アプリケーション一覧/サイエンス
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目次
サイエンス
数学
電卓
See also Wikipedia:Comparison of software calculators.
Console
- bc — 任意精度計算言語。
- calc — 任意精度計算コンソール。
- clac — 後置記法のコマンドライン・スタックベース計算機。
- qalc — Command-line calculator and equation solver with fault-tolerant parsing, constant recognition and units.
Graphical
- Deepin Calculator — Deepin デスクトップの使いやすい電卓
- Extcalc — Qt ベースの科学用グラフィカル計算器。
- FOX Calculator — シンプルなデスクトップ電卓。
- galculator — GTK ベースの科学用電卓。
- http://galculator.mnim.org/ || GTK 3: galculator, GTK 2: galculator-gtk2
- Genius — 数学的なプログラミング言語を備えた先進的な計算機。
- GNOME Calculator — GNOME デスクトップの科学電卓。
- KAlgebra — kde-education に含まれる計算器と 3D プロッタ。
- KCalc — KDE デスクトップの科学電卓。
- Liri Calculator — Liri の電卓。
- MATE Calc — MATE デスクトップ環境の計算機。
- Qalculate! — 電卓・方程式ソルバ。フォールトトレラントなパース、定数認識とユニット。
- SpeedCrunch — 高速高精度でパワフルなクロスプラットフォームの計算器。
- xcalc — 代数・逆ポーランド表記法モードを備えた X 用科学電卓。
数式処理システム
See also Wikipedia:ja:数式処理システムの一覧.
- AXIOM — FriCAS: 強力な AXIOM-CAS の派生システム。
- GAP — 群論計算に重点を置いた分散計算のための数式処理システム。
- Maple — 有名な商用 CAS。主として教育で使われています。
- Mathics — 記号数学計算用のフリーな CAS。主要な言語として Python を使用。Mathematica 互換の構文と機能を備えることを目指しています。ほとんどの処理は Sympy を使っており、より高度な機能を Sage で補っています。
- Mathomatic — C で書かれた多目的の数式処理システム。
- Maxima — Maple/Mathematica-ライクなプログラム。
- PARI/GP — 整数論の高速計算のために作られた数式処理システム。
- Singular — 可換・非可換環論・代数幾何学・特異点論に特に注力されている多項式計算の数式処理システム。
- wxMaxima — 強力な数式処理システムである Maxima のグラフィカルユーザーインターフェイス。
- Xcas — フリーの、基礎的な数式処理システムである、Giac のユーザーインターフェース。
科学技術計算
See also Wikipedia:Comparison of numerical analysis software.
- Cadabra — A field-theory motivated approach to computer algebra.
- Cantor — KDE に統合されたワークシートインターフェイスから好きな数学アプリケーションを使うことができるアプリケーション。kde-education に含まれます。
- EngLab — C ライクな構文を持ったクロスコンパイル数学プラットフォーム。
- https://www.fftw.org/ || fftw fftw-mpiAUR fftw-mpichAUR
- FreeMat — Matlab-ライクなプログラム。(MPI による) 分散環境による並列計算の開発のサポート、C や C++、Fortran などのコードがいらないインターフェース、3D グラフィック機能など。
- GeoGebra — インタラクティブなグラフィック・数式・スプレッドシートを備えた動的な数学ソフトウェア。
- Julia — 技術計算のための高水準・高性能な動的言語。
- Kig — インタラクティブ幾何学アプリケーション。kde-education に含まれています。
- matplotlib (PyLab) — 科学計算用の Python モジュール (pyplot や numpy など) のコレクション。
- SageMath — Python で書かれた Maxima に似た数式処理システム。Magma, Maple, Mathematica, Matlab の代替。
- Scilab — 数値計算に使われる Matlab 代替、構文は Matlab とは異なりますが、簡単に変換できます。
- https://www.scilab.org/ || scilabAUR, scilab-binAUR, scilab-gitAUR
統計学
See also Wikipedia:Comparison of statistical packages.
- gretl — A cross-platform software package for econometric analysis, written in the C programming language.
