アプリケーション一覧/サイエンス

サイエンス

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科学論文

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数学

電卓

• bc — 任意精度計算言語。

http://www.gnu.org/software/bc/ || bc

• calc — 任意精度計算コンソール。

http://www.isthe.com/chongo/tech/comp/calc/ || calc

• Extcalc — Qt ベースの科学用グラフィカル計算器。

http://extcalc-linux.sourceforge.net/ || extcalc^AUR

• galculator — GTK+ ベースの科学用電卓。

http://galculator.sourceforge.net/ || galculator galculator-gtk2

• GCalctool — GNOME デスクトップの科学電卓 (GTK2 バージョン)。

http://www.gnome.org || gcalctool-oldgui^AUR

• GNOME Calculator — GNOME デスクトップの科学電卓 (GTK3 バージョン)。

http://www.gnome.org || gnome-calculator

• KAlgebra — KDE EDU に含まれる計算器と 3D プロッタ。

http://www.kde.org/applications/education/kalgebra/ || kalgebra

• KCalc — KDE デスクトップの科学電卓。

http://kde.org/applications/utilities/kcalc/ || kcalc

• Qalculate — 電卓・方程式ソルバ。フォールトトレラントなパース、定数認識とユニット。

http://qalculate.sourceforge.net/ || libqalculate

• SpeedCrunch — 高速高精度でパワフルなクロスプラットフォームの計算器。

http://speedcrunch.org || speedcrunch

• xcalc — 代数・逆ポーランド表記法モードを備えた X 用科学電卓。

http://xorg.freedesktop.org/ || xorg-xcalc

数式処理システム

• AXIOM — FriCAS: 強力な AXIOM-CAS の派生システム。

http://fricas.sourceforge.net || fricas^AUR

• Fermat — 長整数・小数、複数の変数を含む多項式、記号計算、多項式環の行列、グラフ、その他多くの計算ができる数式処理システム。

http://home.bway.net/lewis/ || fermat^AUR

• GAP — 群論計算に重点を置いた分散計算のための数式処理システム。

http://www.gap-system.org || gap

• Maple — 有名な商用 CAS。主として教育で使われています。

http://www.maplesoft.com/products/maple/ || not packaged? AUR で検索

• Mathics — 記号数学計算用のフリーな CAS。主要な言語として Python を使用。Mathematica 互換の構文と機能を備えることを目指しています。ほとんどの処理は Sympy を使っており、より高度な機能を Sage で補っています。

http://www.mathics.org/ || mathics^AUR

• Mathomatic — C で書かれた多目的の数式処理システム。

http://www.mathomatic.org/math/ || mathomatic

• Maxima — wxWidgets ベースのフロントエンドを持った Maple/Mathematica-ライクなプログラム。

http://maxima.sourceforge.net/ || maxima wxmaxima

• PARI/GP — 整数論の高速計算のために作られた数式処理システム。

http://pari.math.u-bordeaux.fr/ || pari

• Xcas — フリーの、基礎的な数式処理システムである、Giac のユーザーインターフェース。

http://www-fourier.ujf-grenoble.fr/~parisse/giac.html || xcas^AUR

科学技術計算

• EngLab — C ライクな構文を持ったクロスコンパイル数学プラットフォーム。

http://englab.bugfest.net || englab^AUR

• Euler — 微積分学や数学的最適化、Maxima を使った記号計算の統計などの高度な数学用に作られた数学アプリケーション。

http://euler.sourceforge.net || euler^AUR

• FreeMat — Matlab-ライクなプログラム。(MPI による) 分散環境による並列計算の開発のサポート、C や C++、Fortran などのコードがいらないインターフェース、3D グラフィック機能など。

http://freemat.sourceforge.net/ || freemat

• GNU Radio — ソフトウェア無線を実装するための信号処理ブロックを提供するソフトウェア開発ツールキット。

http://gnuradio.org/redmine/projects/gnuradio/wiki || gnuradio

• Octave — 数値計算のための Matlab-ライクなプログラミング言語・インターフェース。

http://www.gnu.org/software/octave/ || octave

• PyLab — 科学計算用の Python モジュール (pyplot, numpy, etc) のコレクション。

http://www.scipy.org/PyLab || python2-matplotlib

• Sage-mathematics — Python で書かれた Maxima に似た数式処理システム。Magma, Maple, Mathematica, Matlab の代替。

http://www.sagemath.org || sagemath

• Scilab — 数値計算に使われる Matlab 代替、構文は Matlab とは異なりますが、簡単に変換できます。

http://www.scilab.org/ || scilab^AUR

統計学

• JAGS (Just another Gibbs sampler) — マルコフ連鎖モンテカルロ法 (MCMC) を使う階層ベイズモデルの分析のためのクロスプラットフォームプログラム。

