アプリケーション一覧/サイエンスのソースを表示

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[[Category:計算と科学]]
[[Category:アプリケーション]]
[[Category:ソフトウェア一覧]]
[[en:List of applications/Science]]
[[es:List of applications (Español)/Science]]
[[it:List of applications (Italiano)/Science]]
[[pt:List of applications (Português)/Science]]
[[zh-hans:List of applications (简体中文)/Science]]
[[zh-hant:List of applications (正體中文)/Science]]
{{List of Applications navigation}}
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== サイエンス ==

{{Note|1=最新の科学用アプリケーションについては [https://aur.archlinux.org/packages.php?O=0&do_Search=Go&detail=1&C=15&SeB=nd&SB=v&SO=d&PP=50 AUR の 'science' カテゴリ]をチェックしてください}}

=== 数学 ===

==== 電卓 ====

See also [[Wikipedia:Comparison of software calculators]].

===== Console =====

* {{App|[[Wikipedia:bc programming language|bc]]|任意精度計算言語。|https://www.gnu.org/software/bc/|{{Pkg|bc}}}}
* {{App|calc|任意精度計算コンソール。|http://www.isthe.com/chongo/tech/comp/calc/|{{Pkg|calc}}}}
* {{App|clac|後置記法のコマンドライン・スタックベース計算機。|https://github.com/soveran/clac|{{AUR|clac}}}}
* {{App|qalc|Command-line calculator and equation solver with fault-tolerant parsing, constant recognition and units.|https://qalculate.github.io/|{{Pkg|libqalculate}}}}

===== Graphical =====

* {{App|Deepin Calculator|Deepin デスクトップの使いやすい電卓|https://www.deepin.org/en/original/deepin-calculator/|{{Pkg|deepin-calculator}}}}
* {{App|Extcalc|Qt ベースの科学用グラフィカル計算器。|http://extcalc-linux.sourceforge.net/|{{AUR|extcalc}}}}
* {{App|FOX Calculator|シンプルなデスクトップ電卓。|http://fox-toolkit.org/|{{Pkg|fox}}}}
* {{App|galculator|GTK ベースの科学用電卓。|http://galculator.mnim.org/|GTK 3: {{Pkg|galculator}}, GTK 2: {{pkg|galculator-gtk2}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Genius (mathematics software)|Genius]]|数学的なプログラミング言語を備えた先進的な計算機。|https://www.jirka.org/genius.html|{{Pkg|genius}}}}
* {{App|[[Wikipedia:GNOME Calculator|GNOME Calculator]]|GNOME デスクトップの科学電卓。|https://wiki.gnome.org/Apps/Calculator|{{Pkg|gnome-calculator}}}}
* {{App|[[Wikipedia:KAlgebra|KAlgebra]]|{{Grp|kde-education}} に含まれる計算器と 3D プロッタ。|https://apps.kde.org/kalgebramobile/|{{Pkg|kalgebra}}}}
* {{App|[[Wikipedia:KCalc|KCalc]]|KDE デスクトップの科学電卓。|https://apps.kde.org/kcalc/|{{Pkg|kcalc}}}}
* {{App|Liri Calculator|Liri の電卓。|https://github.com/lirios/calculator|{{Pkg|liri-calculator}}}}
* {{App|MATE Calc|MATE デスクトップ環境の計算機。|https://mate-desktop.org/|{{Pkg|mate-calc}}}}
* {{App|Qalculate!|電卓・方程式ソルバ。フォールトトレラントなパース、定数認識とユニット。|https://qalculate.github.io/|{{Pkg|qalculate-gtk}}}}
* {{App|SpeedCrunch|高速高精度でパワフルなクロスプラットフォームの計算器。|http://speedcrunch.org|{{Pkg|speedcrunch}}}}
* {{App|[[Wikipedia:xcalc|xcalc]]|代数・逆ポーランド表記法モードを備えた X 用科学電卓。|https://www.x.org/|{{Pkg|xorg-xcalc}}}}

==== 数式処理システム ====

See also [[Wikipedia:ja:数式処理システムの一覧]].

* {{App|[[Wikipedia:Axiom (computer algebra system)|AXIOM]]|FriCAS: 強力な AXIOM-CAS の派生システム。|http://fricas.sourceforge.net|{{AUR|fricas}}}}
* {{App|[[Wikipedia:GAP (computer algebra system)|GAP]]|群論計算に重点を置いた分散計算のための数式処理システム。|https://www.gap-system.org/|{{Pkg|gap}}}}
* {{App|[[Maple]]|有名な商用 CAS。主として教育で使われています。|https://www.maplesoft.com/products/maple/|}}
* {{App|Mathics|記号数学計算用のフリーな CAS。主要な言語として [[Python]] を使用。Mathematica 互換の構文と機能を備えることを目指しています。ほとんどの処理は Sympy を使っており、より高度な機能を Sage で補っています。|https://mathics.github.io/|{{AUR|mathics}}}} 
* {{App|[[Wikipedia:Mathomatic|Mathomatic]]|C で書かれた多目的の数式処理システム。|http://www.mathomatic.org/|{{Pkg|mathomatic}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Maxima (software)|Maxima]]|[[Wikipedia:Maple (software)|Maple]]/[[Wikipedia:Wolfram Mathematica|Mathematica]]-ライクなプログラム。|http://maxima.sourceforge.net/|{{Pkg|maxima}}}}
* {{App|[[Wikipedia:PARI/GP|PARI/GP]]|整数論の高速計算のために作られた数式処理システム。|http://pari.math.u-bordeaux.fr/|{{Pkg|pari}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Singular (software)|Singular]]|可換・非可換環論・代数幾何学・特異点論に特に注力されている多項式計算の数式処理システム。|https://www.singular.uni-kl.de/|{{Pkg|singular}}}}
* {{App|wxMaxima|強力な数式処理システムである Maxima のグラフィカルユーザーインターフェイス。|https://andrejv.github.io/wxmaxima/|{{Pkg|wxmaxima}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Xcas|Xcas]]|フリーの、基礎的な数式処理システムである、Giac のユーザーインターフェース。|http://www-fourier.ujf-grenoble.fr/~parisse/giac.html|{{Pkg|xcas}}}}

==== 科学技術計算 ====

See also [[Wikipedia:Comparison of numerical analysis software]].

* {{App|[[Wikipedia:Cadabra (computer program)|Cadabra]]|A field-theory motivated approach to computer algebra.|https://cadabra.science/|{{AUR|cadabra2}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Cantor (software)|Cantor]]|KDE に統合されたワークシートインターフェイスから好きな数学アプリケーションを使うことができるアプリケーション。{{Grp|kde-education}} に含まれます。|https://cantor.kde.org/|{{Pkg|cantor}}}}
* {{App|EngLab|C ライクな構文を持ったクロスコンパイル数学プラットフォーム。|http://englab.bugfest.net|{{AUR|englab}}}}
* {{App|[[Wikipedia:FFTW|FFTW]]|離散フーリエ変換を計算するための[[Wikipedia:ja:高速フーリエ変換|高速フーリエ変換]]ライブラリ。スペクトル法など幅広い数値計算に使われています。|https://www.fftw.org/ |{{Pkg|fftw}} {{AUR|fftw-mpi}} {{AUR|fftw-mpich}}}}
* {{App|[[Wikipedia:ja:FreeMat|FreeMat]]|Matlab-ライクなプログラム。(MPI による) 分散環境による並列計算の開発のサポート、C や C++、Fortran などのコードがいらないインターフェース、3D グラフィック機能など。|http://freemat.sourceforge.net/|{{AUR|freemat}}}}
* {{App|[[Wikipedia:GeoGebra|GeoGebra]]|インタラクティブなグラフィック・数式・スプレッドシートを備えた動的な数学ソフトウェア。|https://www.geogebra.org/|{{Pkg|geogebra}}}}
* {{App|[[Wikipedia:ja:Julia (プログラミング言語)|Julia]]|技術計算のための高水準・高性能な動的言語。|https://julialang.org/|{{Pkg|julia}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Kig (software)|Kig]]|インタラクティブ幾何学アプリケーション。{{Grp|kde-education}} に含まれています。|https://apps.kde.org/kig/|{{Pkg|kig}}}}
* {{App|[[Wikipedia:matplotlib|matplotlib (PyLab)]]|科学計算用の Python モジュール (pyplot や numpy など) のコレクション。|https://www.scipy.org/|{{Pkg|python-matplotlib}}}}
* {{App|[[Octave]]|数値計算のための [[Matlab]]-ライクなプログラミング言語・インターフェース。|https://www.gnu.org/software/octave/ |{{Pkg|octave}}}}
* {{App|[[SageMath]]|Python で書かれた Maxima に似た数式処理システム。Magma, Maple, Mathematica, Matlab の代替。|https://www.sagemath.org/|{{Pkg|sagemath}}}}
* {{App|[[Wikipedia:ja:Scilab|Scilab]]|数値計算に使われる Matlab 代替、構文は Matlab とは異なりますが、簡単に変換できます。|https://www.scilab.org/|{{AUR|scilab}}, {{AUR|scilab-bin}}, {{AUR|scilab-git}}}}

==== 統計学 ====

See also [[Wikipedia:Comparison of statistical packages]].

