R パッケージガイドライン

このドキュメントでは R パッケージの PKGBUILD を書く時の決まりとガイドラインを記載しています。ほとんどの情報はパッケージの DESCRIPTION ファイルを見ることで得ることができます。tools::CRAN_package_db() を実行することで R の中から取得できます。

パッケージの命名

パッケージは r-pkgname という名前にしてください。pkgname は DESCRIPTION ファイルの Package フィールドの値を使います。パッケージ名は小文字でなければなりません。

パッケージのバージョン

Version フィールドの値を使ってください。R ではバージョンにコロンとハイフンが使えますが、PKGBUILD では使用できません。ピリオドかアンダースコアに置き換えてください。

アーキテクチャ

PKGBUILD#arch を参照。パッケージの CRAN ウェブページで NeedsCompilation: yes となっている場合、アーキテクチャに依存します。それ以外の場合は依存しません。

依存関係

パッケージの DESCRIPTION ファイル の Depends, Imports, LinkingTo フィールドに記載されている R パッケージは depends に追加してください。

Suggests に並んでいる R パッケージは optdepends に追加してください。

一部のパッケージは外部のツールを必要とすることがあり、それらは SystemRequirements に記載されています。

パッケージによっては makedepends に gcc-fortran が必要ですが常に DESCRIPTION ファイルにそのことが記載されているとは限りません。

ソース

CRAN の全ての R パッケージは https://cran.r-project.org/src/contrib/cranname_cranversion.tar.gz から取得できます。cranname は CRAN におけるパッケージ名、cranversion は cran のバージョンに置き換えてください。

ビルドとパッケージ化

R にはパッケージを構築するためのサポートが組み込まれています。MRAN、CRAN、Bioconductor の 3 つのリポジトリ用の PKGBUILD の 3 つのテンプレートを次に示します。MRAN は CRAN のスナップショットミラーであり、このテンプレートを使用すると、古い場合でもパッケージをビルドできます。

MRAN

_cranname=
_cranver=
_updatedate=YYYY-MM-DD
pkgname=r-${_cranname,,}
pkgver=${_cranver//[:-]/.}
pkgrel=1
pkgdesc=""
arch=()
url="https://cran.r-project.org/package=${_cranname}"
license=()
depends=(r)
makedepends=()
optdepends=()
source=("https://cran.microsoft.com/snapshot/${_updatedate}/src/contrib/${_cranname}_${_cranver}.tar.gz")
sha256sums=()

build() {
  R CMD INSTALL ${_cranname}_${_cranver}.tar.gz -l "${srcdir}"
}

package() {
  install -dm0755 "${pkgdir}/usr/lib/R/library"

  cp -a --no-preserve=ownership "${_cranname}" "${pkgdir}/usr/lib/R/library"
}

CRAN

_cranname=
_cranver=
pkgname=r-${_cranname,,}
pkgver=${_cranver//[:-]/.}
pkgrel=1
pkgdesc=""
arch=()
url="https://cran.r-project.org/package=${_cranname}"
license=()
depends=(r)
makedepends=()
optdepends=()
source=("https://cran.r-project.org/src/contrib/${_cranname}_${_cranver}.tar.gz")
sha256sums=()

build() {
  R CMD INSTALL ${_cranname}_${_cranver}.tar.gz -l "${srcdir}"
}

package() {
  install -dm0755 "${pkgdir}/usr/lib/R/library"

  cp -a --no-preserve=ownership "${_cranname}" "${pkgdir}/usr/lib/R/library"
}

Bioconductor

_bcname=
_bcver=
pkgname=r-${_bcname,,}
pkgver=${_bcver//[:-]/.}
pkgrel=1
pkgdesc=""
arch=()
url="https://bioconductor.org/packages/${_bcname}"
license=()
depends=(r)
makedepends=()
optdepends=()
source=("https://bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/${_bcname}_${_bcver}.tar.gz")
# or
# source=("https://bioconductor.org/packages/release/data/annotation/src/contrib/${_bcname}_${_bcver}.tar.gz")
sha256sums=()

build() {
  R CMD INSTALL ${_bcname}_${_bcver}.tar.gz -l "${srcdir}"
}

package() {
  install -dm0755 "${pkgdir}/usr/lib/R/library"
  
  cp -a --no-preserve=ownership "${_bcname}" "${pkgdir}/usr/lib/R/library"
}

ヒントとテクニック

Bioconductor リポジトリ

bioconductor パッケージに簡単にアクセスするには、bioarchlinux リポジトリを追加してください。