http://mcmc-jags.sourceforge.net/ || jags^AUR

• PSPP — フリーの SPSS 実装。

http://www.gnu.org/software/pspp/ || pspp^AUR

• R — 統計計算とグラフのソフトウェア環境。

http://cran.r-project.org/ || r

• RKWard — 統計解析向けプログラミング言語 R のフロントエンド。

http://rkward.sourceforge.net/ || rkward^AUR

• Python Data Analysis Library (pandas) — Python プログラミング言語による、高性能かつ使いやすい、データ解析ツール。

http://pandas.pydata.org/ || python2-pandas-git^AUR

• RStudio — Qt で書かれた R の強力で生産的な IDE。

http://www.rstudio.com/ || rstudio-desktop-bin^AUR

データ評価

• Extrema — ビジュアライゼーション・データ解析ツール。

http://sourceforge.net/projects/extrema || extrema^AUR

• Fityk — 曲線あてはめ・データ解析アプリケーション。釣鐘型関数を実験データに当てるのによく使われます。

http://fityk.nieto.pl/ || fityk^AUR

• Gnuplot — 関数・データの 2D / 3D プロットを生成するコマンドラインプログラム。

http://www.gnuplot.info/ || gnuplot

• Grace — WYSIWYG 2D グラフプロットツール。

http://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/ || grace qtgrace^AUR gracegtk^AUR

• LabPlot — SciDAVis に似たフリーのデータ解析・視覚化アプリケーション。

http://labplot.sourceforge.net/ || labplot2^AUR

• QtiPlot — プロプライエタリの Origin や SigmaPlot に似ている、科学用グラフ作成・データ分析に使うプラットフォーム非依存のアプリケーション。

http://www.qtiplot.com/ || qtiplot

• ROOT — CERN によって開発されている（元は素粒子物理学用の）データ解析プログラム・ライブラリ。

http://root.cern.ch/drupal/ || root^AUR

• SciDAVis — QtiPlot のフォーク。豊富なドキュメント・ユーザーフレンドリーを目指している。

http://scidavis.sourceforge.net/ || scidavis^AUR

アプリケーション一覧#スプレッドシート も見て下さい

化学・生物学

計算生物学とバイオインフォマティクス

• BALL (Biochemical Algorithms Library) — 分子力学法や高度な溶媒和メソッド、蛋白質構造の比較・分析のクラス、さらにデータ構造の広大なセットを提供する C++ のアプリケーションフレームワーク。ファイルのインポート・エクスポートやビジュアライゼーションも可能。

http://www.ball-project.org/ || ball^AUR

• BioJava — 計算生物学や生物情報科学で使う Java ツールのセット。

http://biojava.org/wiki/Main_Page || biojava^AUR

• Biopython — 計算生物学や生物情報科学で使う Python パッケージとツール。

http://biopython.org/wiki/Biopython || python-biopython python2-biopython

• EMBOSS (European Molecular Biology Open Software Suite) — 分子生物学やバイオインフォマティクスのコミュニティのために開発されたオープンソースの分析ソフトウェアパッケージ。

http://emboss.sourceforge.net/ || emboss^AUR

• MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) — 自動・手動の配列アライメントや系統樹の推論、ウェブデータベースの探索、分子進化の変異率の推定、祖先配列の推論、進化仮説のテストを処理するための統合ツール。

http://www.megasoftware.net/ || mega^AUR

• MUMmer — 接尾辞木を使った配列アライメント用のバイオインフォマティクスソフトウェアシステム。

http://mummer.sourceforge.net/ || mummer^AUR

• UGENE — よく使われている生物学ツールやアルゴリズムを統合したアプリケーション。グラフィカルユーザーインターフェースとコマンドラインを提供。

http://ugene.unipro.ru/ || ugene^AUR

分子構造

ビューア

• Avogadro — 3D 分子構造のエディタ・ビューア・シミュレータ (蛋白質構造データバンクからのファイルのダウンロードもサポート)。

http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page || avogadro

• BALLView — スタンドアローンの分子モデリング・視覚化アプリケーション。BALL フレームワークの一部。

http://www.ballview.org/ || ball^AUR

• Ghemical — 分子構造を編集・回覧・シミュレートするために使われる計算化学ソフトウェアパッケージ。

http://bioinformatics.org/ghemical/ghemical/index.html || ghemical^AUR

• PyMOL — オープンソースの分子視覚化システム。小さな分子や、タンパク質などの生体高分子の高品質な 3D イメージを作成できます。

http://pymol.org/ || pymol

• RasMol — 生物学の高分子構造の描写・研究に使われることを意識して書かれた分子グラフィック視覚化プログラム。

http://www.rasmol.org/ || rasmol^AUR

ドローイング

• BKChem — 実践的な見かけの良い化学構造式の描写プログラム。

http://bkchem.zirael.org/ || bkchem^AUR

• Chemtool — 化学構造式を描写するための GTK+ プログラム。

http://ruby.chemie.uni-freiburg.de/~martin/chemtool/chemtool.html || chemtool

• EasyChem — プレス品質の画像を作成することにフォーカスをおいたシンプルな化学構造式描写プログラム。

http://easychem.sourceforge.net/ || easychem^AUR

• Gabedit — GAMESS, Gaussian, MOLCAS, MOLPRO, MPQC, OpenMopac, Firefly (旧名 PC GAMESS), Q-Chem などの計算化学パッケージのグラフィカルユーザーインターフェース。