* {{App|[[Wikipedia:gretl|gretl]]|A cross-platform software package for econometric analysis, written in the C programming language.|http://gretl.sourceforge.net/|{{AUR|gretl}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Just another Gibbs sampler|JAGS]] (Just another Gibbs sampler)|マルコフ連鎖モンテカルロ法 (MCMC) を使う階層ベイズモデルの分析のためのクロスプラットフォームプログラム。|http://mcmc-jags.sourceforge.net/|{{AUR|jags}}}}
* {{App|jamovi|SPSS のユーザーが簡単に使えるように作られた統計パッケージ。[[Electron]] プラットフォームベース。|https://www.jamovi.org/|{{AUR|jamovi-git}}}}
* {{App|[[Wikipedia:ja:Pandas|Python Data Analysis Library (pandas)]]|Python プログラミング言語による、高性能かつ使いやすい、データ解析ツール。|https://pandas.pydata.org/|{{Pkg|python-pandas}}}}
* {{App|[[Wikipedia:ja:PSPP|PSPP]]|フリーの SPSS 実装。|https://www.gnu.org/software/pspp/|{{AUR|pspp}}}}
* {{App|[[R]]|統計計算とグラフのソフトウェア環境。|https://cran.r-project.org/|{{Pkg|r}}}}
* {{App|[[Wikipedia:RKWard|RKWard]]|統計解析向けプログラミング言語 R のフロントエンド。|https://rkward.kde.org/|{{Pkg|rkward}}}}
* {{App|[[Wikipedia:RStudio|RStudio]]|Qt で書かれた R の強力で生産的な IDE。|https://www.rstudio.com/|{{AUR|rstudio-desktop-bin}}}}

==== データ評価とプロット ====

{{Merge|List of Applications#Scientific and technical computing|Many overlaps.}}

See also [[Wikipedia:ja:グラフ作成ソフト]].

* {{App|AlphaPlot|Application for scientific data analysis and visualization, fork of [[Wikipedia:SciDavis|SciDavis]] / QtiPlot.|https://alphaplot.sourceforge.io/|{{AUR|alphaplot}}}}
* {{App|Engauge Digitizer|グラフの画像からデータを抽出。|https://markummitchell.github.io/engauge-digitizer/|{{AUR|engauge}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Fityk|Fityk]]|曲線あてはめ・データ解析アプリケーション。釣鐘型関数を実験データに当てるのによく使われます。|http://fityk.nieto.pl/|{{AUR|fityk}}}}
* {{App|[[Wikipedia:ja:gnuplot|Gnuplot]]|関数・データの 2D / 3D プロットを生成するコマンドラインプログラム。|http://www.gnuplot.info/|{{Pkg|gnuplot}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Grace (plotting tool)|Grace]]|WYSIWYG 2D グラフプロットツール。|https://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/|{{AUR|grace}} {{AUR|qtgrace}} {{AUR|gracegtk}}}}
* {{App|[[Wikipedia:KmPlot|KmPlot]]|グラフと積分・導関数を描画するプログラム。{{Grp|kde-education}} に含まれます。|https://apps.kde.org/kmplot/|{{Pkg|kmplot}}}}
* {{App|[[Wikipedia:LabPlot|LabPlot]]|SciDAVis に似たフリーのデータ解析・視覚化アプリケーション。|https://labplot.kde.org/|{{Pkg|labplot}}}}
* {{App|Plots|A graph plotting app for GNOME.|https://github.com/alexhuntley/Plots|{{AUR|plots}}}}
* {{App|Rocs|グラフアルゴリズムを設計・解析するのに興味がある全ての人 (教師・学生・研究者) のためのグラフ理論 IDE。{{Grp|kde-education}} に含まれます。|https://apps.kde.org/rocs/|{{Pkg|rocs}}}}
* {{App|[[Wikipedia:ja:ROOT|ROOT]]|CERN によって開発されている（元は素粒子物理学用の）データ解析プログラム・ライブラリ。|https://root.cern.ch/|{{Pkg|root}}}}

[[アプリケーション一覧#スプレッドシート]]も見てください。

==== Proof assistants ====

See also [[Wikipedia:Proof assistant]].

* {{App|[[Wikipedia:Agda (programming language)|Agda]]|Dependently typed functional programming language and proof assistant. It is an interactive system for writing and checking proofs.|http://wiki.portal.chalmers.se/agda/|{{Pkg|agda}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Coq|Coq]]|Formal proof management system. It provides a formal language to write mathematical definitions, executable algorithms and theorems together with an environment for semi-interactive development of machine-checked proofs.|https://coq.inria.fr/|CLI: {{Pkg|coq}}, GUI: {{Pkg|coqide}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Isabelle (proof assistant)|Isabelle]]|Generic proof assistant that allows mathematical formulas to be expressed in a formal language and provides tools for proving those formulas in a logical calculus.|https://www.cl.cam.ac.uk/research/hvg/Isabelle/|{{AUR|isabelle}}}}

<!--
==== 証明支援システム ====

[[Wikipedia:Proof assistant]] も参照。

* {{App|[[Wikipedia:ja:Agda|Agda]]|依存型・関数型プログラミング言語・プルーフアシスタント。直感的に証明を書いてチェックできます。|http://wiki.portal.chalmers.se/agda/|{{Pkg|agda}}}}
* {{App|[[Wikipedia:ja:Coq|Coq]]|形式証明管理システム。数学主題と実行アルゴリズム、定理を記述するための形式言語を備えており、機械的に証明をチェックする半自動な開発環境を実現します。|https://coq.inria.fr/|CLI: {{Pkg|coq}}, GUI: {{Pkg|coqide}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Isabelle (proof assistant)|Isabelle]]|数学定理を形式言語で表現できる汎用の証明支援器。論理計算で定理を証明するためのツールを提供します。|https://www.cl.cam.ac.uk/research/hvg/Isabelle/|{{AUR|isabelle}}}}
-->

=== Physics ===

==== Physics simulation ====

* {{App|[[Wikipedia:Code_Aster|Code_Aster]]|Software package for Civil and Structural Engineering finite element analysis and numeric simulation in structural mechanics.|https://www.code-aster.org/V2/spip.php?rubrique2|{{AUR|aster}}}}
* {{App|[[Wikipedia:EPANET|EPANET]]|EPANET performs extended period simulation of the water movement and quality behavior within pressurized pipe networks.|https://www.epa.gov/|{{AUR|epanet2-git}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Step (software)|Step]]|Two-dimensional physics simulation engine. Part of {{Grp|kde-education}}.|https://apps.kde.org/step/|{{Pkg|step}}}}
* {{App|[[Wikipedia:SWMM|SWMM]]|Storm Water Management Model is a dynamic rainfall-runoff-subsurface runoff simulation model used for simulation of the surface/subsurface hydrology quantity and quality.|https://www.epa.gov/|{{AUR|swmm5-git}}}}

<!--
=== 物理学 ===

==== 物理シミュレーション ====
* {{App|[[Wikipedia:Code_Aster|Code_Aster]]|土木工学や構造力学における有限要素解析や数値シミュレーションのためのソフトウェアパッケージ。|http://www.code-aster.org/V2/spip.php?rubrique2|{{AUR|aster}}}}
* {{App|[[Wikipedia:ja:EPANET|EPANET]]|配水管網における水の移動と水質に関する長期シミュレーションを行います。|http://www.epa.gov/|{{AUR|epanet2-git}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Step (software)|Step]]|KDE デスクトップに KDE Edu の一部として含まれている二次元の物理シミュレーション。|http://edu.kde.org/step/|{{Pkg|step}}}}
* {{App|[[Wikipedia:ja:SWMM|SWMM]]|動学的な降雨表面流出シミュレーションモデル。地表・地下の水文学的な量と質のシミュレーションに使われます。|http://www.epa.gov/|{{AUR|swmm5-git}}}}
-->

==== Unit conversion ====

* {{App|ConvertAll|Unit conversion application that allows one to combine units in any way (e.g. inches per decade), even if it does not make sense.|http://convertall.bellz.org/|{{AUR|convertall}}}} 
* {{App|Gonvert|Conversion utility that allows conversion between many units like CGS, Ancient, Imperial with many categories like length, mass, numbers, etc.|http://www.unihedron.com/projects/gonvert/|{{AUR|gonvert}}}} 
* {{App|[[Wikipedia:GNU Units|Units]]|Command-line unit converter and calculator that can handle multiplicative scale changes, nonlinear conversions such as Fahrenheit to Celsius or wire gauge and others.|https://www.gnu.org/software/units/|{{Pkg|units}}}}

<!--
==== 単位変換 ====
* {{App|ConvertAll|意味がないものでも様々に単位を組み合わせられる (e.g. inches per decade) 単位変換アプリケーション。|http://convertall.bellz.org/|{{AUR|convertall}}}} 
* {{App|Gonvert|長さ、量、数など多くのカテゴリで CGS・帝国単位・古代単位など多くの単位系間で変換できる変換ユーティリティ。|http://www.unihedron.com/projects/gonvert/|{{AUR|gonvert}}}} 
* {{App|[[Wikipedia:GNU Units|Units]]|コマンドライン単位コンバーター・電卓。倍数的なスケール変化、ノンリニアな変換ができる。華氏を摂氏やゲージに変換する等。|https://www.gnu.org/s/units/|{{Pkg|units}}}}
-->

=== Chemistry ===

==== Molecules ====

===== Viewers =====

See also [[Wikipedia:List of molecular graphics systems]].

