysis}}}}
	*{{App\|MDTraj\|分子の動的軌道を解析するための新しいオープンなライブラリ。\|http://mdtraj.org/latest/\|{{AUR\|python-mdtraj}}}}		*{{App\|MDTraj\|分子の動的軌道を解析するための新しいオープンなライブラリ。\|http://mdtraj.org/latest/\|{{AUR\|python-mdtraj}}}}
	*{{App\|xdrfile\|GROMACS の trr や xtc ファイルを読み込んで別の形式に変換することができるツール。\|http://gromacs.org\|{{AUR\|xdrfile}}}}		*{{App\|xdrfile\|GROMACS の trr や xtc ファイルを読み込んで別の形式に変換することができるツール。\|http://gromacs.org\|{{AUR\|xdrfile}}{{Broken package link\|パッケージが存在しません}}}}

	==== 自由エネルギー計算 ====		==== 自由エネルギー計算 ====
	*{{App\|alchemical_analysis\|錬金術の自由エネルギー計算を解析する推奨法を実装するオープンなツール。\|https://github.com/MobleyLab/alchemical-analysis\|{{AUR\|python2-alchemical-analysis}}}}		*{{App\|alchemical_analysis\|錬金術の自由エネルギー計算を解析する推奨法を実装するオープンなツール。\|https://github.com/MobleyLab/alchemical-analysis\|{{AUR\|python2-alchemical-analysis}}{{Broken package link\|パッケージが存在しません}}}}

	==== 構造の作成 ====		==== 構造の作成 ====

← 古い版		2018年7月22日 (日) 00:27時点における版
5行目:		5行目:
	{{Related\|アプリケーション一覧/サイエンス}}		{{Related\|アプリケーション一覧/サイエンス}}
	{{Related articles end}}		{{Related articles end}}

⚫	{{Note\|GROMACS を[[Wikipedia:ja:ブラックボックス\|ブラックボックス]]として扱わないでください。ユーザーは GROMACS で使われている手法や力場について科学論文を読んで学ぶことが強く推奨されています。}}

	[http://www.gromacs.org/ 公式ウェブサイト] によれば、GROMACS とは:		[http://www.gromacs.org/ 公式ウェブサイト] によれば、GROMACS とは:

13行目:		10行目:

	::''蛋白質や脂質、核酸などの複雑な結合相互作用を持つ生化学的な分子を主たる対象として開発されていますが、GROMACS は (大抵のシミュレーションを占める) 非結合性相互作用の計算でも非常に高速な能力を発揮するので、重合体など生物学以外の研究分野でも多くの研究者によって使われています。''		::''蛋白質や脂質、核酸などの複雑な結合相互作用を持つ生化学的な分子を主たる対象として開発されていますが、GROMACS は (大抵のシミュレーションを占める) 非結合性相互作用の計算でも非常に高速な能力を発揮するので、重合体など生物学以外の研究分野でも多くの研究者によって使われています。''

		⚫	{{Note\|GROMACS を[[Wikipedia:ja:ブラックボックス\|ブラックボックス]]として扱わないでください。ユーザーは GROMACS で使われている手法や力場について科学論文を読んで学ぶことが強く推奨されています。}}

	== インストール ==		== インストール ==
	{{AUR\|gromacs}} または {{AUR\|gromacs-mpi}} パッケージを[[インストール]]してください。[[PKGBUILD]] はシステムにあわせて[[ヘルプ:読み方#追加, 作成, 編集そして source\|編集]]するようにしてください。PKGBUILD で追加・編集ができる [[Wikipedia:cmake\|cmake]] オプションとしては以下のようなものがあります:		{{AUR\|gromacs}} または {{AUR\|gromacs-mpi}} パッケージを[[インストール]]してください。[[PKGBUILD]] はシステムにあわせて (MPI や GPU のサポートなど) [[ヘルプ:読み方#追加, 作成, 編集そして source\|編集]]するようにしてください。PKGBUILD で追加・編集ができる [[Wikipedia:cmake\|cmake]] オプションとしては以下のようなものがあります (参照: [http://manual.gromacs.org/documentation/ GROMACS インストールガイド]):