- JAGS (Just another Gibbs sampler) — マルコフ連鎖モンテカルロ法 (MCMC) を使う階層ベイズモデルの分析のためのクロスプラットフォームプログラム。
- jamovi — SPSS のユーザーが簡単に使えるように作られた統計パッケージ。Electron プラットフォームベース。
- Python Data Analysis Library (pandas) — Python プログラミング言語による、高性能かつ使いやすい、データ解析ツール。
- PSPP — フリーの SPSS 実装。
- R — 統計計算とグラフのソフトウェア環境。
- RKWard — 統計解析向けプログラミング言語 R のフロントエンド。
- RStudio — Qt で書かれた R の強力で生産的な IDE。
データ評価とプロット
See also Wikipedia:ja:グラフ作成ソフト.
- AlphaPlot — Application for scientific data analysis and visualization, fork of SciDavis / QtiPlot.
- Engauge Digitizer — グラフの画像からデータを抽出。
- Fityk — 曲線あてはめ・データ解析アプリケーション。釣鐘型関数を実験データに当てるのによく使われます。
- http://fityk.nieto.pl/ || fitykAUR
- Gnuplot — 関数・データの 2D / 3D プロットを生成するコマンドラインプログラム。
- Grace — WYSIWYG 2D グラフプロットツール。
- KmPlot — グラフと積分・導関数を描画するプログラム。kde-education に含まれます。
- LabPlot — SciDAVis に似たフリーのデータ解析・視覚化アプリケーション。
- Plots — A graph plotting app for GNOME.
- Rocs — グラフアルゴリズムを設計・解析するのに興味がある全ての人 (教師・学生・研究者) のためのグラフ理論 IDE。kde-education に含まれます。
- ROOT — CERN によって開発されている（元は素粒子物理学用の）データ解析プログラム・ライブラリ。
アプリケーション一覧#スプレッドシートも見てください。
証明支援システム
Wikipedia:Proof assistant も参照。
- Agda — 依存型・関数型プログラミング言語・プルーフアシスタント。直感的に証明を書いてチェックできます。
- Coq — 形式証明管理システム。数学主題と実行アルゴリズム、定理を記述するための形式言語を備えており、機械的に証明をチェックする半自動な開発環境を実現します。
- https://coq.inria.fr/ || CLI: coq, GUI: coqide
- Isabelle — 数学定理を形式言語で表現できる汎用の証明支援器。論理計算で定理を証明するためのツールを提供します。
物理学
物理シミュレーション
- Code_Aster — 土木工学や構造力学における有限要素解析や数値シミュレーションのためのソフトウェアパッケージ。
- EPANET — 配水管網における水の移動と水質に関する長期シミュレーションを行います。
- Step — 二次元の物理シミュレーション。kde-education に含まれています。
- 動学的な降雨表面流出シミュレーションモデル。地表・地下の水文学的な量と質のシミュレーションに使われます。 || https://www.epa.gov/
単位変換
- ConvertAll — 意味がないものでも様々に単位を組み合わせられる (e.g. inches per decade) 単位変換アプリケーション。
- Gonvert — 長さ、量、数など多くのカテゴリで CGS・帝国単位・古代単位など多くの単位系間で変換できる変換ユーティリティ。
- Units — コマンドライン単位コンバーター・電卓。倍数的なスケール変化、ノンリニアな変換ができる。華氏を摂氏やゲージに変換する等。
化学
分子構造
ビューア
See also Wikipedia:List of molecular graphics systems.
