Bioperlのソースを表示

[[Category:計算と科学]]
[[en:Bioperl]]
[http://www.bioperl.org/wiki/Main_Page Bioperl] は[[wikipedia:ja:計算生物学|計算生物学]]や[[wikipedia:ja:バイオインフォマティクス|バイオインフォマティクス]]の研究者を補助するための Perl プログラミング言語のスクリプト集です。

==インストール==
[[AUR]] から {{AUR|bioperl-live-git}} をインストールしてください。

==設定==

AUR からインストールした場合、bioperl のパスを Perl の @INC 配列に追加する必要があります。{{ic|.bashrc}} ファイルで {{ic|PERL5LIB}} 変数を以下のように追加してください:
 export PERL5LIB=$PERL5LIB:/usr/share/perl5/site_perl/5.10.0

{{Note|バージョンについては {{ic|/usr/share/perl5/site_perl/}} フォルダを確認してください。5.10.0 フォルダには BIO という名前のフォルダが含まれているはずです。見つからない場合は {{ic|vendor_perl}} などに BIO フォルダがインストールされていないか確認してください。}}

依存関係の問題を解決するために CPAN からモジュールをインストールすることを推奨します:
* CPAN をアップグレード:
 # perl -MCPAN -e shell
 install Bundle::CPAN
 q
* Module::Build をインストール・アップグレード:
 # cpan
 install Module::Build
 o conf prefer_installer MB
 o conf commit
 q

==Tips and tricks==

{{AUR|bioperl-run-git}} パッケージにはバイオインフォマティクスのアプリケーションやツールを使うためのラッパーモジュールが含まれています:
 # cpan
 d /bioperl/
以下のように出力されます:
 Distribution    BIRNEY/bioperl-1.2.2.tar.gz
 Distribution    BIRNEY/bioperl-1.2.3.tar.gz
 Distribution    BIRNEY/bioperl-1.2.tar.gz
 Distribution    BIRNEY/bioperl-1.4.tar.gz
 Distribution    BIRNEY/bioperl-db-0.1.tar.gz
 Distribution    BIRNEY/bioperl-ext-1.4.tar.gz
 Distribution    BIRNEY/bioperl-gui-0.7.tar.gz
 Distribution    BIRNEY/bioperl-run-1.4.tar.gz
 Distribution    BOZO/Fry-Lib-BioPerl-0.15.tar.gz
 Distribution    CJFIELDS/BioPerl-1.6.0.tar.gz
 Distribution    CJFIELDS/BioPerl-1.6.1.tar.gz
 Distribution    CJFIELDS/BioPerl-db-1.6.0.tar.gz
 Distribution    CJFIELDS/BioPerl-network-1.6.0.tar.gz
 Distribution    CJFIELDS/BioPerl-run-1.6.1.tar.gz
 Distribution    CRAFFI/Bundle-BioPerl-2.1.8.tar.gz
 15 items found
以下を実行してください:
 install CJFIELDS/BioPerl-run-1.6.1.tar.gz
 q

==トラブルシューティング==

{{ic|Can't locate (Name of the Module) in @INC}} など、Perl スクリプトのコンパイルで問題が起こる場合、欠けているモジュールをインストールしてください:

 # cpan
 install Module::Name
 q

== 参照 ==
* [http://www.bioperl.org/wiki/Installing Installing Bioperl for Unix]