* {{App|[[Wikipedia:Avogadro_(software)|Avogadro]]|Editor, viewer and simulator for 3D molecule structures (also supports downloading files from the [[Wikipedia:Protein Data Bank|Protein Data Bank]]).|http://avogadro.cc/|{{AUR|avogadro}}}}
* {{App|BALLView|Standalone molecular modeling and visualization application, part of the [[Wikipedia:BALL|BALL]] framework.|https://ball-project.org/|{{AUR|ball}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Ghemical|Ghemical]]|Computational chemistry software package used to edit, view and simulate molecular structures.|http://bioinformatics.org/ghemical/ghemical/index.html|{{AUR|ghemical}}}}
* {{App|[[Wikipedia:PyMOL|PyMOL]]|Open-source molecular visualization system that can produce high quality 3D images of small molecules and biological macromolecules, such as proteins.|https://pymol.org/|{{Pkg|pymol}}}}
* {{App|VMD|VMD is a molecular visualization program for displaying, animating, and analyzing large biomolecular systems using 3-D graphics and built-in scripting.|http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/|{{AUR|vmd}}}}

<!--
=== 化学 ===

==== 分子構造 ====
===== ビューア =====
{{Wikipedia|List of molecular graphics systems}}

* {{App|[[Wikipedia:ja:Avogadro|Avogadro]]|3D 分子構造のエディタ・ビューア・シミュレータ ([[Wikipedia:ja:蛋白質構造データバンク|蛋白質構造データバンク]]からのファイルのダウンロードもサポート)。|http://avogadro.cc/|{{AUR|avogadro}}}}
* {{App|BALLView|スタンドアローンの分子モデリング・視覚化アプリケーション。[[Wikipedia:BALL|BALL]] フレームワークの一部。|http://www.ball-project.org/|{{AUR|ball}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Ghemical|Ghemical]]|分子構造を編集・回覧・シミュレートするために使われる計算化学ソフトウェアパッケージ。|http://bioinformatics.org/ghemical/ghemical/index.html|{{AUR|ghemical}}}}
* {{App|[[Wikipedia:ja:PyMOL|PyMOL]]|オープンソースの分子視覚化システム。小さな分子や、タンパク質などの生体高分子の高品質な 3D イメージを作成できます。|https://pymol.org/|{{Pkg|pymol}}}}
* {{App|VMD|3D グラフィックと内蔵のスクリプトを使って巨大な生体分子を表示・アニメーション・解析する分子視覚化プログラム。|http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/|{{AUR|vmd}}}}
-->

===== Drawing =====

* {{App|[[Wikipedia:BKchem|BKChem]]|Practical and goodlooking skeletal formula molecule drawing program.|http://bkchem.zirael.org/|{{AUR|bkchem}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Chemtool|Chemtool]]|GTK-based program for drawing chemical structural formulas.|http://ruby.chemie.uni-freiburg.de/~martin/chemtool/chemtool.html|{{Pkg|chemtool}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Gabedit|Gabedit]]|Graphical user interface to computational chemistry packages like [[Wikipedia:GAMESS (US)|GAMESS]], [[Wikipedia:Gaussian (software)|Gaussian]], [[Wikipedia:MOLCAS|MOLCAS]], [[Wikipedia:MOLPRO|MOLPRO]], [[Wikipedia:MPQC|MPQC]], [[Wikipedia:MOPAC|OpenMopac]], [[Wikipedia:PC GAMESS|Firefly]] (previously PC GAMESS) and [[Wikipedia:Q-Chem|Q-Chem]].|http://gabedit.sourceforge.net/|{{AUR|gabedit}}}}

<!--
===== ドローイング =====
* {{App|[[Wikipedia:BKchem|BKChem]]|実践的な見かけの良い化学構造式の描写プログラム。|http://bkchem.zirael.org/|{{AUR|bkchem}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Chemtool|Chemtool]]|化学構造式を描写するための GTK+ プログラム。|http://ruby.chemie.uni-freiburg.de/~martin/chemtool/chemtool.html|{{Pkg|chemtool}}}}
* {{App|EasyChem|プレス品質の画像を作成することにフォーカスをおいたシンプルな化学構造式描写プログラム。|http://easychem.sourceforge.net/}}
* {{App|[[Wikipedia:ja:Gabedit|Gabedit]]|[[Wikipedia:ja:GAMESS (US)|GAMESS]], [[Wikipedia:ja:GAUSSIAN|Gaussian]], [[Wikipedia:MOLCAS|MOLCAS]], [[Wikipedia:MOLPRO|MOLPRO]], [[Wikipedia:MPQC|MPQC]], [[Wikipedia:ja:MOPAC|OpenMopac]], [[Wikipedia:ja:Firefly (プログラム)|Firefly]] (旧名 PC GAMESS), [[Wikipedia:Q-Chem|Q-Chem]] などの計算化学パッケージのグラフィカルユーザーインターフェース。|http://gabedit.sourceforge.net/|{{AUR|gabedit}}}}
-->

===== Modeling =====

* {{App|APBS|Electrostatic and solvation properties for complex molecules.|http://www.poissonboltzmann.org/|{{AUR|apbs}}}}
* {{App|CP2K|A quantum chemistry and solid state physics software package.|https://www.cp2k.org/|{{AUR|cp2k}}}}
* {{App|Fpocket|Fpocket is a very fast open source protein pocket detection algorithm based on Voronoi tessellation.|https://github.com/Discngine/fpocket|{{AUR|fpocket-git}}}}
* {{App|[[GROMACS]] (GROningen MAchine for Chemical Simulations)|Versatile package to perform molecular dynamics, i.e. simulate the Newtonian equations of motion for systems with hundreds to millions of particles.|http://www.gromacs.org|{{AUR|gromacs}}}} 
* {{App|AmberTools|AmberTools consists of several independently developed packages that work well by themselves, and with Amber18 itself. The suite can also be used to carry out complete molecular dynamics simulations, with either explicit water or generalized Born solvent models.|http://ambermd.org/AmberTools.php|{{AUR|ambertools}}}}
* {{App|NAMD|NAMD is a parallel molecular dynamics code designed for high-performance simulation of large biomolecular systems.|http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/|{{AUR|namd}}}}
* {{App|ORCA|ORCA is an ab initio, DFT, and semi-empirical SCF-MO package.|https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/portal|{{AUR|orcaqm}}}}
* {{App|PDB2PQR|Electrostatic and solvation properties for complex molecules.|http://www.poissonboltzmann.org/|{{AUR|python-pdb2pqr}}}}
* {{App|PMEMD|PMEMD module of AMBER software package.|http://ambermd.org/AmberMD.php|{{AUR|pmemd}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Quantum ESPRESSO|Quantum ESPRESSO]]|Integrated suite of applications for electronic-structure calculations and materials modeling at nanoscale. It is based on density-functional theory, plane waves, and pseudopotentials (both norm-conserving and ultrasoft).|http://www.quantum-espresso.org/|{{AUR|quantum-espresso}}}}
* {{App|smina|Smina is a fork of Autodock Vina that focuses on improving scoring and minimization.|https://sourceforge.net/projects/smina/|{{AUR|smina-bin}}}}

<!--
===== モデリング =====
* {{App|APBS|分子複合系の静電気・溶媒和の性質を解析。|http://www.poissonboltzmann.org/|{{AUR|apbs}}}}
* {{App|CP2K|量子化学と固体物理学のソフトウェアパッケージ。|https://www.cp2k.org/|{{AUR|cp2k}}}}
* {{App|Fpocket|ボロノイ分割に基づく非常に高速なオープンソースの蛋白質ポケット検知アルゴリズム。|https://github.com/Discngine/fpocket|{{AUR|fpocket-git}}}}
* {{App|[[GROMACS]] (GROningen MAchine for Chemical Simulations)|分子動力学法を使うための多目的パッケージ。数百から数万原子（分子、粒子）の系の動きのニュートン方程式をシミュレートする。|http://www.gromacs.org|{{AUR|gromacs}}}}
* {{App|AmberTools|独立して開発されている複数のパッケージと Amber18 から構成されたスイート。完全な分子動力学シミュレーションを実行することができます。顕在水分子あるいは一般化ボルン溶媒モデルを使用。|http://ambermd.org/AmberTools.php|{{AUR|ambertools}}}}
* {{App|NAMD|巨大な生命分子系の高性能シミュレーションのために作られた並列分子動力学コード。|http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/|{{AUR|namd}}}}
* {{App|ORCA|非経験的, DFT, 半経験的 SCF-MO パッケージ。|https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/portal|{{AUR|orcaqm}}}}
* {{App|PDB2PQR|分子複合系の静電気・溶媒和の性質を解析。|http://www.poissonboltzmann.org/|{{AUR|pdb2pqr}}{{Broken package link|パッケージが存在しません}}}}
* {{App|PMEMD|MBER ソフトウェアパッケージの PMEMD モジュール。|http://ambermd.org/AmberMD.php|{{AUR|pmemd}}, {{AUR|pmemd-cuda}}{{Broken package link|パッケージが存在しません}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Quantum ESPRESSO|Quantum ESPRESSO]]|電子状態計算とナノスケールの材料モデリングのアプリケーションの統合スイート。密度汎関数理論、平面波、擬ポテンシャル（ノルム保存/ウルトラソフト）に基づく。|http://www.quantum-espresso.org/|{{AUR|quantum-espresso}}}}
* {{App|smina|スコアリング・最小化が改善された Autodock Vina のフォーク。|https://sourceforge.net/projects/smina/|{{AUR|smina-bin}}}}
-->

==== Periodic table ====

* {{App|eperiodique|A simple Periodic Table Of Elements viewer using the EFL.|http://eperiodique.sourceforge.net/|{{AUR|eperiodique}}}}
* {{App|gElemental|Periodic table of the elements with additional information.|http://freshmeat.sourceforge.net/projects/gelemental|{{AUR|gelemental}}}}
* {{App|Kalzium|Periodic table of the elements with molecule editor and equation solver. Part of {{Grp|kde-education}}.|https://apps.kde.org/kalzium/|{{Pkg|kalzium}}}}

<!--
==== 周期表 ====
* {{App|eperiodique|EFL を使用するシンプルな周期表ビューア。|http://eperiodique.sourceforge.net/|{{AUR|eperiodique}}}}
* {{App|gElemental|付加情報が含まれている元素周期表。|http://freecode.com/projects/gelemental|{{AUR|gelemental}}}}
* {{App|Kalzium|[[KDE]] デスクトップの、構造式エディタと方程式ソルバーの付いた元素周期表。|https://www.kde.org/applications/education/kalzium/|{{Pkg|kalzium}}}}
-->

