アプリケーション一覧/サイエンス

サイエンス

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科学論文

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数学

電卓

• bc — 任意精度計算言語。

https://www.gnu.org/software/bc/ || bc

• calc — 任意精度計算コンソール。

http://www.isthe.com/chongo/tech/comp/calc/ || calc

• Extcalc — Qt ベースの科学用グラフィカル計算器。

http://extcalc-linux.sourceforge.net/ || extcalc^AUR

• galculator — GTK+ ベースの科学用電卓。

http://galculator.sourceforge.net/ || GTK+ 3: galculator, GTK+ 2: galculator-gtk2

• GNOME Calculator — GNOME デスクトップの科学電卓 (GTK3 バージョン)。

http://www.gnome.org || gnome-calculator

• KAlgebra — KDE EDU に含まれる計算器と 3D プロッタ。

https://www.kde.org/applications/education/kalgebra/ || kalgebra

• KCalc — KDE デスクトップの科学電卓。

http://kde.org/applications/utilities/kcalc/ || kcalc

• MATE Calc — MATE デスクトップ環境の計算機。

https://mate-desktop.org/ || mate-calc

• Qalculate — 電卓・方程式ソルバ。フォールトトレラントなパース、定数認識とユニット。

http://qalculate.github.io/ || qalculate-gtk

• SpeedCrunch — 高速高精度でパワフルなクロスプラットフォームの計算器。

http://speedcrunch.org || speedcrunch

• xcalc — 代数・逆ポーランド表記法モードを備えた X 用科学電卓。

http://xorg.freedesktop.org/ || xorg-xcalc

数式処理システム

• AXIOM — FriCAS: 強力な AXIOM-CAS の派生システム。

http://fricas.sourceforge.net || fricas^AUR

• GAP — 群論計算に重点を置いた分散計算のための数式処理システム。

http://www.gap-system.org || gap

• Maple — 有名な商用 CAS。主として教育で使われています。

http://www.maplesoft.com/products/maple/ || パッケージが存在しないか AUR で検索

• Mathics — 記号数学計算用のフリーな CAS。主要な言語として Python を使用。Mathematica 互換の構文と機能を備えることを目指しています。ほとんどの処理は Sympy を使っており、より高度な機能を Sage で補っています。

http://www.mathics.org/ || mathics^AUR

• Mathomatic — C で書かれた多目的の数式処理システム。

http://www.mathomatic.org/math/ || mathomatic

• Maxima — wxWidgets ベースのフロントエンドを持った Maple/Mathematica-ライクなプログラム。

http://maxima.sourceforge.net/ || maxima wxmaxima

• PARI/GP — 整数論の高速計算のために作られた数式処理システム。

http://pari.math.u-bordeaux.fr/ || pari

• Xcas — フリーの、基礎的な数式処理システムである、Giac のユーザーインターフェース。

http://www-fourier.ujf-grenoble.fr/~parisse/giac.html || xcas

科学技術計算

• EngLab — C ライクな構文を持ったクロスコンパイル数学プラットフォーム。

http://englab.bugfest.net || englab^AUR

• FreeMat — Matlab-ライクなプログラム。(MPI による) 分散環境による並列計算の開発のサポート、C や C++、Fortran などのコードがいらないインターフェース、3D グラフィック機能など。

http://freemat.sourceforge.net/ || freemat^AUR

• GNU Radio — ソフトウェア無線を実装するための信号処理ブロックを提供するソフトウェア開発ツールキット。

http://gnuradio.org/redmine/projects/gnuradio/wiki || gnuradio

• matplotlib (PyLab) — 科学計算用の Python モジュール (pyplot や numpy など) のコレクション。

http://www.scipy.org/ || python-matplotlib

• Octave — 数値計算のための Matlab-ライクなプログラミング言語・インターフェース。

https://www.gnu.org/software/octave/ || octave

• Sage-mathematics — Python で書かれた Maxima に似た数式処理システム。Magma, Maple, Mathematica, Matlab の代替。

http://www.sagemath.org || sagemath

• Scilab — 数値計算に使われる Matlab 代替、構文は Matlab とは異なりますが、簡単に変換できます。

http://www.scilab.org/ || scilab^AUR

統計学

• JAGS (Just another Gibbs sampler) — マルコフ連鎖モンテカルロ法 (MCMC) を使う階層ベイズモデルの分析のためのクロスプラットフォームプログラム。

http://mcmc-jags.sourceforge.net/ || jags^AUR

• PSPP — フリーの SPSS 実装。

https://www.gnu.org/software/pspp/ || pspp^AUR

• R — 統計計算とグラフのソフトウェア環境。

http://cran.r-project.org/ || r

• RKWard — 統計解析向けプログラミング言語 R のフロントエンド。

http://rkward.sourceforge.net/ || rkward^AUR

• Python Data Analysis Library (pandas) — Python プログラミング言語による、高性能かつ使いやすい、データ解析ツール。

http://pandas.pydata.org/ || python2-pandas^{[リンク切れ: アーカイブ: aur-mirror]} python-pandas