http://gabedit.sourceforge.net/ || gabedit^AUR

• XDrawChem — 拡張骨格分子式描写プログラム (分光予想を含む)。

http://xdrawchem.sourceforge.net/ || xdrawchem^AUR

モデリング

• GROMACS (GROningen MAchine for Chemical Simulations) — 分子動力学法を使うための多目的パッケージ。数百から数万原子（分子、粒子）の系の動きのニュートン方程式をシミュレートする。

http://www.gromacs.org || gromacs^AUR

• Quantum ESPRESSO — 電子状態計算とナノスケールの材料モデリングのアプリケーションの統合スイート。密度汎関数理論、平面波、擬ポテンシャル（ノルム保存とウルトラソフト）に基づく。

http://www.quantum-espresso.org/ || quantum-espresso^AUR

周期表

• gElemental — 付加情報が含まれている元素周期表。

http://freshmeat.net/projects/gelemental || gelemental^AUR

• Kalzium — KDE デスクトップの、構造式エディタと方程式ソルバーの付いた元素周期表。

http://edu.kde.org/kalzium/ || kdeedu-kalzium

• eperiodique — EFL を使用するシンプルな周期表ビューア。

http://eperiodique.sourceforge.net/ || eperiodique^AUR

生化学

• Bioclipse — Eclipse Rich Client Platform (RCP) を使っている Java ベースの生化学用ビジュアルプラットフォーム。

http://www.bioclipse.net/ || not packaged? AUR で検索

画像処理

• ImageJ — プラグインやマクロによる拡張ができる Java ベースのイメージプロセシング・分析プログラム。顕微鏡検査で広く使われています (例: 細胞を数える)。

http://rsb.info.nih.gov/ij || imagej^AUR

• Fiji — 多くのプラグインがまとめられた ImageJ ディストリビューション (と ImageJ2)。

http://fiji.sc || fiji-binary^AUR

天文学

• Celestia — 広大な宇宙を旅することができる 3D 天体シミュレーションプログラム。現実に即してモデリングされ、いかなる時間のいかなる場所も見ることができます。

http://www.shatters.net/celestia/ || celestia

• GIMP Astronomy Plugins — 天体画像作成用の GIMP プラグインのセット。

http://hennigbuam.de/georg/gimp.html || gimp-plugin-astronomy^AUR

• GoQat — オートガイドやフォーカスヘルプなどの機能を持った、特に QSI カメラ用の、カメラキャプチャソフトウェア。

http://canburytech.net/GoQat/ || goqat^AUR

• KStars — 地球上のどの場所でも、どの時刻でも、夜空の正確なグラフィカルシミュレーションができるプラネタリウムアプリケーション。KDE Edu に含まれています。

http://edu.kde.org/kstars/ || kstars

• Open PHD Guiding — 有名な PHD Guiding に基づいて望遠鏡を自動ガイドするソフトウェア。

http://code.google.com/p/open-phd-guiding/ || open-phd-guiding^AUR

• Qastrocam-g2 — 天文学のためのウェブカメラキャプチャソフトウェア。

http://sourceforge.net/projects/qastrocam-g2/ || qastrocam-g2^AUR

• Skychart / Cartes du Ciel — 星座・惑星などの望遠鏡で見れるほとんどの天体を図示・ラベリングするプラネタリウム。Digitized Sky Survey チャートやチャートのスーパーインポーズ画像のダウンロードもできます。