=== Earth science ===

==== Geography ====

* {{App|BT747|The swiss army knife for MTK GPS dataloggers.|https://sourceforge.net/projects/bt747/|{{Pkg|bt747}}}}
* {{App|FoxtrotGPS|Lightweight and fast mapping application.|https://www.foxtrotgps.org/|{{AUR|foxtrotgps}}}}
* {{App|Gebabbel|Alternative GUI for GPSBabel.|http://gebabbel.sourceforge.net/|{{AUR|gebabbel}}}}
* {{App|Geotag|Match date/time information from photos with location information from a GPS unit or from a map.|http://geotag.sourceforge.net/|{{Pkg|geotag}}}}
* {{App|GNOME Maps|A simple map client for GNOME. Part of {{Grp|gnome-extra}}.|https://wiki.gnome.org/Apps/Maps|{{Pkg|gnome-maps}}}}
* {{App|GottenGeography|Easy to use photo geotagging application for the GNOME desktop.|https://launchpad.net/gottengeography|{{Pkg|gottengeography}}}}
* {{App|Gpredict|Real-time satellite tracking and orbit prediction application.|http://gpredict.oz9aec.net/|{{AUR|gpredict}}}}
* {{App|GPSBabel|Reads, writes, and manipulates GPS waypoints, tracks, routes in a variety of formats.|https://www.gpsbabel.org/|{{Pkg|gpsbabel}}}}
* {{App|GPSCorrelate|Correlate (geotagging) digital camera photos with GPS data in GPX format.|https://github.com/freefoote/gpscorrelate|{{Pkg|gpscorrelate}}}}
* {{App|[[Wikipedia:gpsd|gpsd]]|Service daemon that monitors one or more GPSes or AIS receivers attached to a host computer through serial or USB ports, making all data on the location/course/velocity of the sensors available to be queried on TCP port 2947 of the host computer.|http://catb.org/gpsd/|{{Pkg|gpsd}}}}
* {{App|GpsPrune|View, edit and convert coordinate data from GPS systems.|https://activityworkshop.net/software/gpsprune/|{{Pkg|gpsprune}}}}
* {{App|GPXSee|GPS log file viewer and analyzer.|http://www.gpxsee.org/|{{Pkg|gpxsee}}}}
* {{App|GPX Viewer|Simple tool to visualize tracks and waypoints stored in a gpx file.|https://blog.sarine.nl/tag/gpxviewer/|{{Pkg|gpx-viewer}}}}
* {{App|[[Wikipedia:GRASS GIS|GRASS GIS]]|Geospatial data management and analysis, image processing, graphics/maps production, spatial modeling and visualization.|https://grass.osgeo.org/|{{AUR|grass}}}}
* {{App|[[Wikipedia:gvSIG|gvSIG]]| vSIG is a geographic information system (GIS), that is, a desktop application designed for capturing, storing, handling, analyzing and deploying any kind of referenced geographic information in order to solve complex management and planning problems. |http://www.gvsig.com/en| {{AUR|gvsig-desktop-bin}}}}
* {{App|JOSM|Main editor for OpenStreetMap written in Java.|https://josm.openstreetmap.de/|{{Pkg|josm}}}}
* {{App|Mapton|Extensible desktop map and globe application written in Java.|https://mapton.org/|{{AUR|mapton}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Marble_(software)|Marble]]|Virtual Globe and World Atlas that can be used to learn more about the Earth. Part of {{Grp|kde-education}}.|https://marble.kde.org/|KDE: {{Pkg|marble}}, Qt: {{Pkg|marble-qt}}}}
* {{App|Merkaartor|OpenStreetMap editor.|http://merkaartor.be/|{{Pkg|merkaartor}}}}
* {{App|Navit|Modular turn-by-turn car navigation system.|https://www.navit-project.org/|{{Pkg|navit}}}}
* {{App|OffRoad|Offline vector map display ported from OsmAnd.|https://sourceforge.net/projects/offroadosm/|{{Pkg|offroad}}}}
* {{App|OpenOrienteering Mapper|Orienteering mapmaking program.|https://www.openorienteering.org/apps/mapper/|{{AUR|openorienteering-mapper}}}}
* {{App|QMapShack|Plan your next outdoor trip.|https://github.com/Maproom/qmapshack/|{{Pkg|qmapshack}}}}
* {{App|QGIS|Geographic Information System (GIS) that supports vector, raster & database formats.|https://qgis.org/|{{Pkg|qgis}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Subsurface (software)|Subsurface]]|Diving logbook to keep track of your dives by logging dive locations (with GPS coordinates), weights and exposure protection used, divemasters and dive buddies, etc.|https://subsurface-divelog.org/|{{AUR|subsurface}}}}
* {{App|Viking|GTK 2 application to manage GPS data.|https://sourceforge.net/projects/viking/|{{Pkg|viking}}}}

<!--
=== 地球科学 ===

==== 地理学 ====

* {{App|BT747|MTK GPS データロガーの万能ナイフ。|https://sourceforge.net/projects/bt747/|{{Pkg|bt747}}}}
* {{App|FoxtrotGPS|軽量・高速なマッピングアプリケーション。|https://www.foxtrotgps.org/|{{AUR|foxtrotgps}}}}
* {{App|Gebabbel|GPSBabel の代替 GUI。|http://gebabbel.sourceforge.net/|{{AUR|gebabbel}}}}
* {{App|Geotag|写真の日付情報と GPS ユニットや地図の情報を一致させます。|http://geotag.sourceforge.net/|{{Pkg|geotag}}}}
* {{App|GNOME Maps|GNOME のシンプルな地図クライアント。{{Grp|gnome-extra}} に含まれています。|https://wiki.gnome.org/Apps/Maps|{{Pkg|gnome-maps}}}} 
* {{App|GottenGeography|GNOME デスクトップの使いやすい写真ジオタグアプリケーション。|https://launchpad.net/gottengeography|{{Pkg|gottengeography}}}}
* {{App|Gpredict|リアルタイムの人工衛星トラッキング・軌道予測アプリケーション。|http://gpredict.oz9aec.net/|{{AUR|gpredict}}}}
* {{App|GPSBabel|GPS ウェイポイント・軌跡・ルートを様々なフォーマットで読み書き。|https://www.gpsbabel.org/|{{Pkg|gpsbabel}}}}
* {{App|GPSCorrelate|GPX 形式の GPS データとデジタルカメラの写真を関連付け (ジオタグ)。|https://github.com/freefoote/gpscorrelate|{{Pkg|gpscorrelate}}}}
* {{App|[[Wikipedia:gpsd|gpsd]]|シリアルまたは USB でホストコンピュータに接続された GPS や AIS 受信器を監視して、ホストコンピュータの TCP ポート 2947 からセンサーの位置・進路・速度データを利用できるようにするデーモン。|http://catb.org/gpsd/|{{Pkg|gpsd}}}}
* {{App|GpsPrune|GPS システムの位置データを表示・編集・変換。|https://activityworkshop.net/software/gpsprune/|{{Pkg|gpsprune}}}}
* {{App|GPXSee|GPS ログビューア・アナライザ。|http://www.gpxsee.org/|{{Pkg|gpxsee}}}}
* {{App|GPX Viewer|gpx ファイルに保存された軌跡・ウェイポイントを視覚化するシンプルなツール。|https://blog.sarine.nl/tag/gpxviewer/|{{Pkg|gpx-viewer}}}}
* {{App|[[Wikipedia:ja:GRASS GIS|GRASS GIS]]|地理空間データ管理と解析・画像処理・地図生成・空間モデリングと視覚化。|https://grass.osgeo.org/|{{AUR|grass}}}}
* {{App|[[Wikipedia:gvSIG|gvSIG]]|あらゆる種類の地理情報を取得・保存・管理・解析・展開するためのデスクトップアプリケーションと地理情報システム (GIS)。|http://www.gvsig.com/en| {{AUR|gvsig-desktop-bin}}}}
* {{App|JOSM|Java で書かれた OpenStreetMap エディタ。|http://josm.openstreetmap.de/|{{Pkg|josm}}}} 
* {{App|Mapton|Java で書かれた拡張性の高いデスクトップ地図・地球儀アプリケーション。|https://mapton.org/|{{AUR|mapton}}}}
* {{App|Marble|地球について学習できる仮想地球・世界地図。{{Grp|kdeedu}}{{Broken package link|パッケージが存在しません}} に含まれています。|https://marble.kde.org/|KDE: {{Pkg|marble}}, Qt: {{Pkg|marble-qt}}}}
* {{App|Merkaartor|OpenStreetMap エディタ。|http://merkaartor.be/|{{Pkg|merkaartor}}}}
* {{App|Navit|モジュール方式のターンバイターンカーナビゲーションシステム。|http://www.navit-project.org/|{{Pkg|navit}}}}
* {{App|OffRoad|OsmAnd から移植されたオフラインベクター地図表示システム。|https://sourceforge.net/projects/offroadosm/|{{Pkg|offroad}}}}
* {{App|OpenOrienteering Mapper|オリエンテーリング地図制作プログラム。|https://www.openorienteering.org/apps/mapper/|{{AUR|openorienteering-mapper}}}}
* {{App|QMapShack|次回の野外旅行を計画しよう。|https://bitbucket.org/maproom/qmapshack|{{Pkg|qmapshack}}}}
* {{App|QGIS|ベクター・ラスター・データベース形式をサポートする地理情報システム (GIS)。|https://qgis.org/|{{Pkg|qgis}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Subsurface (software)|Subsurface]]|ダイブスポット (GPS 座標に基づく) と使用したウエイト・スーツ、ダイブマスターとバディを記録するダイビングログブック。|https://subsurface-divelog.org/|{{Pkg|subsurface}}}}
* {{App|Viking|GPS データを管理するための GTK+2 アプリケーション。|http://viking.sourceforge.net/|{{Pkg|viking}}}}
-->

==== Meteorology ====

* {{App|Gis Weather|Customizable weather forecast desktop widget.|https://sourceforge.net/projects/gis-weather/|{{AUR|gis-weather}}}}
* {{App|GNOME Weather|Small application for GNOME that allows you to monitor the current weather conditions for your city, or anywhere in the world, and to access updated forecasts provided by various internet services.|https://wiki.gnome.org/Apps/Weather|{{Pkg|gnome-weather}}}}
* {{App|meteo-qt|System tray application for weather status information.|https://github.com/dglent/meteo-qt|{{AUR|meteo-qt}}}}
* {{App|wttr|A simple console application to check the weather, using data from http://wttr.in|https://github.com/AmirrezaFiroozi/wttr|{{AUR|wttr}}}}
* {{App|Xfce Weather Panel Plugin|Weather forecast plugin for the Xfce4 panel.|https://goodies.xfce.org/projects/panel-plugins/xfce4-weather-plugin|{{Pkg|xfce4-weather-plugin}}}}
* {{App|wego-darksky|A fork of the terminal weather app wego with Dark Sky support.|https://tylerwolf35.github.io/wego|{{AUR|wego-darksky}}}}