• RStudio — Qt で書かれた R の強力で生産的な IDE。

http://www.rstudio.com/ || rstudio-desktop-bin^AUR

データ評価

• Fityk — 曲線あてはめ・データ解析アプリケーション。釣鐘型関数を実験データに当てるのによく使われます。

http://fityk.nieto.pl/ || fityk^AUR

• Gnuplot — 関数・データの 2D / 3D プロットを生成するコマンドラインプログラム。

http://www.gnuplot.info/ || gnuplot

• Grace — WYSIWYG 2D グラフプロットツール。

http://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/ || grace^AUR qtgrace^AUR gracegtk^AUR

• LabPlot — SciDAVis に似たフリーのデータ解析・視覚化アプリケーション。

https://labplot.kde.org/ || labplot-kf5^{AUR[リンク切れ: パッケージが存在しません]}

• QtiPlot — プロプライエタリの Origin や SigmaPlot に似ている、科学用グラフ作成・データ分析に使うプラットフォーム非依存のアプリケーション。

http://www.qtiplot.com/ || qtiplot^{[リンク切れ: パッケージが存在しません]}

• ROOT — CERN によって開発されている（元は素粒子物理学用の）データ解析プログラム・ライブラリ。

http://root.cern.ch/drupal/ || root

• SciDAVis — QtiPlot のフォーク。豊富なドキュメント・ユーザーフレンドリーを目指している。

http://scidavis.sourceforge.net/ || scidavis^AUR

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化学・生物学

計算生物学とバイオインフォマティクス

• BALL (Biochemical Algorithms Library) — 分子力学法や高度な溶媒和メソッド、蛋白質構造の比較・分析のクラス、さらにデータ構造の広大なセットを提供する C++ のアプリケーションフレームワーク。ファイルのインポート・エクスポートやビジュアライゼーションも可能。

http://www.ball-project.org/ || ball^AUR

• BioJava — 計算生物学や生物情報科学で使う Java ツールのセット。

http://biojava.org || biojava^AUR

• Biopython — 計算生物学や生物情報科学で使う Python パッケージとツール。

http://biopython.org/wiki/Biopython || python-biopython python2-biopython

• EMBOSS (European Molecular Biology Open Software Suite) — 分子生物学やバイオインフォマティクスのコミュニティのために開発されたオープンソースの分析ソフトウェアパッケージ。

http://emboss.sourceforge.net/ || emboss^AUR

• MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) — 自動・手動の配列アライメントや系統樹の推論、ウェブデータベースの探索、分子進化の変異率の推定、祖先配列の推論、進化仮説のテストを処理するための統合ツール。