- Avogadro — 3D 分子構造のエディタ・ビューア・シミュレータ (蛋白質構造データバンクからのファイルのダウンロードもサポート)。
- http://avogadro.cc/ || avogadroAUR
- BALLView — スタンドアローンの分子モデリング・視覚化アプリケーション。BALL フレームワークの一部。
- Ghemical — 分子構造を編集・回覧・シミュレートするために使われる計算化学ソフトウェアパッケージ。
- PyMOL — オープンソースの分子視覚化システム。小さな分子や、タンパク質などの生体高分子の高品質な 3D イメージを作成できます。
- VMD — 3D グラフィックと内蔵のスクリプトを使って巨大な生体分子を表示・アニメーション・解析する分子視覚化プログラム。
ドローイング
- BKChem — 実践的な見かけの良い化学構造式の描写プログラム。
- Chemtool — 化学構造式を描写するための GTK プログラム。
- Gabedit — GAMESS, Gaussian, MOLCAS, MOLPRO, MPQC, OpenMopac, Firefly (旧名 PC GAMESS), Q-Chem などの計算化学パッケージのグラフィカルユーザーインターフェース。
モデリング
- APBS — 分子複合系の静電気・溶媒和の性質を解析。
- CP2K — 量子化学と固体物理学のソフトウェアパッケージ。
- https://www.cp2k.org/ || cp2kAUR
- Fpocket — ボロノイ分割に基づく非常に高速なオープンソースの蛋白質ポケット検知アルゴリズム。
- GROMACS (GROningen MAchine for Chemical Simulations) — 分子動力学法を使うための多目的パッケージ。数百から数万原子（分子、粒子）の系の動きのニュートン方程式をシミュレートする。
- AmberTools — 独立して開発されている複数のパッケージと Amber18 から構成されたスイート。完全な分子動力学シミュレーションを実行することができます。顕在水分子あるいは一般化ボルン溶媒モデルを使用。
- NAMD — 巨大な生命分子系の高性能シミュレーションのために作られた並列分子動力学コード。
- ORCA — 非経験的, DFT, 半経験的 SCF-MO パッケージ。
- PDB2PQR — 分子複合系の静電気・溶媒和の性質を解析。
- PMEMD — MBER ソフトウェアパッケージの PMEMD モジュール。
- Quantum ESPRESSO — 電子状態計算とナノスケールの材料モデリングのアプリケーションの統合スイート。密度汎関数理論、平面波、擬ポテンシャル（ノルム保存/ウルトラソフト）に基づく。
- smina — スコアリング・最小化が改善された Autodock Vina のフォーク。
周期表
- eperiodique — EFL を使用するシンプルな周期表ビューア。
- gElemental — 付加情報が含まれている元素周期表。
- Kalzium — 構造式エディタと方程式ソルバーの付いた元素周期表。Part of kde-education.
地球科学
地理学
- BT747 — MTK GPS データロガーの万能ナイフ。
- FoxtrotGPS — 軽量・高速なマッピングアプリケーション。
- Gebabbel — GPSBabel の代替 GUI。
- Geotag — 写真の日付情報と GPS ユニットや地図の情報を一致させます。
- GNOME のシンプルな地図クライアント。gnome-extra に含まれています。 — https://wiki.gnome.org/Apps/Maps
- gnome-maps || パッケージが存在しないか AUR で検索
- GottenGeography — GNOME デスクトップの使いやすい写真ジオタグアプリケーション。
- Gpredict — リアルタイムの人工衛星トラッキング・軌道予測アプリケーション。
- GPSBabel — GPS ウェイポイント・軌跡・ルートを様々なフォーマットで読み書き。
- GPSCorrelate — GPX 形式の GPS データとデジタルカメラの写真を関連付け (ジオタグ)。
- gpsd — シリアルまたは USB でホストコンピュータに接続された GPS や AIS 受信器を監視して、ホストコンピュータの TCP ポート 2947 からセンサーの位置・進路・速度データを利用できるようにするデーモン。
- GpsPrune — GPS システムの位置データを表示・編集・変換。
- GPXSee — GPS ログビューア・アナライザ。
- GPX Viewer — gpx ファイルに保存された軌跡・ウェイポイントを視覚化するシンプルなツール。
- GRASS GIS — 地理空間データ管理と解析・画像処理・地図生成・空間モデリングと視覚化。
- gvSIG — あらゆる種類の地理情報を取得・保存・管理・解析・展開するためのデスクトップアプリケーションと地理情報システム (GIS) in order to solve complex management and planning problems.