<!--
==== 気象学 ====

* {{App|Gis Weather|カスタマイズ可能な天気予報デスクトップウィジェット。|https://sourceforge.net/projects/gis-weather/|{{AUR|gis-weather}}}}
* {{App|GNOME Weather|あなたの住んでいる都市の天気を表示したりインターネットサービスの天気予報にアクセスできる GNOME 用の小さなアプリケーション。|https://wiki.gnome.org/Apps/Weather|{{Pkg|gnome-weather}}}}
* {{App|meteo-qt|天気情報を表示するシステムトレイアプリケーション。|https://github.com/dglent/meteo-qt|{{AUR|meteo-qt}}}}
* {{App|wttr|http://wttr.in のデータを使って天気をチェックするシンプルなコンソールアプリケーション。|https://github.com/AmirrezaFiroozi/wttr|{{AUR|wttr}}}}
* {{App|Xfce Weather Panel Plugin|Xfce4 パネルの天気予報プラグイン。|https://goodies.xfce.org/projects/panel-plugins/xfce4-weather-plugin|{{Pkg|xfce4-weather-plugin}}}}
-->

=== Astronomy ===

* {{App|[[Wikipedia:Astropy|Astropy]]|The Astropy Project is a community effort to develop a common core package for Astronomy in Python and foster an ecosystem of interoperable astronomy packages.|https://www.astropy.org/|{{AUR|python-astropy}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Celestia|Celestia]]|3D astronomy simulation program that allows users to travel through an extensive universe, modeled after reality, at any speed, in any direction and at any time in history.|https://celestia.space/|{{Pkg|celestia}}}}
* {{App|GIMP Astronomy Plugins|Set of GIMP plugins for astronomical image processing.|http://hennigbuam.de/georg/gimp.html|{{AUR|gimp-plugin-astronomy}}}}
* {{App|GoQat|Camera acquisition software, especially for QSI cameras, that provides other features such as autoguiding, focusing help and others.|https://canburytech.net/GoQat/|{{AUR|goqat}}}}
* {{App|[[Wikipedia:KStars|KStars]]|Planetarium application that provides an accurate graphical simulation of the night sky, from any location on Earth, at any date and time. It is included in KDE Edu.|https://apps.kde.org/kstars/|{{Pkg|kstars}}}}
* {{App|Qastrocam-g2|Webcam acquisition software for planetary imaging.|https://sourceforge.net/projects/qastrocam-g2/|{{AUR|qastrocam-g2}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Cartes du Ciel|Skychart / Cartes du Ciel]]|Planetarium that maps out and labels most of the constellations, planets, and objects you can see with a telescope. It can also download Digitized Sky Survey Charts and superimpose images over these charts.|https://www.ap-i.net/skychart/|{{AUR|skychart-bin}}}}
* {{App|StarPlot|3-dimensional star chart viewer.|http://starplot.org/|{{AUR|starplot}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Stellarium (computer program)|Stellarium]]|Beautiful 3D planetarium that uses OpenGL to render a realistic sky in real time.|https://stellarium.org/|{{Pkg|stellarium}}}}
* {{App|Where Is M13|Application to visualize the locations and physical properties of deep sky objects.|http://www.thinkastronomy.com/M13/{{Dead link|2020|03|30|status=404}}|{{AUR|where-is-m13}}}}
* {{App|[[Wikipedia:XEphem|XEphem]]|Motif-based ephemeris and planetarium program.|http://www.clearskyinstitute.com/xephem/xephem.html|{{AUR|xephem}}}}

<!--
=== 天文学 ===

* {{App|[[Wikipedia:ja:Celestia|Celestia]]|広大な宇宙を旅することができる 3D 天体シミュレーションプログラム。現実に即してモデリングされ、いかなる時間のいかなる場所も見ることができます。|https://celestiaproject.net/|{{Pkg|celestia}}}}
* {{App|GIMP Astronomy Plugins|天体画像作成用の GIMP プラグインのセット。|http://hennigbuam.de/georg/gimp.html|{{AUR|gimp-plugin-astronomy}}}}
* {{App|GoQat|オートガイドやフォーカスヘルプなどの機能を持った、特に QSI カメラ用の、カメラキャプチャソフトウェア。|http://canburytech.net/GoQat/|{{AUR|goqat}}}}
* {{App|[[Wikipedia:ja:KStars|KStars]]|地球上のどの場所でも、どの時刻でも、夜空の正確なグラフィカルシミュレーションができるプラネタリウムアプリケーション。KDE Edu に含まれています。|https://edu.kde.org/kstars/|{{Pkg|kstars}}}}
* {{App|Qastrocam-g2|天文学のためのウェブカメラキャプチャソフトウェア。|https://sourceforge.net/projects/qastrocam-g2/|{{AUR|qastrocam-g2}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Cartes du Ciel|Skychart / Cartes du Ciel]]|星座・惑星などの望遠鏡で見れるほとんどの天体を図示・ラベリングするプラネタリウム。Digitized Sky Survey チャートやチャートのスーパーインポーズ画像のダウンロードもできます。|https://www.ap-i.net/skychart/|{{AUR|skychart}}}}
* {{App|StarPlot|三次元星座ビューア。|http://starplot.org/|{{AUR|starplot}}}}
* {{App|[[Wikipedia:ja:Stellarium|Stellarium]]|リアルタイムのリアリスティックな空を描くことができる OpenGL を使っている美しい 3D プラネタリウム。|http://www.stellarium.org/|{{Pkg|stellarium}}}}
* {{App|Where Is M13|星団や星雲の位置や物理的な特性を確認できるアプリケーション。|http://www.thinkastronomy.com/M13/|{{AUR|where-is-m13}}}}
* {{App|[[Wikipedia:XEphem|XEphem]]|Motif-ベースの天体歴・プラネタリウムプログラム。|http://www.clearskyinstitute.com/xephem/xephem.html|{{AUR|xephem}}}}
-->

=== Biology ===

* {{App|[[Wikipedia:Gramps|Gramps]]|Genealogy program, which helps you track your family tree.|https://gramps-project.org/|{{Pkg|gramps}}}}

<!--
=== 生物学 ===

* {{App|[[Wikipedia:Gramps|Gramps]]|家系図を見ることができる家系プログラム。|https://gramps-project.org/|{{Pkg|gramps}}}}
-->

====Computational biology and bioinformatics====

See also [[Wikipedia:List of open source bioinformatics software]].

* {{App|[[Wikipedia:BALL|BALL]] (Biochemical Algorithms Library)|Application framework in C++ that provides an extensive set of data structures as well as classes for molecular mechanics, advanced solvation methods, comparison and analysis of protein structures, file import/export, and visualization.|https://ball-project.org/|{{AUR|ball}}}}
* {{App|[[Wikipedia:BioJava|BioJava]]|Set of Java tools for computational biology, as well as bioinformatics.|https://biojava.org/|{{AUR|biojava}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Biopython|Biopython]]|Python package with tools for computational biology, as well as bioinformatics.|https://biopython.org/wiki/Biopython|{{Pkg|python-biopython}}}}
* {{App|[[Wikipedia:EMBOSS|EMBOSS]] (European Molecular Biology Open Software Suite)|Open source software analysis package specially developed for the needs of the molecular biology and bioinformatics user community.|http://emboss.sourceforge.net/|{{AUR|emboss}}}}
* {{App|[[Wikipedia:MUMmer|MUMmer]]|Bioinformatics software system for sequence alignment based on suffix trees.|http://mummer.sourceforge.net/|{{AUR|mummer}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Snapgene|Snapgene]]|Closed source molecular cloning application that offers a fast and easy way to plan, visualize, and document molecular biology procedures. Supports a wide range of cloning and PCR manipulations. The free version allows most common visualizations of a molecular biology workflow.|https://www.snapgene.com/|{{AUR|snapgene-viewer}}}}
* {{App|[[Wikipedia:UGENE|UGENE]]|Application that integrates dozens of well-known biological tools and algorithms, providing both graphical user and command-line interfaces.|http://ugene.net/|{{AUR|ugene-bin}}}}

<!--
====計算生物学とバイオインフォマティクス====
{{Wikipedia|List of open source bioinformatics software}}

* {{App|[[Wikipedia:BALL|BALL]] (Biochemical Algorithms Library)|分子力学法や高度な溶媒和メソッド、蛋白質構造の比較・分析のクラス、さらにデータ構造の広大なセットを提供する C++ のアプリケーションフレームワーク。ファイルのインポート・エクスポートやビジュアライゼーションも可能。|http://www.ball-project.org/|{{AUR|ball}}}}
* {{App|[[Wikipedia:BioJava|BioJava]]|計算生物学や生物情報科学で使う Java ツールのセット。|http://biojava.org|{{AUR|biojava}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Biopython|Biopython]]|計算生物学や生物情報科学で使う Python パッケージとツール。|http://biopython.org/wiki/Biopython|{{Pkg|python-biopython}} {{Pkg|python2-biopython}}{{Broken package link|{{aur-mirror|python2-biopython}}}}}}
* {{App|[[Wikipedia:EMBOSS|EMBOSS]] (European Molecular Biology Open Software Suite)|分子生物学やバイオインフォマティクスのコミュニティのために開発されたオープンソースの分析ソフトウェアパッケージ。|http://emboss.sourceforge.net/|{{AUR|emboss}}}}
* {{App|[[Wikipedia:MEGA, Molecular Evolutionary Genetics Analysis|MEGA]] (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)|自動・手動の配列アライメントや系統樹の推論、ウェブデータベースの探索、分子進化の変異率の推定、祖先配列の推論、進化仮説のテストを処理するための統合ツール。|http://www.megasoftware.net/}}
* {{App|[[Wikipedia:MUMmer|MUMmer]]|接尾辞木を使った配列アライメント用のバイオインフォマティクスソフトウェアシステム。|http://mummer.sourceforge.net/|{{AUR|mummer}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Snapgene|Snapgene]]|クローズドソースの分子クローニングアプリケーション。素早く簡単に生体操作を計画・描画・文章化できます。フリー版では一般的な分子生物学のワークフローの視覚化ができます。|http://www.snapgene.com/|{{AUR|snapgene-viewer}}}}
* {{App|[[Wikipedia:UGENE|UGENE]]|よく使われている生物学ツールやアルゴリズムを統合したアプリケーション。グラフィカルユーザーインターフェースとコマンドラインを提供。|http://ugene.net/|{{AUR|ugene-bin}}}}

