R パッケージガイドライン - 版の履歴

Kgx: /* サンプル */ ヒントとテクニックを翻訳して追加

2023-06-28T08:47:39Z

サンプル: ヒントとテクニックを翻訳して追加

← 古い版		2023年6月28日 (水) 17:47時点における版
114行目:		114行目:
	}		}

	== サンプル ==		== ヒントとテクニック ==
	=== RcppEigen ===

			=== Bioconductor リポジトリ ===
	pkgname=r-rcppeigen
	pkgver=0.3.3.4.0
	pkgrel=1
	pkgdesc="Rcpp Integration for the Eigen Templated Linear Algebra Library"
	arch=('x86_64')
	url="https://cran.r-project.org/package=RcppEigen"
	license=('GPL')
	depends=('r' 'r-rcpp')
	optdepends=('r-inline' 'r-runit' 'r-pkgkitten')
	source=("https://cran.r-project.org/src/contrib/RcppEigen_$pkgver.tar.gz")
	md5sums=('78ee1ef7c6043efa875434ae5fcea2ec')

	build(){
	R CMD INSTALL RcppEigen_"$pkgver".tar.gz -l "$srcdir"
	}
	package() {
	install -dm0755 "$pkgdir"/usr/lib/R/library
	cp -a --no-preserve=ownership RcppEigen "$pkgdir"/usr/lib/R/library
	}

			bioconductor パッケージに簡単にアクセスするには、[https://wiki.archlinux.org/title/Unofficial_user_repositories#bioarchlinux bioarchlinux] リポジトリを追加してください。
	=== XML ===
	pkgver で使用できない文字が使われている R パッケージの例:

	_cranver=3.98-1.11
	pkgname=r-xml
	pkgver=${_cranver//[:-]/.}
	pkgrel=1
	pkgdesc='Tools for Parsing and Generating XML Within R and S-Plus'
	arch=('x86_64')
	url='https://cran.r-project.org/package=XML'
	license=('BSD')
	depends=('r' 'libxml2')
	optdepends=('r-bitops' 'r-rcurl')
	replaces=('r-cran-xml')
	source=("https://cran.r-project.org/src/contrib/XML_$_cranver.tar.gz")
	md5sums=('6c67f5730ada3456372520773a920b8e')

	build(){
	R CMD INSTALL XML_"$_cranver".tar.gz -l "$srcdir"
	}
	package() {
	install -dm0755 "$pkgdir"/usr/lib/R/library
	cp -a --no-preserve=ownership XML "$pkgdir"/usr/lib/R/library
	}

Kgx: /* ビルドとパッケージ化 */ 情報を更新

2023-06-28T08:44:54Z

ビルドとパッケージ化: 情報を更新

← 古い版		2023年6月28日 (水) 17:44時点における版
27行目:		27行目:

	== ビルドとパッケージ化 ==		== ビルドとパッケージ化 ==
	R にはパッケージのビルド機能があるため、ビルド済みのパッケージをインストール・コピーするだけです:

			R にはパッケージを構築するためのサポートが組み込まれています。MRAN、CRAN、Bioconductor の 3 つのリポジトリ用の {{ic\|PKGBUILD}} の 3 つのテンプレートを次に示します。MRAN は CRAN のスナップショットミラーであり、このテンプレートを使用すると、古い場合でもパッケージをビルドできます。
⚫	build(){

⚫	R CMD INSTALL ~~pkg~~.tar.gz -l "$srcdir"
			=== MRAN ===
⚫	}

⚫	package() {
			_cranname=
⚫	install -~~dm0775~~ "$pkgdir"/usr/lib/R/library
			_cranver=
⚫	cp -a --no-preserve=ownership ~~pkgname~~ "$pkgdir"/usr/lib/R/library
			_updatedate=YYYY-MM-DD
	}
			pkgname=r-${_cranname,,}
			pkgver=${_cranver//[:-]/.}
			pkgrel=1
			pkgdesc=""
			arch=()
			url="<nowiki>https://cran.r-project.org/package=${_cranname}</nowiki>"
			license=()
			depends=(r)
			makedepends=()
			optdepends=()
			source=("<nowiki>https://cran.microsoft.com/snapshot/${_updatedate}/src/contrib/${_cranname}_${_cranver}.tar.gz</nowiki>")
			sha256sums=('')

		⚫	build() {
			R CMD INSTALL ${_cranname}_${_cranver}.tar.gz -l "${srcdir}"
			}

		⚫	package() {
		⚫	install -dm0755 "${pkgdir}/usr/lib/R/library"

			cp -a --no-preserve=ownership "${_cranname}" "${pkgdir}/usr/lib/R/library"
			}

			=== CRAN ===

			_cranname=
			_cranver=
			pkgname=r-${_cranname,,}
			pkgver=${_cranver//[:-]/.}
			pkgrel=1
			pkgdesc=""
			arch=()
			url="<nowiki>https://cran.r-project.org/package=${_cranname}</nowiki>"
			license=()
			depends=(r)
			makedepends=()
			optdepends=()
			source=("<nowiki>https://cran.r-project.org/src/contrib/${_cranname}_${_cranver}.tar.gz</nowiki>")
			sha256sums=('')

			build() {
			R CMD INSTALL ${_cranname}_${_cranver}.tar.gz -l "${srcdir}"
			}

			package() {
			install -dm0755 "${pkgdir}/usr/lib/R/library"