http://www.megasoftware.net/ || mega^{AUR[リンク切れ: アーカイブ: aur-mirror]}

• MUMmer — 接尾辞木を使った配列アライメント用のバイオインフォマティクスソフトウェアシステム。

http://mummer.sourceforge.net/ || mummer^AUR

• UGENE — よく使われている生物学ツールやアルゴリズムを統合したアプリケーション。グラフィカルユーザーインターフェースとコマンドラインを提供。

http://ugene.unipro.ru/ || ugene^{AUR[リンク切れ: パッケージが存在しません]}

分子構造

ビューア

• Avogadro — 3D 分子構造のエディタ・ビューア・シミュレータ (蛋白質構造データバンクからのファイルのダウンロードもサポート)。

http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page || avogadro^AUR

• BALLView — スタンドアローンの分子モデリング・視覚化アプリケーション。BALL フレームワークの一部。

http://www.ballview.org/ || ball^AUR

• Ghemical — 分子構造を編集・回覧・シミュレートするために使われる計算化学ソフトウェアパッケージ。

http://bioinformatics.org/ghemical/ghemical/index.html || ghemical^AUR

• PyMOL — オープンソースの分子視覚化システム。小さな分子や、タンパク質などの生体高分子の高品質な 3D イメージを作成できます。

http://pymol.org/ || pymol

ドローイング

• BKChem — 実践的な見かけの良い化学構造式の描写プログラム。

http://bkchem.zirael.org/ || bkchem^AUR

• Chemtool — 化学構造式を描写するための GTK+ プログラム。

http://ruby.chemie.uni-freiburg.de/~martin/chemtool/chemtool.html || chemtool

• EasyChem — プレス品質の画像を作成することにフォーカスをおいたシンプルな化学構造式描写プログラム。

http://easychem.sourceforge.net/ || easychem^{AUR[リンク切れ: アーカイブ: aur-mirror]}

• Gabedit — GAMESS, Gaussian, MOLCAS, MOLPRO, MPQC, OpenMopac, Firefly (旧名 PC GAMESS), Q-Chem などの計算化学パッケージのグラフィカルユーザーインターフェース。

http://gabedit.sourceforge.net/ || gabedit^AUR

モデリング

• GROMACS (GROningen MAchine for Chemical Simulations) — 分子動力学法を使うための多目的パッケージ。数百から数万原子（分子、粒子）の系の動きのニュートン方程式をシミュレートする。

http://www.gromacs.org || gromacs^AUR

• Quantum ESPRESSO — 電子状態計算とナノスケールの材料モデリングのアプリケーションの統合スイート。密度汎関数理論、平面波、擬ポテンシャル（ノルム保存とウルトラソフト）に基づく。

http://www.quantum-espresso.org/ || quantum-espresso^AUR

周期表

• eperiodique — EFL を使用するシンプルな周期表ビューア。

http://eperiodique.sourceforge.net/ || eperiodique^AUR

• gElemental — 付加情報が含まれている元素周期表。

http://freshmeat.net/projects/gelemental || gelemental^AUR

• Kalzium — KDE デスクトップの、構造式エディタと方程式ソルバーの付いた元素周期表。

http://edu.kde.org/kalzium/ || kalzium

生化学

• Bioclipse — Eclipse Rich Client Platform (RCP) を使っている Java ベースの生化学用ビジュアルプラットフォーム。

http://www.bioclipse.net/ || not packaged? AUR で検索

画像処理

• ImageJ — プラグインやマクロによる拡張ができる Java ベースのイメージプロセシング・分析プログラム。顕微鏡検査で広く使われています (例: 細胞を数える)。

http://rsb.info.nih.gov/ij || imagej^AUR

• Fiji — 多くのプラグインがまとめられた ImageJ ディストリビューション (と ImageJ2)。

http://fiji.sc || fiji-binary^AUR

天文学

• Celestia — 広大な宇宙を旅することができる 3D 天体シミュレーションプログラム。現実に即してモデリングされ、いかなる時間のいかなる場所も見ることができます。

http://www.shatters.net/celestia/ || celestia

• GIMP Astronomy Plugins — 天体画像作成用の GIMP プラグインのセット。

http://hennigbuam.de/georg/gimp.html || gimp-plugin-astronomy^AUR

• GoQat — オートガイドやフォーカスヘルプなどの機能を持った、特に QSI カメラ用の、カメラキャプチャソフトウェア。

http://canburytech.net/GoQat/ || goqat^AUR

• KStars — 地球上のどの場所でも、どの時刻でも、夜空の正確なグラフィカルシミュレーションができるプラネタリウムアプリケーション。KDE Edu に含まれています。

http://edu.kde.org/kstars/ || kstars

• Qastrocam-g2 — 天文学のためのウェブカメラキャプチャソフトウェア。

https://sourceforge.net/projects/qastrocam-g2/ || qastrocam-g2^AUR

• Skychart / Cartes du Ciel — 星座・惑星などの望遠鏡で見れるほとんどの天体を図示・ラベリングするプラネタリウム。Digitized Sky Survey チャートやチャートのスーパーインポーズ画像のダウンロードもできます。