==== 生化学 ====
* {{App|[[Wikipedia:Bioclipse|Bioclipse]]|Eclipse Rich Client Platform (RCP) を使っている Java ベースの生化学用ビジュアルプラットフォーム。|http://www.bioclipse.net/}}
-->

==== Image manipulation ====

* {{App|[[Wikipedia:ImageJ|ImageJ]]|Java-based image processing and analysing program that provides extensibility via plugins and macros. It is widely used in microscopy (e.g. for cell counting).|https://imagej.nih.gov/ij/|{{AUR|imagej}}}}
* {{App|[[Wikipedia:FIJI_(software)|Fiji]]|ImageJ distribution (and soon ImageJ2) with a lot of plugins organized into a coherent menu structure.|http://fiji.sc|{{AUR|fiji-bin}}}}

<!--
==== 画像処理 ====
* {{App|[[Wikipedia:ja:ImageJ|ImageJ]]|プラグインやマクロによる拡張ができる Java ベースのイメージプロセシング・分析プログラム。顕微鏡検査で広く使われています (例: 細胞を数える)。|http://rsb.info.nih.gov/ij|{{AUR|imagej}}}}
* {{App|[[Wikipedia:FIJI_(software)|Fiji]]|多くのプラグインがまとめられた ImageJ ディストリビューション (と ImageJ2)。|http://fiji.sc|{{AUR|fiji-binary}}{{Broken package link|パッケージが存在しません}}}}
-->

==== DICOM viewers and volume rendering ====

* {{App|aeskulap|Simple DICOM data viewer|https://www.nongnu.org/aeskulap/|{{AUR|aeskulap}}}}
* {{App|weasis|Multipurpose DICOM viewer with a highly modular architecture|https://nroduit.github.io/en/|{{AUR|weasis-bin}}}}
* {{App|aliza|Open 2D, 3D and 4D images in DICOM, MetaIO, Nifti, Nrrd and other formats, meshes in DICOM, VTK, STL and OBJ formats|https://www.aliza-dicom-viewer.com/|{{AUR|aliza}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Ginkgo CADx|Ginkgo CADx]]|Advanced DICOM viewer and dicomizer. Continuation of the now abandoned free version developed by MetaEmotion|https://github.com/gerddie/ginkgocadx|{{AUR|ginkgo-cadx}}}}
* {{App|[[Wikipedia:3DSlicer|3DSlicer]]|Comprehensive [[Wikipedia:Magnetic resonance imaging|MRI]], [[Wikipedia:CT scan|CT]], [[Wikipedia:Laser scanning confocal microscopy|LSCM microscopy]] volume processing, segmentation and 3D-reconstruction|https://www.slicer.org/|{{AUR|3dslicer}}}}

<!--
==== DICOM ビューアとボリュームレンダリング ====

* {{App|aeskulap|シンプルな DICOM データビューア。|http://www.nongnu.org/aeskulap/|{{AUR|aeskulap}}}}
* {{App|weasis|モジュラー型の多目的 DICOM ビューア。|https://nroduit.github.io/en/|{{AUR|weasis-bin}}}}
* {{App|aliza|DICOM, MetaIO, Nifti, Nrrd 形式などの 2D, 3D, 4D 画像と DICOM, VTK, STL, OBJ 形式のメッシュを開きます。|https://www.aliza-dicom-viewer.com/|{{AUR|aliza}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Ginkgo CADx|Ginkgo CADx]]|先進的な DICOM ビューア・ダイコマイザー。MetaEmotion によって開発されていたフリー版の後継。|https://github.com/gerddie/ginkgocadx|{{AUR|ginkgo-cadx}}}}
* {{App|[[Wikipedia:3DSlicer|3DSlicer]]|包括的な [[Wikipedia:ja:核磁気共鳴画像法|MRI]], [[Wikipedia:ja:コンピュータ断層撮影|CT]], [[Wikipedia:ja:共焦点レーザー顕微鏡|LSCM 顕微鏡]]ボリューム処理・分割・3D 再構成。|https://www.slicer.org/|{{AUR|3dslicer}}}}
-->

=== Engineering ===

==== Computer-aided design ====

See also [[Wikipedia:List of computer-aided design editors]].

* {{App|[[Wikipedia:BRL-CAD|BRL-CAD]]|Constructive solid geometry modeling CAD system that includes an interactive geometry editor, ray tracing support for graphics rendering and geometric analysis, computer network distributed framebuffer support, scripting, image-processing and signal-processing tools.|https://brlcad.org/|{{AUR|brlcad}}}}
* {{App|[[Wikipedia:FreeCAD|FreeCAD]]|Parametric 3D CAD modeler based on OpenCascade, Coin3D, Qt, and Python with features such as macro recording, workbenches and the ability to run as a server.|https://freecadweb.org/|{{Pkg|freecad}}}}
* {{App|LeoCAD|CAD program for creating virtual LEGO models. It has an easy to use interface and currently includes over 10,000 different pieces created by the LDraw community.|https://www.leocad.org/|{{AUR|leocad}}}}
* {{App|[[Wikipedia:LibreCAD|LibreCAD]]|A 2D CAD application based on Qt5. Forked from QCAD Community Edition.|https://www.librecad.org/|{{Pkg|librecad}}}}
* {{App|[[Wikipedia:OpenSCAD|OpenSCAD]]|A 3D CAD modeler that uses a textual, programmatic approach to creating and manipulating objects.|https://www.openscad.org|{{Pkg|openscad}}}}
* {{App|[[Wikipedia:QCad|QCAD]]|A 2D CAD application based on Qt. Supports the DFX and HPGL standard file formats, and optionally the DWG format through a proprietary plugin.|https://www.qcad.org/|{{Pkg|qcad}}}}

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=== 工学 ===
==== コンピュータ支援設計 ====

{{Wikipedia|List of computer-aided design editors}}
* {{App|[[Wikipedia:BRL-CAD|BRL-CAD]]|Constructive Solid Geometry (CSG) ソリッドモデリングコンピュータ支援設計 (CAD) システム。インタラクティブなジオメトリーエディタ、グラフィックレンダリングやジオメトリック分析に使えるレイトレーシング、分散ネットワークコンピューティングフレームバッファ、スクリプト、イメージプロセッシング・シグナルプロセッシングツール。|http://brlcad.org/|{{AUR|brlcad}}}}
* {{App|DraftSight|Dassault Systemes のフリーウェアの 2D CAD アプリケーション。DraftSight を使うことで、CAD ソフトウェアを使って作成された DWG/DXF ファイルにアクセスすることができます。|http://www.3ds.com/products-services/draftsight/overview/|{{AUR|draftsight}}}}
* {{App|[[Wikipedia:ja:FreeCAD|FreeCAD]]|OpenCascade ベースの CAD/CAE プログラム。マクロ記録、ワークベンチ、サーバー機能などを備えています。Qt と Python で開発。|https://github.com/FreeCAD/FreeCAD|{{Pkg|freecad}}}}
* {{App|LeoCAD|バーチャル LEGO モデルを作成するための CAD プログラム。使用しやすいインターフェースを持っており、現在、LDraw コミュニティによって作成された6000以上の異なったピースを含んでいます。|http://leocad.org|{{AUR|leocad}}}}
* {{App|[[Wikipedia:LibreCAD|LibreCAD]]|Qt を使ったパワフルな 2D CAD アプリケーション。QCad コミュニティエディションからフォークされて作られました。|http://www.librecad.org/|{{Pkg|librecad}}}}
* {{App|[[Wikipedia:OpenSCAD|OpenSCAD]]|プログラマー流によるオープンソースの 2D/3D CAD。|http://www.openscad.org|{{Pkg|openscad}} {{AUR|openscad-git}}}}
* {{App|[[Wikipedia:QCad|QCAD]]|1999年から開発されているパワフルな 2D CAD アプリケーション。QCaD には標準の DXF ファイルフォーマットが含まれており HPGL フォーマットをサポートしています。|http://www.qcad.org/|{{Pkg|qcad}}}}
-->

==== Electronics ====

See also [[Wikipedia:Comparison of EDA software]].

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==== 電子工学 ====
{{Wikipedia|Comparison of EDA software}}
-->

===== Digital logic =====

Digital logic software are mainly simple educational tools that intended for only designing and simulating logic circuits.