	*{{ic\|1=-DGMX_DOUBLE=ON}} - [[Wikipedia:ja:倍精度浮動小数点数\|倍精度]]が必要な場合に追加してください。~~[http://www.gromacs.org/Documentation/Installation_Instructions_5.0~~ GROMACS インストールガイド] によれば、倍精度は「低速であり、通常は意味がありません」。このフラグを設定した場合、全ての GROMACS プログラムのデフォルトサフィックスは {{ic\|_d}} に設定されます。		*{{ic\|1=-DGMX_DOUBLE=ON}} - [[Wikipedia:ja:倍精度浮動小数点数\|倍精度]]が必要な場合に追加してください。GROMACS インストールガイドによれば、倍精度は「低速であり、通常は意味がありません」。このフラグを設定した場合、全ての GROMACS プログラムのデフォルトサフィックスは {{ic\|_d}} に設定されます。
	*{{ic\|1=-DGMX_GPU=ON}} - [[Wikipedia:Graphics_processing_unit\|GPU]] のサポートを有効にしてビルドする場合に追加。		*{{ic\|1=-DGMX_GPU=ON}} - [[Wikipedia:Graphics_processing_unit\|GPU]] のサポートを有効にしてビルドする場合に追加。
	*{{ic\|1=-DGMX_MPI=ON}} - 複数の計算ノードにまたがって実行できるようにしたい場合に追加。{{pkg\|openmpi}} や {{AUR\|mpich}} などの [[Wikipedia:Message_Passing_Interface\|MPI]] ライブラリも必要になります。MPI のサポートが必要ない場合 (つまり、シングルコンピュータで実行する場合)、このフラグは必要ありません。このフラグを設定した場合、全ての GROMACS プログラムのデフォルトサフィックスは {{ic\|_mpi}} に設定されます。		*{{ic\|1=-DGMX_MPI=ON}} - 複数の計算ノードにまたがって実行できるようにしたい場合に追加。{{pkg\|openmpi}} や {{AUR\|mpich}} などの [[Wikipedia:Message_Passing_Interface\|MPI]] ライブラリも必要になります。MPI のサポートが必要ない場合 (つまり、シングルコンピュータで実行する場合)、このフラグは必要ありません。このフラグを設定した場合、全ての GROMACS プログラムのデフォルトサフィックスは {{ic\|_mpi}} に設定されます。
	*{{ic\|1=-DGMX_SIMD=''xxx''}} - GROMACS は使用しているプロセッサに最適な [[Wikipedia:simd\|SIMD]] 命令を検知してくれるので、このフラグを設定する必要はありません。しかしながら、何らかのコンパイルエラーが起こる場合は、このフラグで SIMD レベルを指定することができます。{{ic\|''xxx''}} で利用できるオプションのリスト~~は[http://www.gromacs.org/Documentation/Installation_Instructions_5.0#simd-support こちら]~~。		*{{ic\|1=-DGMX_SIMD=''xxx''}} - GROMACS は使用しているプロセッサに最適な [[Wikipedia:simd\|SIMD]] 命令を検知してくれるので、このフラグを設定する必要はありません。しかしながら、何らかのコンパイルエラーが起こる場合は、このフラグで SIMD レベルを指定することができます。{{ic\|''xxx''}} で利用できるオプションのリストがインストールガイドに記載されています。
	{{Note\|Haswell プロセッサでコンパイルする場合、AVX2_256 命令を有効にしてコンパイルできるように {{ic\|1=-march=native}} を使用するよう [[makepkg]] を設定する必要があります。}}		{{Note\|Haswell プロセッサでコンパイルする場合、AVX2_256 命令を有効にしてコンパイルできるように {{ic\|1=-march=native}} を使用するよう [[makepkg]] を設定する必要があります。}}
	*{{ic\|1=-DGMX_X11=ON}} - ビルトインされている軌道ビューア {{ic\|gmx view}} を使う場合は設定してください。このフラグを使うには {{~~AUR~~\|~~lesstif~~}} と {{pkg\|libx11}} パッケージが必要です。		*{{ic\|1=-DGMX_X11=ON}} - ビルトインされている軌道ビューア {{ic\|gmx view}} を使う場合は設定してください。このフラグを使うには {{Pkg\|openmotif}} と {{pkg\|libx11}} パッケージが必要です。
	*{{ic\|1=-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON}} - GROMACS のビルドをテストしたい場合は設定してください。テストを実行するには {{ic\|make check}} を実行するように[[パッケージの作成#関数 check()\|ビルドを設定]]します。{{pkg\|libxml2}} パッケージが必要です。		*{{ic\|1=-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON}} - GROMACS のビルドをテストしたい場合は設定してください。テストを実行するには {{ic\|make check}} を実行するように[[パッケージの作成#関数 check()\|ビルドを設定]]します。{{pkg\|libxml2}} パッケージが必要です。
	*{{ic\|1=-DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF}} - MPI や倍精度を有効にしてビルドするときに GROMACS プログラムのデフォルトサフィックスをオフにしたい場合に設定。		*{{ic\|1=-DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF}} - MPI や倍精度を有効にしてビルドするときに GROMACS プログラムのデフォルトサフィックスをオフにしたい場合に設定。
28行目:		27行目:

	他にも性能を向上させるパッケージが存在します:		他にも性能を向上させるパッケージが存在します:
	*{{pkg\|boost-libs}} - "外部の [[wikipedia:Boost (C++ libraries)\|Boost ライブラリ]]を使うことでスマートポインタや例外処理などの優れた実装を利用することができます。~~" [http://www.gromacs.org/Documentation/Installation_Instructions_5.0#optional-build-components]~~		*{{pkg\|boost-libs}} - 外部の [[wikipedia:Boost (C++ libraries)\|Boost ライブラリ]]を使うことでスマートポインタや例外処理などの優れた実装を利用することができます。
			*{{pkg\|hwloc}} - hwloc とリンクすることでハードウェアの機能を実行時に認識します。
	*{{pkg\|lapack}} - "正規モードの GROMACS ユーティリティや行列操作ではハードウェアに最適化済みの BLAS や LAPACK ライブラリが有用ですが、通常のシミュレーションでは特に意味はありません。~~" [http://www.gromacs.org/Documentation/Installation_Instructions_5.0#optional-build-components]~~		*{{pkg\|lapack}} - 正規モードの GROMACS ユーティリティや行列操作ではハードウェアに最適化済みの BLAS や LAPACK ライブラリが有用ですが、通常のシミュレーションでは特に意味はありません。

	{{Tip\|GROMACS 専用に改良された [[Wikipedia:fftw\|FFTW]] ライブラリが {{AUR\|fftw-bettersimd}}{{Broken package link\|パッケージが存在しません}} パッケージでインストールできます。依存パッケージとなっている {{pkg\|fftw}} の代わりとして使うことが可能です。}}

	{{AUR\|gromacs-git}} パッケージには最新の開発版ソースが含まれています。本番環境では使うべきではありません。		{{AUR\|gromacs-git}} パッケージには最新の開発版ソースが含まれています。本番環境では使うべきではありません。
41行目:		39行目:
	== 使用方法 ==		== 使用方法 ==

	以下は主要なコマンドの基本的なワークフローです。全てのコマンドは {{ic\|gmx}} から始ま~~ります。現行バージョンの 5.0 では任意ですが、5.1 からは必須にな~~ります。GROMACS の使用法に関する詳細情報は[[#参照\|チュートリアルを見たりマニュアルを読んでください]]。また、[http://manual.gromacs.org/online/flow.html こちら] に便利なフローチャートがあります。		以下は主要なコマンドの基本的なワークフローです。全てのコマンドは {{ic\|gmx}} から始まります。GROMACS の使用法に関する詳細情報は[[#参照\|チュートリアルを見たりマニュアルを読んでください]]。また、[http://manual.gromacs.org/online/flow.html こちら] に便利なフローチャートがあります。