http://www.ap-i.net/skychart/start/ || skychart^AUR

• StarPlot — 三次元星座ビューア。

http://starplot.org/ || starplot^AUR

• Stellarium — リアルタイムのリアリスティックな空を描くことができる OpenGL を使っている美しい 3D プラネタリウム。

http://www.stellarium.org/ || stellarium

• Where Is M13 — 星団や星雲の位置や物理的な特性を確認できるアプリケーション。

http://www.thinkastronomy.com/M13/ || where-is-m13^AUR

• XEphem — Motif-ベースの天体歴・プラネタリウムプログラム。

http://www.clearskyinstitute.com/xephem/xephem.html || xephem^AUR

物理学

電子工学

デジタル論理

デジタル論理ソフトウェアは主として、論理回路を設計・シミュレートするためのシンプルな教育ツールとして使われます。

• glogic — 教育用のグラフィカルな論理回路シミュレータ。

https://launchpad.net/glogic || glogic^AUR

• Logisim — 教育用の電子回路設計・シミュレーションプログラム。Java で書かれています。開発は停止中。

https://sourceforge.net/projects/circuit/ || logisim^AUR

• Logisim Evolution — オリジナルの Logisim に新しい機能を開発するプロジェクト。Java で書かれています。

https://github.com/reds-heig/logisim-evolution || logisim-evolution-git^AUR

• SmartSim — シンプルで綺麗な電子論理回路設計・シミュレーションソフトウェア。教師と生徒を対象としており、軽量でクロスプラットフォーム、GPL でライセンスされています。Vala で書かれています。

http://smartsim.org.uk || smartsim-git^AUR

HDL

• Altera Design Software — Quartus II と ModelSim-Altera を含む Altera の FPGA チップの設計ツール。

http://www.altera.com/products/software/sfw-index.jsp || Altera Design Software を参照

• Xilinx ISE WebPACK — FPGA プログラマブルロジックデザインスイート。

http://www.xilinx.com/products/design-tools/ise-design-suite/ise-webpack.html || Xilinx ISE WebPACK を参照

MCU IDE

• Arduino — Arduino プロトタイピングプラットフォーム SDK。

http://arduino.cc/en/Main/Software || arduino

回路図エディタ

• gEDA — 電子回路の設計や、回路図入力、シミュレーション、プロトタイピング、生産につかわれる電子設計自動化ツールのフルスイートとツールキット。

http://www.geda-project.org/ || geda-gaf

• KiCAD — 電子回路の結線図の設計やプリント基板 (PCB) への実装を容易にする電子設計自動化のソフトウェアスイート。

http://www.kicad-pcb.org/display/KICAD/KiCad+EDA+Software+Suite || kicad

• Oregano — 回路図入力や電子回路のシミュレーションに使うグラフィカルソフトウェアアプリケーション。シミュレーションは ngspice か Gnucap エンジンによって行われます。

https://github.com/marc-lorber/oregano || oregano^AUR

• QElectroTech — 高度な電子回路を設計するために使われるアプリケーション。

http://qelectrotech.org/ || qelectrotech^AUR

• Qucs — 電子回路シミュレーションアプリケーション。グラフィカルユーザーインターフェースによる回路の設計と、大信号・小信号・ノイズの挙動をシミュレートができます。

http://qucs.sourceforge.net/ || qucs^AUR

物理シミュレーション

• Code_Aster — 土木工学や構造力学における有限要素解析や数値シミュレーションのためのソフトウェアパッケージ。

http://www.code-aster.org/V2/spip.php?rubrique2 || aster^AUR

• EPANET — 配水管網における水の移動と水質に関する長期シミュレーションを行います。

http://www.epa.gov/ || epanet2-git^AUR

• Step — KDE デスクトップに KDE Edu の一部として含まれている二次元の物理シミュレーション。

http://edu.kde.org/step/ || step

• SWMM — 動学的な降雨表面流出シミュレーションモデル。地表・地下の水文学的な量と質のシミュレーションに使われます。

http://www.epa.gov/ || swmm5-git^AUR

単位変換

• ConvertAll — 意味がないものでも様々に単位を組み合わせられる (e.g. inches per decade) 単位変換アプリケーション。

http://convertall.bellz.org/ || convertall^AUR

• Gonvert — 長さ、量、数など多くのカテゴリで CGS・帝国単位・古代単位など多くの単位系間で変換できる変換ユーティリティ。

http://www.unihedron.com/projects/gonvert/ || gonvert^AUR

• Units — コマンドライン単位コンバーター・電卓。倍数的なスケール変化、ノンリニアな変換ができる。華氏を摂氏やゲージに変換する等。

https://www.gnu.org/s/units/ || units

地理

• GNOME Maps — GNOME のシンプルな地図クライアント。gnome-extra に含まれています。

https://wiki.gnome.org/Apps/Maps || gnome-maps

• JOSM — Java で書かれた OpenStreetMap エディタ。

http://josm.openstreetmap.de/ || josm

• Marble — 地球について学習できる仮想地球・世界地図。kdeedu に含まれています。

https://www.kde.org/applications/education/marble || marble

• Merkaartor — OpenStreetMap エディタ。

http://merkaartor.be/ || merkaartor

• Viking — GPS データを管理するための GTK+2 アプリケーション。

http://viking.sourceforge.net/ || viking