http://www.ap-i.net/skychart/start/ || skychart^AUR

• StarPlot — 三次元星座ビューア。

http://starplot.org/ || starplot^AUR

• Stellarium — リアルタイムのリアリスティックな空を描くことができる OpenGL を使っている美しい 3D プラネタリウム。

http://www.stellarium.org/ || stellarium

• XEphem — Motif-ベースの天体歴・プラネタリウムプログラム。

http://www.clearskyinstitute.com/xephem/xephem.html || xephem^AUR

物理学

電子工学

デジタル論理

デジタル論理ソフトウェアは主として、論理回路を設計・シミュレートするためのシンプルな教育ツールとして使われます。

• atanua — リアルタイム論理動作シミュレータ。

http://sol.gfxile.net/atanua/ || atanua^AUR

• eqntott — ブール論理式を PLA の真理値表に変換するユーティリティ。

https://code.google.com/p/eqntott/ || eqntott^AUR

• espresso — ヒューリスティック論理ミニマイザ。電子回路に必要なゲート数を減らします。

https://code.google.com/p/eqntott/ || espresso^AUR

• giraffe — Java で書かれたシンプルな論理回路シミュレータ。

http://nbenoit.tuxfamily.org/ || giraffe^AUR

• glogic — 教育用のグラフィカルな論理回路シミュレータ。

https://launchpad.net/glogic || glogic^AUR

• KLogic — ディジタル回路の設計とシミュレートに使われるアプリケーション。

http://www.a-rostin.de/ || klogic^AUR

• Logisim — 教育用の電子回路設計・シミュレーションプログラム。Java で書かれています。開発は停止中。

http://sourceforge.net/projects/circuit/ || logisim^AUR

• Logisim Evolution — オリジナルの Logisim に新しい機能を開発するプロジェクト。Java で書かれています。

https://github.com/reds-heig/logisim-evolution || logisim-evolution^AUR

• SmartSim — シンプルで綺麗な電子論理回路設計・シミュレーションソフトウェア。教師と生徒を対象としており、軽量でクロスプラットフォーム、GPL でライセンスされています。Vala で書かれています。

http://smartsim.org.uk || smartsim-git^AUR

HDL

• Altera Design Software — Quartus II と ModelSim-Altera を含む Altera の FPGA チップの設計ツール。

http://www.altera.com/products/software/sfw-index.jsp || ModelSim-Altera だけが modelsim-altra^{AUR[リンク切れ: package not found]} としてパッケージ化されています

• Xilinx ISE WebPACK — FPGA プログラマブルロジックデザインスイート。

http://www.xilinx.com/products/design-tools/ise-design-suite/ise-webpack.html || パッケージはありません、wiki ページに従ってインストールしてください。

MCU IDE

• Arduino — Arduino プロトタイピングプラットフォーム SDK。

http://arduino.cc/en/Main/Software || arduino^AUR

• KTechLab — 電子・PIC マイクロコントローラ回路デザインやシミュレーションの IDE。自動経路を駆使した広大な回路設計や一般的な電子部品や論理素子のシミュレーション機能もついています。

http://sourceforge.net/projects/ktechlab/ || ktechlab-zoltan_p-git^AUR

回路図エディタ

• gEDA — 電子回路の設計や、回路図入力、シミュレーション、プロトタイピング、生産につかわれる電子設計自動化ツールのフルスイートとツールキット。

http://www.geda-project.org/ || geda-gaf

• KiCAD — 電子回路の結線図の設計やプリント基板 (PCB) への実装を容易にする電子設計自動化のソフトウェアスイート。

http://www.kicad-pcb.org/display/KICAD/KiCad+EDA+Software+Suite || kicad

• Oregano — 回路図入力や電子回路のシミュレーションに使うグラフィカルソフトウェアアプリケーション。シミュレーションは ngspice か Gnucap エンジンによって行われます。

https://github.com/marc-lorber/oregano || oregano^AUR

• QElectroTech — 高度な電子回路を設計するために使われるアプリケーション。

http://qelectrotech.org/ || qelectrotech^AUR

• Qucs — 電子回路シミュレーションアプリケーション。グラフィカルユーザーインターフェースによる回路の設計と、大信号・小信号・ノイズの挙動をシミュレートができます。

http://qucs.sourceforge.net/ || qucs

物理シミュレーション

• Code_Aster — 土木工学や構造力学における有限要素解析や数値シミュレーションのためのソフトウェアパッケージ。

http://www.code-aster.org/V2/spip.php?rubrique2 || aster^AUR

• EPANET — 配水管網における水の移動と水質に関する長期シミュレーションを行います。

http://www.epa.gov/ || epanet2-git^AUR

• Step — KDE デスクトップに KDE Edu の一部として含まれている二次元の物理シミュレーション。

http://edu.kde.org/step/ || step

• SWMM — 動学的な降雨表面流出シミュレーションモデル。地表・地下の水文学的な量と質のシミュレーションに使われます。

http://www.epa.gov/ || swmm5-git^AUR

単位変換

• ConvertAll — 意味がないものでも様々に単位を組み合わせられる (e.g. inches per decade) 単位変換アプリケーション。

http://convertall.bellz.org/ || convertall^AUR

• Gonvert — 長さ、量、数など多くのカテゴリで CGS・帝国単位・古代単位など多くの単位系間で変換できる変換ユーティリティ。

http://www.unihedron.com/projects/gonvert/ || gonvert^AUR

• Units — コマンドライン単位コンバーター・電卓。倍数的なスケール変化、ノンリニアな変換ができる。華氏を摂氏やゲージに変換する等。

http://www.gnu.org/s/units/ || units