	{{Tip\|各コマンドには [[man ページ]]が存在しており、{{ic\|gmx}} とコマンドの間の空白をハイフンで置き換えてください。例えば、''gmx pdb2gmx'' の man ページは {{ic\|gmx-pdb2gmx}} となります。}}		{{Tip\|各コマンドには [[man ページ]]が存在しており、{{ic\|gmx}} とコマンドの間の空白をハイフンで置き換えてください。例えば、''gmx pdb2gmx'' の man ページは {{ic\|gmx-pdb2gmx}} となります。}}
314行目:		312行目:
	==== 解析ライブラリ ====		==== 解析ライブラリ ====
	*{{App\|libgmxcpp\|Gromacs ファイル (.xtc や .ndx) を読み込むのに使用される C++ ツールキット。シミュレーション結果を解析するのに使います。\|https://github.com/wesbarnett/libgmxcpp\|{{AUR\|libgmxcpp}}}}		*{{App\|libgmxcpp\|Gromacs ファイル (.xtc や .ndx) を読み込むのに使用される C++ ツールキット。シミュレーション結果を解析するのに使います。\|https://github.com/wesbarnett/libgmxcpp\|{{AUR\|libgmxcpp}}}}
			*{{App\|libgmxfort\|シミュレーションの結果を解析するときに使うための Gromacs ファイル (.xtc と .ndx) を読み込む近代的な Fortran ツールキット。\|https://github.com/wesbarnett/libgmxcpp\|{{AUR\|libgmxfort}}}}
	*{{App\|mdanalysis\|分子の力学軌道を多数の形式で解析することができるオブジェクト指向の python ツールキット。\|http://www.mdanalysis.org\|{{AUR\|python2-mdanalysis}}}}		*{{App\|mdanalysis\|分子の力学軌道を多数の形式で解析することができるオブジェクト指向の python ツールキット。\|http://www.mdanalysis.org\|{{AUR\|python2-mdanalysis}}}}
	*{{App\|MDTraj\|分子の動的軌道を解析するための新しいオープンなライブラリ。\|http://mdtraj.org/latest/\|{{AUR\|python-mdtraj}}}}		*{{App\|MDTraj\|分子の動的軌道を解析するための新しいオープンなライブラリ。\|http://mdtraj.org/latest/\|{{AUR\|python-mdtraj}}}}
335行目:		334行目:
	=== チュートリアル ===		=== チュートリアル ===
	* [http://www.gromacs.org/Documentation/Tutorials GROMACS チュートリアル]		* [http://www.gromacs.org/Documentation/Tutorials GROMACS チュートリアル]
	* [http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/index.html Justin Lemkul's Tutorials] — ~~includes a variety of different simulation methods~~ (~~umbrella sampling, free energy calculations, etc~~).		* [http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/index.html Justin Lemkul's Tutorials] — 様々なシミュレーションの方法 (アンブレラサンプリング法・自由エネルギー計算など)。
	* [http://~~statthermo~~.~~blogspot.com~~/p/~~tutorials.html~~ James Barnett's Tutorials] — ~~a few basic tutorials on simulations with an organic solute. Includes how to use~~ ''gmx pdb2gmx'' ~~with a user-created molecule.~~		* [http://wbarnett.us/tutorials/ James Barnett's Tutorials] — 有機溶質を使ったシミュレーションのチュートリアル。ユーザーが作成した分子で ''gmx pdb2gmx'' を使用する方法。