			cp -a --no-preserve=ownership "${_cranname}" "${pkgdir}/usr/lib/R/library"
			}

			=== Bioconductor ===

			_bcname=
			_bcver=
			pkgname=r-${_bcname,,}
			pkgver=${_bcver//[:-]/.}
			pkgrel=1
			pkgdesc=""
			arch=()
			url="<nowiki>https://bioconductor.org/packages/${_bcname}</nowiki>"
			license=()
			depends=(r)
			makedepends=()
			optdepends=()
			source=("<nowiki>https://bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/${_bcname}_${_bcver}.tar.gz</nowiki>")
			# or
			# source=("<nowiki>https://bioconductor.org/packages/release/data/annotation/src/contrib/${_bcname}_${_bcver}.tar.gz</nowiki>")
			sha256sums=('')

			build() {
		⚫	R CMD INSTALL ${_bcname}_${_bcver}.tar.gz -l "${srcdir}"
			}

			package() {
			install -dm0755 "${pkgdir}/usr/lib/R/library"
		⚫
		⚫	cp -a --no-preserve=ownership "${_bcname}" "${pkgdir}/usr/lib/R/library"
			}

	== サンプル ==		== サンプル ==

Kusakata: ページの作成:「Category:パッケージ開発 en:R package guidelines pt:R package guidelines {{Package Guidelines}} このドキュメントでは R パッケージの...」

2018-07-21T15:50:45Z

ページの作成:「Category:パッケージ開発 en:R package guidelines pt:R package guidelines {{Package Guidelines}} このドキュメントでは R パッケージの...」

新規ページ

[[Category:パッケージ開発]]
[[en:R package guidelines]]
[[pt:R package guidelines]]
{{Package Guidelines}}
このドキュメントでは [[R]] パッケージの [[PKGBUILD]] を書く時の決まりとガイドラインを記載しています。ほとんどの情報はパッケージの {{ic|DESCRIPTION}} ファイルを見ることで得ることができます。{{ic|tools::CRAN_package_db()}} を実行することで R の中から取得できます。

== パッケージの命名 ==
パッケージは {{ic|r-pkgname}} という名前にしてください。pkgname は {{ic|DESCRIPTION}} ファイルの {{ic|Package}} フィールドの値を使います。パッケージ名は小文字でなければなりません。

== パッケージのバージョン ==
{{ic|Version}} フィールドの値を使ってください。R ではバージョンにコロンとハイフンが使えますが、PKGBUILD では使用できません。ピリオドかアンダースコアに置き換えてください。

== アーキテクチャ ==
[[PKGBUILD#arch]] を参照。パッケージの CRAN ウェブページで {{ic|NeedsCompilation: yes}} となっている場合、アーキテクチャに依存します。それ以外の場合は依存しません。

== 依存関係 ==
パッケージの {{ic|DESCRIPTION}} ファイルの {{ic|Depends}}, {{ic|Imports}}, {{ic|LinkingTo}} フィールドに記載されている R パッケージは depends に追加してください。

{{ic|Suggests}} に並んでいる R パッケージは optdepends に追加してください。

一部のパッケージは外部のツールを必要とすることがあり、それらは {{ic|SystemRequirements}} に記載されています。

パッケージによっては makedepends に {{Pkg|gcc-fortran}} が必要ですが常に {{ic|DESCRIPTION}} ファイルにそのことが記載されているとは限りません。

== ソース ==
CRAN の全ての R パッケージは {{ic|https://cran.r-project.org/src/contrib/cranname_cranversion.tar.gz}} から取得できます。cranname は CRAN におけるパッケージ名、cranversion は cran のバージョンに置き換えてください。

== ビルドとパッケージ化 ==
R にはパッケージのビルド機能があるため、ビルド済みのパッケージをインストール・コピーするだけです:

build(){
R CMD INSTALL pkg.tar.gz -l "$srcdir"
}
package() {
install -dm0775 "$pkgdir"/usr/lib/R/library
cp -a --no-preserve=ownership pkgname "$pkgdir"/usr/lib/R/library
}

== サンプル ==
=== RcppEigen ===

pkgname=r-rcppeigen
pkgver=0.3.3.4.0
pkgrel=1
pkgdesc="Rcpp Integration for the Eigen Templated Linear Algebra Library"
arch=('x86_64')
url="https://cran.r-project.org/package=RcppEigen"
license=('GPL')
depends=('r' 'r-rcpp')
optdepends=('r-inline' 'r-runit' 'r-pkgkitten')
source=("https://cran.r-project.org/src/contrib/RcppEigen_$pkgver.tar.gz")
md5sums=('78ee1ef7c6043efa875434ae5fcea2ec')

build(){
R CMD INSTALL RcppEigen_"$pkgver".tar.gz -l "$srcdir"
}
package() {
install -dm0755 "$pkgdir"/usr/lib/R/library
cp -a --no-preserve=ownership RcppEigen "$pkgdir"/usr/lib/R/library
}

=== XML ===
pkgver で使用できない文字が使われている R パッケージの例:

_cranver=3.98-1.11
pkgname=r-xml
pkgver=${_cranver//[:-]/.}
pkgrel=1
pkgdesc='Tools for Parsing and Generating XML Within R and S-Plus'
arch=('x86_64')
url='https://cran.r-project.org/package=XML'
license=('BSD')
depends=('r' 'libxml2')
optdepends=('r-bitops' 'r-rcurl')
replaces=('r-cran-xml')
source=("https://cran.r-project.org/src/contrib/XML_$_cranver.tar.gz")
md5sums=('6c67f5730ada3456372520773a920b8e')

build(){
R CMD INSTALL XML_"$_cranver".tar.gz -l "$srcdir"
}
package() {
install -dm0755 "$pkgdir"/usr/lib/R/library
cp -a --no-preserve=ownership XML "$pkgdir"/usr/lib/R/library
}