- JOSM — Java で書かれた OpenStreetMap エディタ。
- Mapton — Java で書かれた拡張性の高いデスクトップ地図・地球儀アプリケーション。
- https://mapton.org/ || maptonAUR
- Marble — 地球について学習できる仮想地球・世界地図。kde-education に含まれています。
- https://marble.kde.org/ || KDE: marble, Qt: marble-qt
- Merkaartor — OpenStreetMap エディタ。
- Navit — モジュール方式のターンバイターンカーナビゲーションシステム。
- OffRoad — OsmAnd から移植されたオフラインベクター地図表示システム。
- OpenOrienteering Mapper — オリエンテーリング地図制作プログラム。
- QMapShack — 次回の野外旅行を計画しよう。
- QGIS — ベクター・ラスター・データベース形式をサポートする地理情報システム (GIS)。
- Subsurface — ダイブスポット (GPS 座標に基づく) と使用したウエイト・スーツ、ダイブマスターとバディを記録するダイビングログブック。
- Viking — GPS データを管理するための GTK 2 アプリケーション。
気象学
- Gis Weather — カスタマイズ可能な天気予報デスクトップウィジェット。
- GNOME Weather — あなたの住んでいる都市の天気を表示したりインターネットサービスの天気予報にアクセスできる GNOME 用の小さなアプリケーション。
- meteo-qt — 天気情報を表示するシステムトレイアプリケーション。
- wttr — http://wttr.in のデータを使って天気をチェックするシンプルなコンソールアプリケーション。
- Xfce Weather Panel Plugin — Xfce4 パネルの天気予報プラグイン。
- wego-darksky — A fork of the terminal weather app wego with Dark Sky support.
天文学
- Astropy — The Astropy Project is a community effort to develop a common core package for Astronomy in Python and foster an ecosystem of interoperable astronomy packages.
- Celestia — 広大な宇宙を旅することができる 3D 天体シミュレーションプログラム。現実に即してモデリングされ、いかなる時間のいかなる場所も見ることができます。
- GIMP Astronomy Plugins — 天体画像作成用の GIMP プラグインのセット。
- GoQat — オートガイドやフォーカスヘルプなどの機能を持った、特に QSI カメラ用の、カメラキャプチャソフトウェア。
- KStars — 地球上のどの場所でも、どの時刻でも、夜空の正確なグラフィカルシミュレーションができるプラネタリウムアプリケーション。KDE Edu に含まれています。
- Qastrocam-g2 — 天文学のためのウェブカメラキャプチャソフトウェア。
- Skychart / Cartes du Ciel — 星座・惑星などの望遠鏡で見れるほとんどの天体を図示・ラベリングするプラネタリウム。Digitized Sky Survey チャートやチャートのスーパーインポーズ画像のダウンロードもできます。
- StarPlot — 三次元星座ビューア。
- http://starplot.org/ || starplotAUR
- Stellarium — リアルタイムのリアリスティックな空を描くことができる OpenGL を使っている美しい 3D プラネタリウム。
- Where Is M13 — 星団や星雲の位置や物理的な特性を確認できるアプリケーション。
- http://www.thinkastronomy.com/M13/[リンク切れ 2020-03-30] || where-is-m13AUR
- XEphem — Motif-ベースの天体歴・プラネタリウムプログラム。
Biology
- Gramps — Genealogy program, which helps you track your family tree.
Computational biology and bioinformatics
See also Wikipedia:List of open source bioinformatics software.
- BALL (Biochemical Algorithms Library) — Application framework in C++ that provides an extensive set of data structures as well as classes for molecular mechanics, advanced solvation methods, comparison and analysis of protein structures, file import/export, and visualization.
- BioJava — Set of Java tools for computational biology, as well as bioinformatics.
- https://biojava.org/ || biojavaAUR
- Biopython — Python package with tools for computational biology, as well as bioinformatics.
- EMBOSS (European Molecular Biology Open Software Suite) — Open source software analysis package specially developed for the needs of the molecular biology and bioinformatics user community.
- MUMmer — Bioinformatics software system for sequence alignment based on suffix trees.
- Snapgene — Closed source molecular cloning application that offers a fast and easy way to plan, visualize, and document molecular biology procedures. Supports a wide range of cloning and PCR manipulations. The free version allows most common visualizations of a molecular biology workflow.
- UGENE — Application that integrates dozens of well-known biological tools and algorithms, providing both graphical user and command-line interfaces.
- http://ugene.net/ || ugene-binAUR
Image manipulation
- ImageJ — Java-based image processing and analysing program that provides extensibility via plugins and macros. It is widely used in microscopy (e.g. for cell counting).
- Fiji — ImageJ distribution (and soon ImageJ2) with a lot of plugins organized into a coherent menu structure.
