Bioperl

Bioperl は計算生物学やバイオインフォマティクスの研究者を補助するための Perl プログラミング言語のスクリプト集です。

インストール

AUR から bioperl-live-git^AUR をインストールしてください。

設定

AUR からインストールした場合、bioperl のパスを Perl の @INC 配列に追加する必要があります。.bashrc ファイルで PERL5LIB 変数を以下のように追加してください:

export PERL5LIB=$PERL5LIB:/usr/share/perl5/site_perl/5.10.0

ノート: バージョンについては /usr/share/perl5/site_perl/ フォルダを確認してください。5.10.0 フォルダには BIO という名前のフォルダが含まれているはずです。見つからない場合は vendor_perl などに BIO フォルダがインストールされていないか確認してください。

依存関係の問題を解決するために CPAN からモジュールをインストールすることを推奨します:

• CPAN をアップグレード:

# perl -MCPAN -e shell
install Bundle::CPAN
q

• Module::Build をインストール・アップグレード:

# cpan
install Module::Build
o conf prefer_installer MB
o conf commit
q

Tips and tricks

bioperl-run-git^AUR パッケージにはバイオインフォマティクスのアプリケーションやツールを使うためのラッパーモジュールが含まれています:

# cpan
d /bioperl/

以下のように出力されます:

Distribution    BIRNEY/bioperl-1.2.2.tar.gz
Distribution    BIRNEY/bioperl-1.2.3.tar.gz
Distribution    BIRNEY/bioperl-1.2.tar.gz
Distribution    BIRNEY/bioperl-1.4.tar.gz
Distribution    BIRNEY/bioperl-db-0.1.tar.gz
Distribution    BIRNEY/bioperl-ext-1.4.tar.gz
Distribution    BIRNEY/bioperl-gui-0.7.tar.gz
Distribution    BIRNEY/bioperl-run-1.4.tar.gz
Distribution    BOZO/Fry-Lib-BioPerl-0.15.tar.gz
Distribution    CJFIELDS/BioPerl-1.6.0.tar.gz
Distribution    CJFIELDS/BioPerl-1.6.1.tar.gz
Distribution    CJFIELDS/BioPerl-db-1.6.0.tar.gz
Distribution    CJFIELDS/BioPerl-network-1.6.0.tar.gz
Distribution    CJFIELDS/BioPerl-run-1.6.1.tar.gz
Distribution    CRAFFI/Bundle-BioPerl-2.1.8.tar.gz
15 items found

以下を実行してください:

install CJFIELDS/BioPerl-run-1.6.1.tar.gz
q

トラブルシューティング

Can't locate (Name of the Module) in @INC など、Perl スクリプトのコンパイルで問題が起こる場合、欠けているモジュールをインストールしてください:

# cpan
install Module::Name
q

参照

• Installing Bioperl for Unix