* {{App|Digital|Interactive simulator similiar to the discontinued Logisim. Features Karnaugh maps, logic tables, FSM editor, VHDL export and more, written in Java.|https://github.com/hneemann/Digital|{{AUR|digital}}}}
* {{App|glogic|An educational graphical logic circuit simulator, written in Python.|https://launchpad.net/glogic|{{AUR|glogic}}}}
* {{App|GTKWave|Fully featured GTK-based wave viewer which reads LXT, LXT2, VZT, FST, and GHW files as well as standard Verilog VCD/EVCD files and allows their viewing.|http://gtkwave.sourceforge.net/|{{Pkg|gtkwave}}}}
* {{App|Logisim|Educational digital logic design and simulation software, written in Java, officially its development has stopped.|https://sourceforge.net/projects/circuit/|{{AUR|logisim}}}}
* {{App|Logisim Evolution|Project which continue the development of the original Logisim with new features, written in Java.|https://github.com/reds-heig/logisim-evolution|{{AUR|logisim-evolution-git}}}}
* {{App|PulseView|Logic analyzer, oscilloscope and MSO GUI.|https://sigrok.org/wiki/PulseView|{{Pkg|pulseview}}}}
* {{App|SmartSim|Simple and beautiful digital logic circuit design and simulation software, mainly target teachers and students, very lightweight and cross platform, GPL licensed, written in Vala.|https://smartsim.org.uk|{{AUR|smartsim-git}}}}
* {{App|WaveDrom editor|Timing diagram rendering in real-time from simple textual description. Can also be edited and embedded in the browser.|https://wavedrom.com/|{{AUR|wavedrom-editor}}}}

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===== デジタル論理 =====

デジタル論理ソフトウェアは主として、論理回路を設計・シミュレートするためのシンプルな教育ツールとして使われます。

* {{App|glogic|Python で書かれた教育用のグラフィカルな論理回路シミュレータ。|https://launchpad.net/glogic|{{AUR|glogic}}}}
* {{App|GTKWave|フル機能の GTK ベース波形ビューア。LXT, LXT2, VZT, FST, GHW ファイルや標準的な Verilog VCD/EVCD ファイルを読み込むことができます。|http://gtkwave.sourceforge.net/|{{Pkg|gtkwave}}}}
* {{App|Logisim|教育用の電子回路設計・シミュレーションプログラム。Java で書かれています。開発は停止中。|https://sourceforge.net/projects/circuit/|{{AUR|logisim}}}}
* {{App|Logisim Evolution|オリジナルの Logisim に新しい機能を開発するプロジェクト。Java で書かれています。|https://github.com/reds-heig/logisim-evolution|{{AUR|logisim-evolution-git}}}}
* {{App|PulseView|論理アナライザ・オシロスコープ・MSO GUI。|https://sigrok.org/wiki/PulseView|{{Pkg|pulseview}}}}
* {{App|SmartSim|シンプルで綺麗な電子論理回路設計・シミュレーションソフトウェア。教師と生徒を対象としており、軽量でクロスプラットフォーム、GPL でライセンスされています。Vala で書かれています。|https://smartsim.org.uk|{{AUR|smartsim-git}}}}
-->

===== HDL =====

Also see [[Wikipedia:Hardware description language]].

* {{App|[[Altera Design Software]]|A set of design tools for Altera's FPGA chips that includes Quartus II and ModelSim-Altera.|https://www.altera.com/products/design-software/overview.html|see [[Altera Design Software]]}}
* {{App|[[Lattice Diamond]]|A set of design tools for Lattice's FPGA chips.|https://www.latticesemi.com|{{AUR|lattice-diamond}}}}
* {{App|[[Microsemi Libero]]|Development tools for designing with Microsemi's PolarFire, IGLOO2, SmartFusion2, RTG4, SmartFusion, IGLOO, ProASIC3 and Fusion families.|https://www.microsemi.com/product-directory/design-resources/1750-libero-soc#overview|see [[Microsemi Libero]]}}
* {{App|[[Xilinx ISE WebPACK]]|FPGA programmable logic design suit.|https://www.xilinx.com/products/design-tools/ise-design-suite/ise-webpack.html|see [[Xilinx ISE WebPACK]]}}
* {{App|[[Wikipedia:GHDL|GHDL]]|Free and Open Source VHDL 2008/93/87 analyzer, compiler and simulator.|https://github.com/ghdl/ghdl|{{pkg|ghdl-gcc}}}}

<!--
===== HDL =====

* {{App|[[Altera Design Software]]|Quartus II と ModelSim-Altera を含む Altera の FPGA チップの設計ツール。|https://www.altera.com/products/design-software/overview.html|[[Altera Design Software]] を参照}}
* {{App|[[Xilinx ISE WebPACK]]|FPGA プログラマブルロジックデザインスイート。|http://www.xilinx.com/products/design-tools/ise-design-suite/ise-webpack.html|[[Xilinx ISE WebPACK]] を参照}}
-->

===== MCU IDE and programmers =====

* {{App|[[Arduino]]|Arduino prototyping platform SDK.|https://www.arduino.cc/en/Main/Software|{{Pkg|arduino}}}}
* {{App|avrcalc|Calculator to speed development of Atmel AVRs.|https://sourceforge.net/projects/avrcalc|{{AUR|avrcalc}}}}
* {{App|AVRDUDE|Download/upload/manipulate the ROM and EEPROM contents of AVR microcontrollers.|https://www.nongnu.org/avrdude/|{{Pkg|avrdude}}}}
* {{App|SPIPGM|Tool for programming serial SPI FlashROM memories attached to PC via parallel port cable.|http://rayer.g6.cz/programm/programe.htm|{{AUR|spipgm-bin}}}}

<!--
===== MCU IDE とプログラマ =====

* {{App|[[Arduino]]|Arduino プロトタイピングプラットフォーム SDK。|https://www.arduino.cc/en/Main/Software|{{Pkg|arduino}}}}
* {{App|avrcalc|Atmel AVR の開発を加速する計算機。|https://sourceforge.net/projects/avrcalc|{{AUR|avrcalc}}}}
* {{App|AVRDUDE|AVR マイクロコントローラの ROM や EEPROM の中身をダウンロード・アップデート・操作。|http://www.nongnu.org/avrdude/|{{Pkg|avrdude}}}}
* {{App|SPIPGM|パラレルポートケーブルで PC に接続されたシリアル SPI フラッシュ ROM メモリをプログラミングするためのツール。|http://rayer.g6.cz/programm/programe.htm|{{AUR|spipgm-bin}}}}
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===== Electronic circuit simulation and schematic capture editing =====

* {{App|easy_spice|Electronic circuit simulator. SPICE frontend, using gschem for schematics and ngspice as simulator.|http://easy-spice.sourceforge.net|{{AUR|easy_spice}}}}
* {{App|eispice|clone of the Berkley SPICE 3 Simulation Engine. It was originally targeted toward PCB level Signal Integrity Simulation; simulating IBIS model defined devices, transmission lines, and passive termination but the scope of the tool has been slowly expanding to include more general purpose circuit simulation features. Python interface.|https://charleseidsness.github.io/eispice/ https://github.com/charleseidsness/eispice|{{AUR|python2-eispice-git}}}}
* {{App|[[Wikipedia:GNU Circuit Analysis Package|gnucap]]|GNU circuit simulator.|http://gnucap.org|{{AUR|gnucap}}}}
* {{App|gspiceui|GUI to various freely available Spice electronic ciruit simulators.|http://users.tpg.com.au/micksw012/gspiceui.html|{{AUR|gspiceui}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Oregano (software)|Oregano]]|Graphical software application for schematic capture and simulation of electrical circuits. The actual simulation is done by the [[Wikipedia:Ngspice|ngspice]] or [[Wikipedia:GNU Circuit Analysis Package|Gnucap]] engines.|https://github.com/drahnr/oregano|{{AUR|oregano}}}}
* {{App|[[Wikipedia:ngspice|ngspice]]|The established Linux circuit simulator. Open source successor of the [[Wikipedia:SPICE|spice3f5]] code. Has the most versatile user interface; supporting scripting within the circuit descriptions, use through an interpreter, as a C library, through tcl or various external wrappers (e.g., Python).|http://ngspice.sourceforge.net/|{{Pkg|ngspice}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Quite Universal Circuit Simulator|Qucs]]|Electronics circuit simulator application that gives you the ability to set up a circuit with a graphical user interface and simulate its large-signal, small-signal and noise behaviour.|http://qucs.sourceforge.net|{{AUR|qucs}}}}
* {{App|qucs-s|Electronics circuit simulator that gives you the ability to set up a circuit with a GUI and simulate it. Fork of qucs that uses external, better, programs to do actual simulation.|https://ra3xdh.github.io/|{{AUR|qucs-s}}}}
* {{App|Xyce|SANDIA Xyce is an open source, SPICE-compatible, high-performance analog circuit simulator, capable of solving extremely large circuit problems by supporting large-scale parallel computing platforms.|https://xyce.sandia.gov https://github.com/Xyce/Xyce|{{AUR|xyce-serial}}}}

===== Electronic design and schematic capture editing =====

* {{App|asco|SPICE Circuit Optimizer.|http://asco.sourceforge.net|{{AUR|asco}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Fritzing|Fritzing]]|Easy to use program to draw good-looking circuit diagrams, and also create schematics and PCBs.|https://fritzing.org/home/|{{AUR|fritzing}}}}
* {{App|[[gEDA]]|Full suite and toolkit of Electronic Design Automation tools that are used for electrical circuit design, schematic capture, simulation, prototyping, and production.|http://www.geda-project.org/|{{Pkg|geda-gaf}}}}
* {{App|[[gEDA]] PCB|Interactive printed circuit board editor.|http://pcb.geda-project.org/|{{Pkg|pcb}}}}
* {{App|[[Wikipedia:KiCad|KiCad]]|Software suite for electronic design automation (EDA) that facilitates the design of schematics for electronic circuits and their conversion to PCB (printed circuit board).|https://kicad-pcb.org/|{{Pkg|kicad}}}}
* {{App|QElectroTech|Application used to draw advanced electrical circuits.|https://qelectrotech.org/|{{AUR|qelectrotech}}}}

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===== 回路図エディタ =====

* {{App|freeroute|Alfons Wirtz によって書かれた KiCad の自動 PCB 配線ツール。|http://www.freerouting.net/|{{AUR|freeroute-bin}}{{Broken package link|パッケージが存在しません}}}}
* {{App|[[gEDA]]|電子回路の設計や、回路図入力、シミュレーション、プロトタイピング、生産につかわれる電子設計自動化ツールのフルスイートとツールキット。|http://www.geda-project.org/|{{Pkg|geda-gaf}}}}
* {{App|[[gEDA]] PCB|インタラクティブなプリント基板エディタ。|http://pcb.geda-project.org/|{{Pkg|pcb}}}}
* {{App|[[Wikipedia:ja:KiCAD|KiCAD]]|電子回路の結線図の設計やプリント基板 (PCB) への実装を容易にする電子設計自動化のソフトウェアスイート。|http://www.kicad-pcb.org/display/KICAD/KiCad+EDA+Software+Suite|{{Pkg|kicad}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Oregano (software)|Oregano]]|回路図入力や電子回路のシミュレーションに使うグラフィカルソフトウェアアプリケーション。シミュレーションは [[Wikipedia:Ngspice|ngspice]] か [[Wikipedia:GNU Circuit Analysis Package|Gnucap]] エンジンによって行われます。|https://github.com/marc-lorber/oregano|{{AUR|oregano}}}}
* {{App|QElectroTech|高度な電子回路を設計するために使われるアプリケーション。|https://qelectrotech.org/|{{AUR|qelectrotech}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Quite Universal Circuit Simulator|Qucs]]|電子回路シミュレーションアプリケーション。グラフィカルユーザーインターフェースによる回路の設計と、大信号・小信号・ノイズの挙動をシミュレートができます。|http://qucs.sourceforge.net/|{{AUR|qucs}}}}
* {{App|[[Wikipedia:ngspice|ngspice]]|回路のシミュレートに使用するアプリケーション。[[Wikipedia:ja:SPICE (ソフトウェア)|spice3f5]] のオープンソース版後継。|http://ngspice.sourceforge.net/|{{Pkg|ngspice}}}}
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=== Telecommunication ===