- http://fiji.sc || fiji-binAUR
DICOM viewers and volume rendering
- aeskulap — Simple DICOM data viewer
- weasis — Multipurpose DICOM viewer with a highly modular architecture
- aliza — Open 2D, 3D and 4D images in DICOM, MetaIO, Nifti, Nrrd and other formats, meshes in DICOM, VTK, STL and OBJ formats
- Ginkgo CADx — Advanced DICOM viewer and dicomizer. Continuation of the now abandoned free version developed by MetaEmotion
- 3DSlicer — Comprehensive MRI, CT, LSCM microscopy volume processing, segmentation and 3D-reconstruction
Engineering
Computer-aided design
See also Wikipedia:List of computer-aided design editors.
- BRL-CAD — Constructive solid geometry modeling CAD system that includes an interactive geometry editor, ray tracing support for graphics rendering and geometric analysis, computer network distributed framebuffer support, scripting, image-processing and signal-processing tools.
- https://brlcad.org/ || brlcadAUR
- FreeCAD — Parametric 3D CAD modeler based on OpenCascade, Coin3D, Qt, and Python with features such as macro recording, workbenches and the ability to run as a server.
- LeoCAD — CAD program for creating virtual LEGO models. It has an easy to use interface and currently includes over 10,000 different pieces created by the LDraw community.
- LibreCAD — A 2D CAD application based on Qt5. Forked from QCAD Community Edition.
- OpenSCAD — A 3D CAD modeler that uses a textual, programmatic approach to creating and manipulating objects.
- QCAD — A 2D CAD application based on Qt. Supports the DFX and HPGL standard file formats, and optionally the DWG format through a proprietary plugin.
Electronics
See also Wikipedia:Comparison of EDA software.
Digital logic
Digital logic software are mainly simple educational tools that intended for only designing and simulating logic circuits.
- Digital — Interactive simulator similiar to the discontinued Logisim. Features Karnaugh maps, logic tables, FSM editor, VHDL export and more, written in Java.
- glogic — An educational graphical logic circuit simulator, written in Python.
- GTKWave — Fully featured GTK-based wave viewer which reads LXT, LXT2, VZT, FST, and GHW files as well as standard Verilog VCD/EVCD files and allows their viewing.
- Logisim — Educational digital logic design and simulation software, written in Java, officially its development has stopped.
- Logisim Evolution — Project which continue the development of the original Logisim with new features, written in Java.
- PulseView — Logic analyzer, oscilloscope and MSO GUI.
- SmartSim — Simple and beautiful digital logic circuit design and simulation software, mainly target teachers and students, very lightweight and cross platform, GPL licensed, written in Vala.
- WaveDrom editor — Timing diagram rendering in real-time from simple textual description. Can also be edited and embedded in the browser.
HDL
Also see Wikipedia:Hardware description language.
- Altera Design Software — A set of design tools for Altera's FPGA chips that includes Quartus II and ModelSim-Altera.
- Lattice Diamond — A set of design tools for Lattice's FPGA chips.
- Microsemi Libero — Development tools for designing with Microsemi's PolarFire, IGLOO2, SmartFusion2, RTG4, SmartFusion, IGLOO, ProASIC3 and Fusion families.
- https://www.microsemi.com/product-directory/design-resources/1750-libero-soc#overview || see Microsemi Libero
- Xilinx ISE WebPACK — FPGA programmable logic design suit.
- https://www.xilinx.com/products/design-tools/ise-design-suite/ise-webpack.html || see Xilinx ISE WebPACK
- GHDL — Free and Open Source VHDL 2008/93/87 analyzer, compiler and simulator.
MCU IDE and programmers
- Arduino — Arduino prototyping platform SDK.
- avrcalc — Calculator to speed development of Atmel AVRs.
- AVRDUDE — Download/upload/manipulate the ROM and EEPROM contents of AVR microcontrollers.
- SPIPGM — Tool for programming serial SPI FlashROM memories attached to PC via parallel port cable.
Electronic circuit simulation and schematic capture editing
- easy_spice — Electronic circuit simulator. SPICE frontend, using gschem for schematics and ngspice as simulator.
- eispice — clone of the Berkley SPICE 3 Simulation Engine. It was originally targeted toward PCB level Signal Integrity Simulation; simulating IBIS model defined devices, transmission lines, and passive termination but the scope of the tool has been slowly expanding to include more general purpose circuit simulation features. Python interface.
- https://charleseidsness.github.io/eispice/ https://github.com/charleseidsness/eispice || python2-eispice-gitAUR
- gnucap — GNU circuit simulator.
