Bioperl

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Bioperl計算生物学バイオインフォマティクスの研究者を補助するための Perl プログラミング言語のスクリプト集です。

インストール

AUR から bioperl-live-gitAUR をインストールしてください。

設定

AUR からインストールした場合、bioperl のパスを Perl の @INC 配列に追加する必要があります。.bashrc ファイルで PERL5LIB 変数を以下のように追加してください:

export PERL5LIB=$PERL5LIB:/usr/share/perl5/site_perl/5.10.0
ノート: バージョンについては /usr/share/perl5/site_perl/ フォルダを確認してください。5.10.0 フォルダには BIO という名前のフォルダが含まれているはずです。見つからない場合は vendor_perl などに BIO フォルダがインストールされていないか確認してください。

依存関係の問題を解決するために CPAN からモジュールをインストールすることを推奨します:

  • CPAN をアップグレード:
# perl -MCPAN -e shell
install Bundle::CPAN
q
  • Module::Build をインストール・アップグレード:
# cpan
install Module::Build
o conf prefer_installer MB
o conf commit
q

Tips and tricks

bioperl-run-gitAUR パッケージにはバイオインフォマティクスのアプリケーションやツールを使うためのラッパーモジュールが含まれています:

# cpan
d /bioperl/

以下のように出力されます:

Distribution    BIRNEY/bioperl-1.2.2.tar.gz
Distribution    BIRNEY/bioperl-1.2.3.tar.gz
Distribution    BIRNEY/bioperl-1.2.tar.gz
Distribution    BIRNEY/bioperl-1.4.tar.gz
Distribution    BIRNEY/bioperl-db-0.1.tar.gz
Distribution    BIRNEY/bioperl-ext-1.4.tar.gz
Distribution    BIRNEY/bioperl-gui-0.7.tar.gz
Distribution    BIRNEY/bioperl-run-1.4.tar.gz
Distribution    BOZO/Fry-Lib-BioPerl-0.15.tar.gz
Distribution    CJFIELDS/BioPerl-1.6.0.tar.gz
Distribution    CJFIELDS/BioPerl-1.6.1.tar.gz
Distribution    CJFIELDS/BioPerl-db-1.6.0.tar.gz
Distribution    CJFIELDS/BioPerl-network-1.6.0.tar.gz
Distribution    CJFIELDS/BioPerl-run-1.6.1.tar.gz
Distribution    CRAFFI/Bundle-BioPerl-2.1.8.tar.gz
15 items found

以下を実行してください:

install CJFIELDS/BioPerl-run-1.6.1.tar.gz
q

トラブルシューティング

Can't locate (Name of the Module) in @INC など、Perl スクリプトのコンパイルで問題が起こる場合、欠けているモジュールをインストールしてください:

# cpan
install Module::Name
q

参照