* {{App|[[GNU Radio]]|Software development toolkit that provides signal processing blocks to implement software radios.|https://www.gnuradio.org/|{{Pkg|gnuradio}}}}
* {{App|Gqrx|Software defined radio receiver implemented using GNU Radio and the Qt GUI toolkit.|https://gqrx.dk/|{{Pkg|gqrx}}}}
* {{App|Pothos|The Pothos project is a complete data-flow framework for creating topologies of interconnected processing blocks. |https://github.com/pothosware/PothosCore/wiki|{{AUR|pothos}}, {{AUR|pothos-git}}}}
* {{App|SDR#|The most popular SDR program.|https://airspy.com/|{{AUR|sdrsharp}}}}
* {{App|SigDigger|Qt-based digital signal analyzer, using Suscan core and Sigutils DSP library.|https://github.com/BatchDrake/SigDigger|{{AUR|sigdigger-git}}}}

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=== 遠距離通信 ===

* {{App|CupCarbon|スマートシティ & IoT ワイヤレスセンサーネットワークシミュレータ。|http://cupcarbon.com/}}
* {{App|[[GNU Radio]]|ソフトウェア無線を実装するための信号処理ブロックを提供するソフトウェア開発ツールキット。|https://www.gnuradio.org/|{{Pkg|gnuradio}}}}
* {{App|[[Gqrx]]|GNU Radio と Qt GUI ツールキットで実装されたソフトウェア無線レシーバ。|http://gqrx.dk/|{{Pkg|gqrx}}}}
* {{App|Pothos|相互接続された信号ブロックのトポロジーを作成するための完全なデータフローフレームワーク。|https://github.com/pothosware/PothosCore/wiki|{{AUR|pothos}}, {{AUR|pothos-git}}}}
* {{App|SDR#|人気の SDR プログラム。|https://airspy.com/|{{AUR|sdrsharp}}}}
* {{App|SigDigger|Qt ベースのデジタル信号アナライザ。Suscan コアと Sigutils DSP ライブラリを使用。|https://github.com/BatchDrake/SigDigger|{{AUR|sigdigger-git}}}}
-->

==== Amateur radio ====

See the main article: [[Amateur radio#Software list]].

See also [[Wikipedia:List of software-defined radios]].

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==== アマチュア無線 ====

メインの記事を見てください: [[アマチュア無線#ソフトウェアリスト]]。

[[Wikipedia:List of software-defined radios]] も参照。
-->

=== Simulation modeling ===

* {{App|[[Wikipedia:Flight Gear|Flight Gear]]|Open-source, multi-platform atmospheric and orbital flight simulator with a flight dynamics engine (JSBSim) that is part of a [https://web.archive.org/web/20201115084247/https://nescacademy.nasa.gov/src/flightsim/Reports/aiaa-15-1810-EOM_chkcases-II.pdf 2015 NASA benchmark] to judge new simulation code to space industry standards.|http://www.flightgear.org/|{{AUR|flightgear}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Gephi|gephi]]|Gephi is an open-source network analysis and visualization software package written in Java.|https://gephi.org/|{{Pkg|gephi}}}}
* {{App|golly|Golly is an open source, cross-platform application for exploring Conway's Game of Life and many other types of cellular automata.|http://golly.sourceforge.net/|{{AUR|golly}}}}
* {{App|Netlogo|NetLogo is a multi-agent programmable modeling environment.|http://ccl.northwestern.edu/netlogo/|{{AUR|netlogo}}}}
* {{App|[[Wikipedia:AnyLogic|AnyLogic]]|AnyLogic is a cross-platform proprietary multimethod simulation modeling tool, which is also available for personal use.|https://www.anylogic.com/|{{AUR|anylogic-ple}}, {{AUR|anylogic-university}}, {{AUR|anylogic-professional}}}}

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=== シミュレーションモデリング ===

* {{App|[[Wikipedia:Gephi|gephi]]|Java で書かれたオープンソースのネットワーク解析・視覚化ソフトウェア。|http://gephi.org/|{{Pkg|gephi}}}}
* {{App|golly|ライフゲーム (Conway's Game of Life) や他のセルオートマトンを探査するオープンソース・クロスプラットフォームアプリケーション。|http://golly.sourceforge.net/|{{AUR|golly}}}}
* {{App|Netlogo|マルチエージェントのプログラマブルモデリング環境。|http://ccl.northwestern.edu/netlogo/|{{AUR|netlogo}}}}
* {{App|[[Wikipedia:AnyLogic|AnyLogic]]|クロスプラットフォームのプロプライエタリマルチメソッドシミュレーションモデリングツール。個人利用も可能。|https://www.anylogic.com/|{{AUR|anylogic-ple}}, {{AUR|anylogic-university}}, {{AUR|anylogic-professional}}}}
-->

=== Computer science ===

==== Artificial intelligence ====

See also [[Wikipedia:Comparison of deep learning software]].

* {{App|[[Wikipedia:Fast Artificial Neural Network|Fast Artificial Neural Network]]|Library for developing feedforward Artificial Neural Networks.|http://leenissen.dk/fann/wp/|{{AUR|fann}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Mycroft (software)|Mycroft]]|Intelligent personal assistant and knowledge navigator with speech recognition.|https://mycroft.ai/|{{AUR|mycroft-core}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Orange (software)|Orange]]|Data visualization, machine learning and data mining toolkit, accessible via visual programming and Python.|https://orange.biolab.si/|{{AUR|python-orange}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Torch (machine learning)|Torch]]|Machine learning library, scientific computing framework, and script language based on LuaJIT.|http://torch.ch/|{{AUR|torch7-git}}}}
* {{App|[[Wikipedia:X Neural Switcher|X Neural Switcher]]|Automatic (intelligent) keyboard layout adaption.|https://xneur.ru/|{{AUR|xneur-devel-git}}, {{AUR|gxneur}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Tensorflow|Tensorflow]]|An end-to-end open source machine learning platform.|https://www.tensorflow.org/ |{{Pkg|python-tensorflow}}, with non x86-64 CPU optimization {{Pkg|python-tensorflow-opt}}, with CUDA {{Pkg|python-tensorflow-cuda}}, with CUDA and with non x86-64 CPU optimizations {{Pkg|python-tensorflow-opt-cuda}}}}
* {{App|[[Wikipedia:PyTorch|PyTorch]]|An open source machine learning framework that accelerates the path from research prototyping to production deployment.|https://pytorch.org/ |{{Pkg|python-pytorch}}, with non x86-64 CPU optimization {{Pkg|python-pytorch-opt}}, with CUDA {{Pkg|python-pytorch-cuda}}, with CUDA and with non x86-64 CPU optimizations {{Pkg|python-pytorch-opt-cuda}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Theano (software)|Theano]]|Theano is a Python library that allows you to define, optimize, and evaluate mathematical expressions involving multi-dimensional arrays efficiently.|http://deeplearning.net/software/theano/|{{AUR|python-theano}}}}

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=== 計算機科学 ===

==== 人工知能 ====

[[Wikipedia:Comparison of deep learning software]] も参照。

* {{App|[[Wikipedia:Fast Artificial Neural Network|Fast Artificial Neural Network]]|順伝播型ニューラルネットワークを開発するためのライブラリ。|http://leenissen.dk/fann/wp/|{{AUR|fann}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Mycroft (software)|Mycroft]]|音声認識を備えた知的パーソナルアシスタント・ナレッジナビゲータ。|https://mycroft.ai/|{{AUR|mycroft-core}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Orange (software)|Orange]]|ビジュアルプログラミングや Python で使えるデータ視覚化・機械学習・データマイニングツールキット。|https://orange.biolab.si/|{{AUR|python-orange}}}}
* {{App|[[Wikipedia:Torch (machine learning)|Torch]]|機械学習ライブラリ・科学計算フレームワーク・LuaJIT ベースのスクリプト言語。|http://torch.ch/|{{AUR|torch7-git}}}}
* {{App|[[Wikipedia:X Neural Switcher|X Neural Switcher]]|自動 (知的) でキーボードレイアウトを修正。|https://xneur.ru/|{{AUR|xneur}}, {{AUR|gxneur}}}}
* {{App|[[Wikipedia:ja:TensorFlow|Tensorflow]]|エンドツーエンドのオープンソース機械学習プラットフォーム。|https://www.tensorflow.org/ |{{Pkg|python-tensorflow}}, {{Pkg|python-tensorflow-opt}} (x86-64 CPU の最適化), {{Pkg|python-tensorflow-cuda}} (CUDA), {{Pkg|python-tensorflow-opt-cuda}}}} (CUDA と x86-64 CPU の最適化)
* {{App|[[Wikipedia:ja:PyTorch|PyTorch]]|研究時のプロトタイピングから本番環境への実装を加速するオープンソース機械学習フレームワーク。|https://pytorch.org/ |{{Pkg|python-pytorch}}, {{Pkg|python-pytorch-opt}} (x86-64 CPU の最適化), {{Pkg|python-pytorch-cuda}} (CUDA), {{Pkg|python-pytorch-opt-cuda}} (CUDA と x86-64 CPU の最適化)}}
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