- http://gnucap.org || gnucapAUR
- gspiceui — GUI to various freely available Spice electronic ciruit simulators.
- Oregano — Graphical software application for schematic capture and simulation of electrical circuits. The actual simulation is done by the ngspice or Gnucap engines.
- ngspice — The established Linux circuit simulator. Open source successor of the spice3f5 code. Has the most versatile user interface; supporting scripting within the circuit descriptions, use through an interpreter, as a C library, through tcl or various external wrappers (e.g., Python).
- Qucs — Electronics circuit simulator application that gives you the ability to set up a circuit with a graphical user interface and simulate its large-signal, small-signal and noise behaviour.
- qucs-s — Electronics circuit simulator that gives you the ability to set up a circuit with a GUI and simulate it. Fork of qucs that uses external, better, programs to do actual simulation.
- Xyce — SANDIA Xyce is an open source, SPICE-compatible, high-performance analog circuit simulator, capable of solving extremely large circuit problems by supporting large-scale parallel computing platforms.
Electronic design and schematic capture editing
- asco — SPICE Circuit Optimizer.
- Fritzing — Easy to use program to draw good-looking circuit diagrams, and also create schematics and PCBs.
- gEDA — Full suite and toolkit of Electronic Design Automation tools that are used for electrical circuit design, schematic capture, simulation, prototyping, and production.
- gEDA PCB — Interactive printed circuit board editor.
- KiCad — Software suite for electronic design automation (EDA) that facilitates the design of schematics for electronic circuits and their conversion to PCB (printed circuit board).
- QElectroTech — Application used to draw advanced electrical circuits.
Telecommunication
- GNU Radio — Software development toolkit that provides signal processing blocks to implement software radios.
- Gqrx — Software defined radio receiver implemented using GNU Radio and the Qt GUI toolkit.
- Pothos — The Pothos project is a complete data-flow framework for creating topologies of interconnected processing blocks.
- SDR# — The most popular SDR program.
- https://airspy.com/ || sdrsharpAUR
- SigDigger — Qt-based digital signal analyzer, using Suscan core and Sigutils DSP library.
Amateur radio
See the main article: Amateur radio#Software list.
See also Wikipedia:List of software-defined radios.
Simulation modeling
- Flight Gear — Open-source, multi-platform atmospheric and orbital flight simulator with a flight dynamics engine (JSBSim) that is part of a 2015 NASA benchmark to judge new simulation code to space industry standards.
- gephi — Gephi is an open-source network analysis and visualization software package written in Java.
- golly — Golly is an open source, cross-platform application for exploring Conway's Game of Life and many other types of cellular automata.
- Netlogo — NetLogo is a multi-agent programmable modeling environment.
- AnyLogic — AnyLogic is a cross-platform proprietary multimethod simulation modeling tool, which is also available for personal use.
Computer science
Artificial intelligence
See also Wikipedia:Comparison of deep learning software.
- Fast Artificial Neural Network — Library for developing feedforward Artificial Neural Networks.
- Mycroft — Intelligent personal assistant and knowledge navigator with speech recognition.
- Orange — Data visualization, machine learning and data mining toolkit, accessible via visual programming and Python.
- Torch — Machine learning library, scientific computing framework, and script language based on LuaJIT.
- http://torch.ch/ || torch7-gitAUR
- X Neural Switcher — Automatic (intelligent) keyboard layout adaption.
- https://xneur.ru/ || xneur-devel-gitAUR, gxneurAUR
- Tensorflow — An end-to-end open source machine learning platform.
- https://www.tensorflow.org/ || python-tensorflow, with non x86-64 CPU optimization python-tensorflow-opt, with CUDA python-tensorflow-cuda, with CUDA and with non x86-64 CPU optimizations python-tensorflow-opt-cuda
- PyTorch — An open source machine learning framework that accelerates the path from research prototyping to production deployment.
- https://pytorch.org/ || python-pytorch, with non x86-64 CPU optimization python-pytorch-opt, with CUDA python-pytorch-cuda, with CUDA and with non x86-64 CPU optimizations python-pytorch-opt-cuda
- Theano — Theano is a Python library that allows you to define, optimize, and evaluate mathematical expressions involving multi-dimensional arrays efficiently.