← 古い版		2017年10月7日 (土) 22:44時点における版
22行目:		22行目:
	*{{ic\|1=-DGMX_SIMD=''xxx''}} - GROMACS は使用しているプロセッサに最適な [[Wikipedia:simd\|SIMD]] 命令を検知してくれるので、このフラグを設定する必要はありません。しかしながら、何らかのコンパイルエラーが起こる場合は、このフラグで SIMD レベルを指定することができます。{{ic\|''xxx''}} で利用できるオプションのリストは[http://www.gromacs.org/Documentation/Installation_Instructions_5.0#simd-support こちら]。		*{{ic\|1=-DGMX_SIMD=''xxx''}} - GROMACS は使用しているプロセッサに最適な [[Wikipedia:simd\|SIMD]] 命令を検知してくれるので、このフラグを設定する必要はありません。しかしながら、何らかのコンパイルエラーが起こる場合は、このフラグで SIMD レベルを指定することができます。{{ic\|''xxx''}} で利用できるオプションのリストは[http://www.gromacs.org/Documentation/Installation_Instructions_5.0#simd-support こちら]。
	{{Note\|Haswell プロセッサでコンパイルする場合、AVX2_256 命令を有効にしてコンパイルできるように {{ic\|1=-march=native}} を使用するよう [[makepkg]] を設定する必要があります。}}		{{Note\|Haswell プロセッサでコンパイルする場合、AVX2_256 命令を有効にしてコンパイルできるように {{ic\|1=-march=native}} を使用するよう [[makepkg]] を設定する必要があります。}}
	*{{ic\|1=-DGMX_X11=ON}} - ビルトインされている軌道ビューア {{ic\|gmx view}} を使う場合は設定してください。このフラグを使うには {{~~pkg~~\|lesstif}} と {{pkg\|libx11}} パッケージが必要です。		*{{ic\|1=-DGMX_X11=ON}} - ビルトインされている軌道ビューア {{ic\|gmx view}} を使う場合は設定してください。このフラグを使うには {{AUR\|lesstif}} と {{pkg\|libx11}} パッケージが必要です。
	*{{ic\|1=-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON}} - GROMACS のビルドをテストしたい場合は設定してください。テストを実行するには {{ic\|make check}} を実行するように[[パッケージの作成#関数 check()\|ビルドを設定]]します。{{pkg\|libxml2}} パッケージが必要です。		*{{ic\|1=-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON}} - GROMACS のビルドをテストしたい場合は設定してください。テストを実行するには {{ic\|make check}} を実行するように[[パッケージの作成#関数 check()\|ビルドを設定]]します。{{pkg\|libxml2}} パッケージが必要です。
	*{{ic\|1=-DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF}} - MPI や倍精度を有効にしてビルドするときに GROMACS プログラムのデフォルトサフィックスをオフにしたい場合に設定。		*{{ic\|1=-DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF}} - MPI や倍精度を有効にしてビルドするときに GROMACS プログラムのデフォルトサフィックスをオフにしたい場合に設定。

← 古い版		2017年7月13日 (木) 00:09時点における版
31行目:		31行目:
	*{{pkg\|lapack}} - "正規モードの GROMACS ユーティリティや行列操作ではハードウェアに最適化済みの BLAS や LAPACK ライブラリが有用ですが、通常のシミュレーションでは特に意味はありません。" [http://www.gromacs.org/Documentation/Installation_Instructions_5.0#optional-build-components]		*{{pkg\|lapack}} - "正規モードの GROMACS ユーティリティや行列操作ではハードウェアに最適化済みの BLAS や LAPACK ライブラリが有用ですが、通常のシミュレーションでは特に意味はありません。" [http://www.gromacs.org/Documentation/Installation_Instructions_5.0#optional-build-components]

	{{Tip\|GROMACS 専用に改良された [[Wikipedia:fftw\|FFTW]] ライブラリが {{AUR\|fftw-bettersimd}}{{Broken package link\|~~package not found~~}} パッケージでインストールできます。依存パッケージとなっている {{pkg\|fftw}} の代わりとして使うことが可能です。}}		{{Tip\|GROMACS 専用に改良された [[Wikipedia:fftw\|FFTW]] ライブラリが {{AUR\|fftw-bettersimd}}{{Broken package link\|パッケージが存在しません}} パッケージでインストールできます。依存パッケージとなっている {{pkg\|fftw}} の代わりとして使うことが可能です。}}

	{{AUR\|gromacs-git}} パッケージには最新の開発版ソースが含まれています。本番環境では使うべきではありません。		{{AUR\|gromacs-git}} パッケージには最新の開発版ソースが含まれています。本番環境では使うべきではありません。